293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3970 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  100 
 
 
236 aa  482  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  60 
 
 
258 aa  300  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  60 
 
 
258 aa  298  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  62.23 
 
 
258 aa  263  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  55.9 
 
 
262 aa  260  2e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  54.59 
 
 
262 aa  255  5e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  54.59 
 
 
262 aa  239  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  52.38 
 
 
270 aa  238  7e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  54.87 
 
 
255 aa  230  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  51.95 
 
 
271 aa  226  3e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  53.1 
 
 
255 aa  225  5e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  54.39 
 
 
268 aa  223  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  50.44 
 
 
253 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  53.1 
 
 
255 aa  221  1e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  51.72 
 
 
267 aa  215  6e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  52.38 
 
 
264 aa  214  1e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  49.12 
 
 
258 aa  214  1e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  50.65 
 
 
271 aa  208  5e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  47.62 
 
 
251 aa  208  6e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  47.81 
 
 
255 aa  208  7e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  50.65 
 
 
254 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  50.22 
 
 
272 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  52.19 
 
 
270 aa  197  1e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  49.78 
 
 
269 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  54.15 
 
 
264 aa  186  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  45.89 
 
 
255 aa  181  7e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  52.4 
 
 
279 aa  179  5e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  8.49043e-05 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  46.32 
 
 
246 aa  178  8e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  43.24 
 
 
248 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  43.28 
 
 
215 aa  154  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  40.52 
 
 
238 aa  147  2e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.02342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  39.22 
 
 
242 aa  147  2e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  43.86 
 
 
260 aa  146  3e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  37.23 
 
 
229 aa  144  8e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  40.26 
 
 
269 aa  144  9e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  38.33 
 
 
242 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  39.58 
 
 
243 aa  144  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  37.61 
 
 
240 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  39.21 
 
 
240 aa  141  1e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  31 
 
 
230 aa  141  1e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  40.45 
 
 
239 aa  139  4e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  39.65 
 
 
243 aa  139  4e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  39.9 
 
 
217 aa  138  8e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  36.4 
 
 
239 aa  136  3e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  36.94 
 
 
238 aa  134  1e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  38.53 
 
 
239 aa  132  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  37.61 
 
 
240 aa  130  2e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  36.57 
 
 
259 aa  129  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  36.64 
 
 
245 aa  127  2e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  2.43751e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  37.89 
 
 
258 aa  125  4e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  31.6 
 
 
230 aa  125  6e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  40.08 
 
 
245 aa  120  1e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  34.21 
 
 
237 aa  118  1e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.95242e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1401  phosphoribosyltransferase  35.71 
 
 
242 aa  117  1e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  36.32 
 
 
249 aa  116  2e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  35.47 
 
 
247 aa  114  2e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  30.17 
 
 
245 aa  113  2e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  35.51 
 
 
299 aa  114  2e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  33.92 
 
 
251 aa  112  7e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  38.14 
 
 
244 aa  110  2e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  34.6 
 
 
244 aa  109  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  34.34 
 
 
227 aa  109  4e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  33.47 
 
 
233 aa  109  4e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  34.08 
 
 
246 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  31.58 
 
 
227 aa  106  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  31.94 
 
 
279 aa  105  5e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.54112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  36.61 
 
 
239 aa  105  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  35.33 
 
 
231 aa  105  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  34.38 
 
 
243 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  39.13 
 
 
227 aa  105  9e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  35.59 
 
 
255 aa  104  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  32.62 
 
 
233 aa  103  3e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  32.75 
 
 
230 aa  103  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  27.04 
 
 
245 aa  102  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  37.95 
 
 
213 aa  101  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  28.76 
 
 
234 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0258  phosphoribosyltransferase  42.74 
 
 
228 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  32.02 
 
 
237 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  33.62 
 
 
233 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  1.70778e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  33.04 
 
 
233 aa  100  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.15929e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  32.02 
 
 
263 aa  100  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1405  competence protein F  36.44 
 
 
256 aa  99.8  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.509153  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  28.76 
 
 
234 aa  99.8  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2371  phosphoribosyltransferase  32.03 
 
 
231 aa  99  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.82 
 
 
243 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  36.02 
 
 
262 aa  97.8  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0247  phosphoribosyltransferase  42.67 
 
 
228 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0236  phosphoribosyltransferase  43.1 
 
 
228 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.269652  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  36.56 
 
 
230 aa  98.2  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  35.05 
 
 
244 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  30.9 
 
 
226 aa  97.4  2e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  29.91 
 
 
236 aa  97.4  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  36.56 
 
 
237 aa  97.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  33.19 
 
 
228 aa  97.4  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0797  amidophosphoribosyltransferase-like protein  32.05 
 
 
206 aa  95.9  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.582256  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  33.65 
 
 
246 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0165  phosphoribosyltransferase  35.9 
 
 
223 aa  95.9  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  2.98653e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  29.78 
 
 
270 aa  95.5  6e-19  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  33.76 
 
 
241 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1875  amidophosphoribosyltransferase-like protein  40.24 
 
 
215 aa  95.1  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>