More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3838 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 		 230 aa  473  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  55.12 
 
 		 226 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  55.39 
 
 		 226 aa  237  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  47.91 
 
 		 231 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 247 aa  156  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 247 aa  156  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 234 aa  151  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  39.8 
 
 		 221 aa  150  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 244 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  39 
 
 		 213 aa  148  7e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 210 aa  146  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 212 aa  142  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  34.8 
 
 		 220 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  34.7 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  34.8 
 
 		 220 aa  129  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  35.78 
 
 		 216 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 218 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 218 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 210 aa  112  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 208 aa  105  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  102  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 228 aa  101  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 207 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  30.73 
 
 		 207 aa  101  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 212 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 207 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  34.17 
 
 		 217 aa  100  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 207 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  33.16 
 
 		 212 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 208 aa  98.6  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 210 aa  98.6  8e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 217 aa  95.5  6e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 257 aa  95.1  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 237 aa  94.4  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 221 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 224 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 200 aa  92  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 207 aa  91.3  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 211 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
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NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 209 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 210 aa  90.1  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 289 aa  88.6  7e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
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NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  30.66 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 216 aa  87.4  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 215 aa  85.5  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 198 aa  85.1  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  31.44 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  27.5 
 
 		 209 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  30.23 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  29.35 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 228 aa  80.1  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  28.35 
 
 		 208 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  23.98 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 214 aa  78.2  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 202 aa  77  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  32.12 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  27.48 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 206 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  28.16 
 
 		 224 aa  74.7  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 205 aa  74.3  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
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NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  29.81 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  31.22 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  32.06 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  28.64 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  28.57 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
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NC_011371  Rleg2_6489  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 208 aa  72.4  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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