More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4006 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 277 aa  568  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  74.01 
 
 		 277 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  72.92 
 
 		 277 aa  428  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  70.33 
 
 		 277 aa  397  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2528  short chain dehydrogenase  69.6 
 
 		 277 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.589688 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  65.93 
 
 		 284 aa  377  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1977  short chain dehydrogenase  64.44 
 
 		 280 aa  369  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1902  short chain dehydrogenase  64.44 
 
 		 280 aa  369  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  56.78 
 
 		 279 aa  292  4e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.17 
 
 		 282 aa  281  9e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.75 
 
 		 281 aa  280  2e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 		 276 aa  276  3e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.77 
 
 		 286 aa  274  9e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0500  short chain dehydrogenase  49.81 
 
 		 275 aa  273  3e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.85 
 
 		 300 aa  273  3e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  49.05 
 
 		 275 aa  272  5.000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.36 
 
 		 290 aa  271  8.000000000000001e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  50.93 
 
 		 271 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.11 
 
 		 271 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.47 
 
 		 277 aa  266  4e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.191089 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0220  putative oxidoreductase NAD-/NADP-dependent  52.38 
 
 		 277 aa  266  4e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 		 285 aa  265  5.999999999999999e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  46.86 
 
 		 275 aa  265  5.999999999999999e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.93 
 
 		 271 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  46.49 
 
 		 275 aa  261  8.999999999999999e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  47.79 
 
 		 283 aa  249  3e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.56 
 
 		 275 aa  249  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.39 
 
 		 286 aa  248  8e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  47.79 
 
 		 283 aa  248  1e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.5 
 
 		 281 aa  246  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1219  peptidoglycan-binding LysM  47.94 
 
 		 280 aa  236  3e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.370987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.32 
 
 		 272 aa  224  9e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  43.17 
 
 		 258 aa  214  9e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  43.17 
 
 		 258 aa  214  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  43.17 
 
 		 258 aa  214  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  43.54 
 
 		 256 aa  211  7e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  43.17 
 
 		 256 aa  209  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 		 258 aa  206  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  42.07 
 
 		 258 aa  206  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  42.65 
 
 		 256 aa  203  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 		 258 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  40.44 
 
 		 256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  40.44 
 
 		 256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  40.44 
 
 		 256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  40.44 
 
 		 256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  40.07 
 
 		 256 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  40.07 
 
 		 256 aa  192  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 		 269 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 		 269 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 		 269 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 		 256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  39.34 
 
 		 269 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 256 aa  189  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 		 269 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 		 269 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  36 
 
 		 273 aa  171  1e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 		 314 aa  168  9e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 		 285 aa  162  8.000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  37.82 
 
 		 277 aa  159  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 		 272 aa  159  5e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 		 306 aa  156  3e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  37 
 
 		 278 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  37.04 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 		 280 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  36.03 
 
 		 275 aa  152  4e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  35.56 
 
 		 287 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 		 268 aa  149  4e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 		 268 aa  148  9e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  34.81 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  34.27 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  35.64 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 		 273 aa  145  5e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  34.44 
 
 		 283 aa  145  7.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 		 275 aa  145  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  33.82 
 
 		 278 aa  145  9e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 		 291 aa  144  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 		 273 aa  143  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 		 278 aa  142  5e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 278 aa  142  9e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 		 276 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  32.72 
 
 		 272 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  33.82 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  34.43 
 
 		 276 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.91 
 
 		 270 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 		 273 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  37.79 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.83 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 		 284 aa  137  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 		 286 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>