More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3985 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  67.66 
 
 		 547 aa  727    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.519207 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3834  AMP-dependent synthetase and ligase  71.19 
 
 		 543 aa  771    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.077636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1158  AMP-dependent synthetase and ligase  59.59 
 
 		 544 aa  639    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187529  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3985  AMP-(fatty) acid ligase protein  100 
 
 		 551 aa  1123    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3543  AMP-dependent synthetase and ligase  71.38 
 
 		 543 aa  771    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2199  AMP-dependent synthetase and ligase  58.96 
 
 		 538 aa  631  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00574882  normal  0.320928 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2096  AMP-dependent synthetase and ligase  57.52 
 
 		 532 aa  616  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4946  AMP-dependent synthetase and ligase  55.76 
 
 		 539 aa  567  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401789  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2753  acetyl-coenzyme A synthetase  52.31 
 
 		 541 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.522899  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0802  acetyl-coenzyme A synthetase  51.76 
 
 		 555 aa  559  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1709  acetyl-coenzyme A synthetase  51.76 
 
 		 541 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1992  AMP-dependent synthetase and ligase  52.13 
 
 		 539 aa  561  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4898  AMP-dependent synthetase and ligase  54.87 
 
 		 562 aa  561  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4434  AMP-dependent synthetase and ligase  54.68 
 
 		 562 aa  560  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.51276 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0599  acetyl-coenzyme A synthetase  51.76 
 
 		 541 aa  559  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197066  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0554  acetyl-coenzyme A synthetase  51.76 
 
 		 541 aa  559  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1317  acetyl-coenzyme A synthetase  51.76 
 
 		 541 aa  559  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1509  acetyl-coenzyme A synthetase  51.57 
 
 		 555 aa  556  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.611762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1539  acetyl-CoA synthetase  51.57 
 
 		 541 aa  558  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  51.39 
 
 		 539 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.683359  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1226  AMP-dependent synthetase and ligase  51.58 
 
 		 539 aa  558  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4459  AMP-dependent synthetase and ligase  51.58 
 
 		 539 aa  554  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1298  AMP-dependent synthetase and ligase  51.58 
 
 		 539 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.313083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  51.97 
 
 		 576 aa  551  1e-156  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154325  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1316  AMP-dependent synthetase and ligase  51.58 
 
 		 539 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1395  putative acetyl-CoA synthetase  51.37 
 
 		 556 aa  551  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527272 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0835  AMP-dependent synthetase and ligase  51.58 
 
 		 539 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3527  AMP-dependent synthetase and ligase  52.41 
 
 		 535 aa  543  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2727  AMP-dependent synthetase and ligase  50.93 
 
 		 553 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1850  AMP-dependent synthetase and ligase  50.09 
 
 		 557 aa  536  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0104238  hitchhiker  0.00000000609851 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0445  AMP-dependent synthetase and ligase  48.82 
 
 		 562 aa  526  1e-148  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6789  Acetyl-coenzyme A synthetase  48.79 
 
 		 535 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00873195  normal  0.0465133 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3984  AMP-dependent synthetase and ligase  48.51 
 
 		 535 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3285  AMP-dependent synthetase and ligase  46.7 
 
 		 513 aa  466  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.319126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  43.04 
 
 		 571 aa  443  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1097  AMP-dependent synthetase and ligase  41.24 
 
 		 576 aa  435  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1061  AMP-dependent synthetase and ligase  41.42 
 
 		 595 aa  435  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0735  AMP-dependent synthetase and ligase  46.86 
 
 		 526 aa  433  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2698  AMP-dependent synthetase and ligase  39.93 
 
 		 603 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1946  AMP-dependent synthetase and ligase  38.95 
 
 		 558 aa  404  1e-111  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0837  AMP-dependent synthetase and ligase  37.43 
 
 		 562 aa  353  4e-96  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  36.97 
 
 		 552 aa  342  9e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  37.82 
 
 		 552 aa  340  5e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  37.45 
 
 		 537 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0860  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 541 aa  320  3.9999999999999996e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184863  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1141  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 		 522 aa  311  2e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.41787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  36.66 
 
 		 551 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4442  AMP-dependent synthetase and ligase  35.06 
 
 		 525 aa  302  1e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0647357  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0011  AMP-dependent synthetase and ligase  35.1 
 
 		 560 aa  300  4e-80  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0003  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 557 aa  294  2e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0974739 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2317  AMP-binding protein  36.45 
 
 		 549 aa  293  7e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0975464  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7028  acetyl-CoA synthetase  35.84 
 
 		 585 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.277819 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1788  acetyl-CoA synthetase  34.51 
 
 		 568 aa  288  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.373968  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1823  acetyl-CoA synthetase  34.51 
 
 		 568 aa  288  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000207861  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 530 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  34.61 
 
 		 552 aa  286  5e-76  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0818  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 549 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3983  AMP-dependent synthetase and ligase  35.38 
 
 		 557 aa  286  7e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1245  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 548 aa  286  8e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.267383  normal  0.0561993 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 593 aa  285  1.0000000000000001e-75  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5727  AMP-dependent synthetase and ligase  36.81 
 
 		 557 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0388  acetyl-CoA synthetase  35.2 
 
 		 602 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2681  putative AMP-binding protein  36.42 
 
 		 555 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31500  putative AMP-binding protein  36.64 
 
 		 555 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.555085  hitchhiker  0.0000351198 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  33.21 
 
 		 586 aa  283  6.000000000000001e-75  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  33.64 
 
 		 555 aa  283  8.000000000000001e-75  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5971  AMP-dependent synthetase and ligase  36.81 
 
 		 557 aa  282  9e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  34.37 
 
 		 571 aa  282  1e-74  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4371  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 		 553 aa  282  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 548 aa  281  2e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2870  AMP-dependent synthetase and ligase  36.81 
 
 		 554 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.267042  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3458  AMP-dependent synthetase and ligase  35.91 
 
 		 547 aa  281  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0975472  normal  0.641138 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 		 567 aa  280  3e-74  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  32.64 
 
 		 530 aa  279  7e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  32.42 
 
 		 563 aa  279  8e-74  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  33.03 
 
 		 609 aa  278  2e-73  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3568  acetyl-CoA synthetase  34.53 
 
 		 588 aa  277  5e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0207513  normal  0.0354675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2213  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 		 561 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.548227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4644  acetyl-CoA synthetase  34.53 
 
 		 588 aa  277  5e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.291537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 616 aa  276  5e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0761  acetyl-CoA synthetase  33.57 
 
 		 592 aa  276  5e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000550868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0927  acetyl-CoA synthetase  36.26 
 
 		 588 aa  276  9e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4371  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 528 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 		 546 aa  274  3e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.822792  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6706  AMP-dependent synthetase and ligase  36.03 
 
 		 555 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.332078 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1608  acetyl-CoA synthetase  33.93 
 
 		 584 aa  273  6e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.281409  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1601  AMP-dependent synthetase and ligase  36.03 
 
 		 555 aa  273  6e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605895  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6230  AMP-dependent synthetase and ligase  36.03 
 
 		 555 aa  273  7e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17330  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  30.97 
 
 		 582 aa  273  8.000000000000001e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.296873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1412  acetyl-CoA synthetase  33.81 
 
 		 587 aa  271  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  32.67 
 
 		 566 aa  271  2e-71  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3525  AMP-dependent synthetase and ligase  33.9 
 
 		 549 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.244199 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  36.54 
 
 		 555 aa  270  5e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1839  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 548 aa  269  8e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331932  normal  0.165167 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0711  acetyl-CoA synthetase  34.28 
 
 		 571 aa  269  8e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  32.6 
 
 		 555 aa  269  8.999999999999999e-71  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.89042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5345  AMP-dependent synthetase and ligase  36.11 
 
 		 555 aa  269  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.526567  normal  0.149632 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2729  acetyl-CoA synthetase  33.52 
 
 		 571 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0494  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 		 552 aa  267  4e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3600  acetyl-CoA synthetase  33.07 
 
 		 584 aa  266  5.999999999999999e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>