More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3874 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3874  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 		 585 aa  1201    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3294  extracellular solute-binding protein  55.06 
 
 		 573 aa  642    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.207016 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0608  extracellular solute-binding protein  56.25 
 
 		 566 aa  654    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3875  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  66.08 
 
 		 568 aa  812    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0715  extracellular solute-binding protein  55.51 
 
 		 565 aa  623  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.109389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1410  extracellular solute-binding protein family 5  45.93 
 
 		 615 aa  499  1e-140  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4599  extracellular solute-binding protein  46.06 
 
 		 621 aa  494  9.999999999999999e-139  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.593059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0383  extracellular solute-binding protein  45.4 
 
 		 618 aa  488  1e-136  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.531894  normal  0.778896 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2770  extracellular solute-binding protein  45.44 
 
 		 603 aa  486  1e-136  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.14158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  46.41 
 
 		 581 aa  477  1e-133  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  43.9 
 
 		 580 aa  463  1e-129  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  43.9 
 
 		 580 aa  463  1e-129  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  42.62 
 
 		 588 aa  451  1e-125  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  41.16 
 
 		 596 aa  420  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6955  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  40.53 
 
 		 597 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  41.08 
 
 		 596 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  41.25 
 
 		 596 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6956  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  39.86 
 
 		 571 aa  405  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 586 aa  137  8e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26 
 
 		 556 aa  137  8e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  32.2 
 
 		 520 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2857  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 593 aa  126  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.358002 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  27.49 
 
 		 626 aa  125  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 617 aa  124  4e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.85 
 
 		 589 aa  123  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  31.12 
 
 		 524 aa  120  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.91 
 
 		 509 aa  120  7.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 542 aa  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  25.54 
 
 		 631 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  27.53 
 
 		 560 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 526 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  25.25 
 
 		 533 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  27.65 
 
 		 519 aa  115  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3501  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 639 aa  115  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  25.36 
 
 		 546 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  25.45 
 
 		 540 aa  114  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.23 
 
 		 531 aa  114  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  25.77 
 
 		 536 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3462  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 552 aa  113  8.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0173201  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.45 
 
 		 538 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  24.85 
 
 		 534 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  27.05 
 
 		 628 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5343  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 535 aa  110  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220066  normal  0.0289508 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  25 
 
 		 605 aa  110  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  24.67 
 
 		 566 aa  110  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0247  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  25.05 
 
 		 567 aa  110  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.460021  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 		 541 aa  110  8.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  27.18 
 
 		 545 aa  109  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 509 aa  109  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4234  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 		 535 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  26.24 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  25.57 
 
 		 587 aa  109  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  24.68 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  24.68 
 
 		 512 aa  108  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 539 aa  108  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  24.68 
 
 		 512 aa  108  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  24.68 
 
 		 512 aa  108  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0614  extracellular solute-binding protein family 5  24.16 
 
 		 593 aa  107  4e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.459899  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1621  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.15 
 
 		 594 aa  108  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.51 
 
 		 542 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 534 aa  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3196  extracellular solute-binding protein family 5  23.23 
 
 		 600 aa  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000171923  unclonable  0.0000000000413572 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  24.68 
 
 		 512 aa  108  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  23.85 
 
 		 575 aa  107  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  23.8 
 
 		 512 aa  107  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2023  extracellular solute-binding protein family 5  23.22 
 
 		 531 aa  107  6e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0292401  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  24.03 
 
 		 525 aa  107  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  25.68 
 
 		 533 aa  107  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34930  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.29 
 
 		 563 aa  107  8e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.953561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  24.14 
 
 		 512 aa  106  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 		 596 aa  106  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 567 aa  106  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  26.25 
 
 		 627 aa  105  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  25.05 
 
 		 527 aa  105  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0551  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 591 aa  104  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24.71 
 
 		 493 aa  104  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 520 aa  104  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 544 aa  104  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 		 536 aa  104  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.74 
 
 		 511 aa  104  5e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.06 
 
 		 532 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 512 aa  103  7e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0691  extracellular solute-binding protein family 5  24.27 
 
 		 600 aa  103  7e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3812  extracellular solute-binding protein family 5  24 
 
 		 528 aa  103  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0629305 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.24 
 
 		 510 aa  102  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 538 aa  103  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2648  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 524 aa  103  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 540 aa  103  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0197  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 605 aa  103  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.386701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01870  hypothetical protein  24.19 
 
 		 539 aa  102  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  24.94 
 
 		 518 aa  102  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0187  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.41 
 
 		 542 aa  102  3e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.18 
 
 		 524 aa  102  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 		 629 aa  101  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 604 aa  101  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1902  extracellular solute-binding protein family 5  24.31 
 
 		 501 aa  101  4e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 544 aa  100  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 512 aa  100  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 		 533 aa  100  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48060  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 525 aa  101  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>