More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3939 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4589  UDP-glucose 6-dehydrogenase  69.38 
 
 
465 aa  637    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.338579  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3939  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  100 
 
 
505 aa  1038    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.809757  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5968  nucleotide sugar dehydrogenase  69.41 
 
 
445 aa  628  1e-179  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0599498 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7121  nucleotide sugar dehydrogenase  68.95 
 
 
450 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.168128  normal  0.1616 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0487  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  62.75 
 
 
447 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6571  nucleotide sugar dehydrogenase  60.31 
 
 
443 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.430897  normal  0.0960197 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6764  nucleotide sugar dehydrogenase  60.05 
 
 
456 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0817646  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4504  nucleotide sugar dehydrogenase  54.17 
 
 
451 aa  480  1e-134  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.377712  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4103  nucleotide sugar dehydrogenase  54.72 
 
 
441 aa  473  1e-132  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1384  nucleotide sugar dehydrogenase  55.5 
 
 
448 aa  470  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1480  nucleotide sugar dehydrogenase  55.5 
 
 
448 aa  470  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.4016  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2474  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.37 
 
 
449 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.323827  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1673  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.85 
 
 
435 aa  462  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1857  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.16 
 
 
438 aa  462  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559599  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5249  nucleotide sugar dehydrogenase  52.77 
 
 
446 aa  461  9.999999999999999e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4419  nucleotide sugar dehydrogenase  53.68 
 
 
440 aa  457  1e-127  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4429  nucleotide sugar dehydrogenase  53.85 
 
 
440 aa  456  1e-127  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4292  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.85 
 
 
440 aa  457  1e-127  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1238  nucleotide sugar dehydrogenase  51.63 
 
 
437 aa  452  1.0000000000000001e-126  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.836268  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4278  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.93 
 
 
441 aa  454  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4451  nucleotide sugar dehydrogenase  53.62 
 
 
441 aa  454  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1229  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  53.29 
 
 
442 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.425997  normal  0.200381 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2833  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.26 
 
 
448 aa  446  1.0000000000000001e-124  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1818  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  53.85 
 
 
439 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.387792  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1299  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.07 
 
 
441 aa  441  9.999999999999999e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.165052  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1508  nucleotide sugar dehydrogenase  51.18 
 
 
434 aa  437  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3256  nucleotide sugar dehydrogenase  50.93 
 
 
437 aa  438  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0575  nucleotide sugar dehydrogenase  49.76 
 
 
432 aa  434  1e-120  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0023  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.18 
 
 
432 aa  426  1e-118  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000576582  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1553  nucleotide sugar dehydrogenase  50.47 
 
 
440 aa  426  1e-118  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3083  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.53 
 
 
435 aa  427  1e-118  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3827  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  50.47 
 
 
438 aa  424  1e-117  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.10325  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1339  UDP-glucose 6-dehydrogenase  47.44 
 
 
434 aa  419  1e-116  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2863  nucleotide sugar dehydrogenase  46.5 
 
 
447 aa  420  1e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2167  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.3 
 
 
442 aa  421  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.959713  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2396  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.18 
 
 
435 aa  418  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0961  nucleotide sugar dehydrogenase  47.42 
 
 
435 aa  410  1e-113  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0636  nucleotide sugar dehydrogenase  49.19 
 
 
439 aa  405  1.0000000000000001e-112  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.96458 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0335  UDP-glucose 6-dehydrogenase  47.88 
 
 
434 aa  403  1e-111  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0353  nucleotide sugar dehydrogenase  47.88 
 
 
434 aa  403  1e-111  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1675  nucleotide sugar dehydrogenase  50 
 
 
440 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.160013  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0359  nucleotide sugar dehydrogenase  49.65 
 
 
439 aa  397  1e-109  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3870  nucleotide sugar dehydrogenase  48.25 
 
 
442 aa  386  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0705  UDP-glucose 6-dehydrogenase  46.56 
 
 
438 aa  371  1e-101  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000613921  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1309  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  45.79 
 
 
450 aa  367  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0281238  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5667  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  40.59 
 
 
442 aa  363  3e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.0209397 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0376  UDP-glucose 6-dehydrogenase  47.72 
 
 
420 aa  362  7.0000000000000005e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7640  nucleotide sugar dehydrogenase  48.45 
 
 
418 aa  362  1e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0162  nucleotide sugar dehydrogenase  46.62 
 
 
420 aa  358  9.999999999999999e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.454835  normal  0.490943 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2529  putative UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  43.95 
 
 
439 aa  358  9.999999999999999e-98  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6488  lipopolysaccharide biosynthesis protein  45.65 
 
 
419 aa  356  3.9999999999999996e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0240  nucleotide sugar dehydrogenase  44.11 
 
 
453 aa  354  2e-96  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.836377  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2856  UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronate dehydrogenase  38.79 
 
 
442 aa  350  3e-95  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.347972  hitchhiker  0.00000634421 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3852  nucleotide sugar dehydrogenase  44.52 
 
 
453 aa  346  6e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0199691  normal  0.463935 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26760  nucleotide sugar dehydrogenase  44.28 
 
 
416 aa  343  2.9999999999999997e-93  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.84337 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1688  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  43.41 
 
 
418 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.833152  hitchhiker  0.000246371 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05630  UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronate dehydrogenase  42.31 
 
 
417 aa  337  3.9999999999999995e-91  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0429  UDP-glucose 6-dehydrogenase  40.57 
 
 
423 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0509  putative polysaccharide biosynthesis protein  40 
 
 
413 aa  333  5e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2164  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  49.16 
 
 
471 aa  330  3e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0560  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  39.72 
 
 
414 aa  326  7e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0417  UDP-N-acetyl-D-mannosamine 6-dehydrogenase  40.1 
 
 
414 aa  323  4e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0487  putative polysaccharide biosynthesis protein  40.24 
 
 
413 aa  323  6e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0421  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  40.33 
 
 
414 aa  322  7e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0562  putative polysaccharide biosynthesis protein  39.72 
 
 
414 aa  322  8e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4814  putative polysaccharide biosynthesis protein  39.01 
 
 
414 aa  320  5e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2807  nucleotide sugar dehydrogenase  38.77 
 
 
428 aa  317  3e-85  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0423  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  37.65 
 
 
414 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3843  nucleotide sugar dehydrogenase  45.1 
 
 
415 aa  288  2e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0234219  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4644  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  39.91 
 
 
436 aa  273  5.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4732  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  39.91 
 
 
436 aa  273  5.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5027  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  39.91 
 
 
436 aa  273  5.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3288  nucleotide sugar dehydrogenase  35.71 
 
 
453 aa  262  1e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.178741  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0699  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.91 
 
 
419 aa  261  2e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.136765  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0210  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  36.87 
 
 
440 aa  258  2e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125805  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1225  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  38.2 
 
 
477 aa  255  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1141  nucleotide sugar dehydrogenase  36.3 
 
 
461 aa  255  1.0000000000000001e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3259  nucleotide sugar dehydrogenase  37.72 
 
 
426 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1550  nucleotide sugar dehydrogenase  38.23 
 
 
424 aa  254  3e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.896349  normal  0.523869 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01511  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  37.59 
 
 
430 aa  254  4.0000000000000004e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.098059  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2131  nucleotide sugar dehydrogenase  36.43 
 
 
417 aa  251  2e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1431  nucleotide sugar dehydrogenase  36.89 
 
 
428 aa  251  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.869359  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1312  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  36.39 
 
 
437 aa  251  3e-65  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1221  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  34.93 
 
 
410 aa  250  4e-65  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00366346  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0525  polysaccharide biosynthetic protein  39.35 
 
 
430 aa  248  1e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.163274  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0464  nucleotide sugar dehydrogenase  39.6 
 
 
430 aa  248  2e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.148453  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3187  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  37.08 
 
 
437 aa  248  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.878007  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2494  nucleotide sugar dehydrogenase  38.71 
 
 
438 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1757  nucleotide sugar dehydrogenase  35.36 
 
 
437 aa  245  9.999999999999999e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0910  UDP-N-acetyl-D-galactosamine 6-dehydrogenase  36.17 
 
 
429 aa  245  1.9999999999999999e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1105  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  36.17 
 
 
429 aa  244  1.9999999999999999e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4077  nucleotide sugar dehydrogenase  34.72 
 
 
444 aa  244  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771769  normal  0.484559 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3559  nucleotide sugar dehydrogenase  36.41 
 
 
461 aa  244  3.9999999999999997e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3130  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  35.21 
 
 
433 aa  244  3.9999999999999997e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1493  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  36.68 
 
 
423 aa  243  5e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887113 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0929  nucleotide sugar dehydrogenase  35.98 
 
 
416 aa  242  1e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.099852 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1926  nucleotide sugar dehydrogenase  34.82 
 
 
431 aa  242  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544899  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2415  nucleotide sugar dehydrogenase  35.98 
 
 
443 aa  241  2e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000438883 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3069  nucleotide sugar dehydrogenase  36.68 
 
 
426 aa  241  2.9999999999999997e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1423  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  32.24 
 
 
421 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.807918  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>