More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3886 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
301 aa  583  1.0000000000000001e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.38 
 
 
311 aa  494  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428406  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.05 
 
 
311 aa  488  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.72 
 
 
319 aa  480  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.05 
 
 
310 aa  476  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.17 
 
 
308 aa  425  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  71.48 
 
 
300 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.48 
 
 
300 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.77 
 
 
305 aa  404  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.13 
 
 
300 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.33 
 
 
301 aa  385  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.96 
 
 
300 aa  378  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.33 
 
 
301 aa  377  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.75 
 
 
304 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.71 
 
 
300 aa  358  4e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  63.95 
 
 
310 aa  355  5e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.75 
 
 
305 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.93 
 
 
310 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.69 
 
 
300 aa  348  6e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  63.42 
 
 
304 aa  346  3e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  58.89 
 
 
301 aa  345  6e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.36 
 
 
304 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.09 
 
 
304 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.043674 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.09 
 
 
304 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.887785  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.09 
 
 
304 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0666762  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  63.64 
 
 
313 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.25 
 
 
307 aa  340  2e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  63.64 
 
 
313 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  63.64 
 
 
313 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.82 
 
 
298 aa  339  2.9999999999999998e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.193699  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.11 
 
 
301 aa  339  4e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  63.3 
 
 
313 aa  338  5e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  63.3 
 
 
313 aa  338  5e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  63.3 
 
 
313 aa  338  5e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  63.3 
 
 
313 aa  338  5e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.37 
 
 
304 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1444  ABC transporter, permease protein  62.63 
 
 
313 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.42 
 
 
304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.67 
 
 
307 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.66 
 
 
304 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.48 
 
 
301 aa  334  1e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.91 
 
 
310 aa  329  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0195  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  63.05 
 
 
304 aa  325  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
300 aa  325  6e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.66 
 
 
311 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1028  dipeptide ABC transporter, permease protein  58.45 
 
 
309 aa  321  9.999999999999999e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.29309  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.08 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165085  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.36 
 
 
296 aa  296  4e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.232197  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.88 
 
 
300 aa  291  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.397277  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56 
 
 
277 aa  289  4e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.51 
 
 
300 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  50.69 
 
 
300 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.69 
 
 
300 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  50.17 
 
 
300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.34 
 
 
290 aa  274  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.02 
 
 
289 aa  272  6e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  50.36 
 
 
301 aa  268  8e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  47.02 
 
 
299 aa  265  5e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  47.02 
 
 
299 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  47.02 
 
 
299 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  47.02 
 
 
299 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  47.02 
 
 
299 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4038  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  53.48 
 
 
278 aa  263  2e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3688  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.48 
 
 
278 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3553  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  53.48 
 
 
278 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.23 
 
 
286 aa  260  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.15122  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  49.64 
 
 
304 aa  259  3e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.81 
 
 
300 aa  258  9e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  46.51 
 
 
298 aa  254  9e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  46.18 
 
 
298 aa  253  3e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  46.18 
 
 
298 aa  253  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  46.18 
 
 
298 aa  253  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  46.18 
 
 
298 aa  253  3e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.23 
 
 
291 aa  252  4.0000000000000004e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.87 
 
 
302 aa  252  5.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.85 
 
 
298 aa  252  7e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.91 
 
 
302 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.1 
 
 
304 aa  251  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.17 
 
 
285 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.85 
 
 
298 aa  251  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.85 
 
 
298 aa  251  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.96 
 
 
299 aa  250  2e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  49.1 
 
 
302 aa  249  4e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.34 
 
 
294 aa  248  7e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.23 
 
 
299 aa  248  8e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.74 
 
 
325 aa  247  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  48 
 
 
295 aa  246  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  45.85 
 
 
294 aa  246  3e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
295 aa  246  4e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.09 
 
 
296 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
293 aa  243  3e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
280 aa  241  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
296 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
304 aa  240  2e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.55 
 
 
302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.66 
 
 
301 aa  239  2.9999999999999997e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388501  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  48.74 
 
 
293 aa  239  5e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.96 
 
 
280 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
287 aa  236  4e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>