More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4229 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  100 
 
 
151 aa  304  3e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  54.67 
 
 
151 aa  169  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.67 
 
 
151 aa  167  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  52.67 
 
 
151 aa  162  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  42.45 
 
 
153 aa  117  4.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  42.45 
 
 
153 aa  117  6e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  41.73 
 
 
152 aa  116  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  40 
 
 
151 aa  108  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  35.53 
 
 
161 aa  91.7  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  41.46 
 
 
150 aa  88.6  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  36.92 
 
 
149 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  41.46 
 
 
160 aa  80.9  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  38.36 
 
 
168 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  39.57 
 
 
149 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  41.8 
 
 
138 aa  78.2  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.75 
 
 
148 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  30.52 
 
 
159 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  31.33 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  36.07 
 
 
148 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.02 
 
 
149 aa  73.9  0.0000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.46 
 
 
149 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  30.67 
 
 
155 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.4 
 
 
154 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.2 
 
 
225 aa  68.6  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
226 aa  68.6  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  33.1 
 
 
163 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.29 
 
 
155 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.58 
 
 
229 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.5 
 
 
219 aa  66.6  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.69 
 
 
238 aa  65.9  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.2 
 
 
224 aa  65.9  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  26.24 
 
 
154 aa  65.5  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  28.06 
 
 
154 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  29.33 
 
 
164 aa  63.9  0.0000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  27.63 
 
 
155 aa  63.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  32.06 
 
 
149 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
228 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.17 
 
 
229 aa  62  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
228 aa  62.4  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  29.77 
 
 
148 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  32.8 
 
 
147 aa  61.2  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 
147 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
241 aa  60.5  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
230 aa  60.8  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  33.07 
 
 
266 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  29.84 
 
 
225 aa  60.1  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
248 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.16 
 
 
236 aa  58.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  29.01 
 
 
151 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
230 aa  58.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.29 
 
 
226 aa  58.5  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  27.82 
 
 
308 aa  57.8  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  32.41 
 
 
251 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  32.41 
 
 
251 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  32.41 
 
 
251 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  32.41 
 
 
251 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  32.41 
 
 
251 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  30.53 
 
 
149 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
239 aa  57.4  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  27.91 
 
 
224 aa  57.4  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.5 
 
 
225 aa  57.4  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  30.53 
 
 
194 aa  57  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1135  cyclic nucleotide-binding protein  27.69 
 
 
158 aa  57  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0214278  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
235 aa  57  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0452  cAMP-binding protein  31.76 
 
 
160 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000045265  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
230 aa  55.8  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.5 
 
 
243 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.48 
 
 
224 aa  55.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.47 
 
 
231 aa  55.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
230 aa  55.5  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31 
 
 
234 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.71 
 
 
222 aa  55.5  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.99 
 
 
228 aa  54.7  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02481  Lysophospholipase nte1 (EC 3.1.1.5)(Neuropathy target esterase homolog)(Intracellular phospholipase B) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BAE9]  27.43 
 
 
1408 aa  54.7  0.0000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0963788  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.93 
 
 
226 aa  54.7  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5297  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
248 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
226 aa  54.7  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
228 aa  54.3  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
229 aa  54.3  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
252 aa  54.3  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
225 aa  54.3  0.0000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  29.58 
 
 
449 aa  53.9  0.0000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.19 
 
 
228 aa  53.9  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  30.88 
 
 
150 aa  53.9  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
242 aa  53.9  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.46 
 
 
227 aa  53.9  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
228 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
225 aa  53.5  0.0000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 
231 aa  53.5  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  32.76 
 
 
215 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 
231 aa  53.5  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33 
 
 
226 aa  52.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  25.19 
 
 
241 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.81 
 
 
222 aa  53.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
235 aa  53.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.64 
 
 
238 aa  53.1  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1184  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
251 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0037  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
251 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.284481  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0037  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
251 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 
225 aa  52.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>