207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3624 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 		 333 aa  678    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  53.89 
 
 		 329 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  52.63 
 
 		 328 aa  315  8e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  49.86 
 
 		 345 aa  301  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  38.84 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  35.45 
 
 		 505 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  37.37 
 
 		 488 aa  170  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  37.01 
 
 		 488 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  34.62 
 
 		 304 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  32.28 
 
 		 341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  32.28 
 
 		 341 aa  136  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  32.51 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  32.53 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  28.19 
 
 		 395 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  29.85 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  30.66 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  30.84 
 
 		 329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  36.02 
 
 		 345 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  27.65 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  30.94 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  28.76 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  28.67 
 
 		 279 aa  109  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  35.41 
 
 		 323 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  32.6 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  34.07 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  40.5 
 
 		 283 aa  84.3  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  36.11 
 
 		 269 aa  72  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1113  Tol-Pal system YbgF  33.6 
 
 		 272 aa  72  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636864  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  35.38 
 
 		 258 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  34.4 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  33.08 
 
 		 269 aa  71.2  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  33.08 
 
 		 269 aa  71.2  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  33.08 
 
 		 269 aa  71.2  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  36.45 
 
 		 272 aa  70.9  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  33.61 
 
 		 266 aa  70.9  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  34.62 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  29.22 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  34.75 
 
 		 249 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  30.28 
 
 		 270 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  30.73 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  30.7 
 
 		 487 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  33.33 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  32.03 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  33.04 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  33.9 
 
 		 252 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  31.48 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  29.51 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  30.56 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  33.33 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  33.05 
 
 		 249 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  35.64 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  29.63 
 
 		 283 aa  65.5  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  32.2 
 
 		 234 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  32.48 
 
 		 232 aa  65.5  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3115  TPR repeat-containing protein  29.25 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.479676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  33.04 
 
 		 253 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  32.81 
 
 		 255 aa  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  33.98 
 
 		 265 aa  65.1  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  32.2 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  31.93 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  33.05 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0590  TPR repeat-containing protein  32.73 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  35.48 
 
 		 264 aa  64.7  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  31.48 
 
 		 343 aa  64.3  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  32.2 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  32.2 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  32.2 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  32.2 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  32.2 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  33.03 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  35.71 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  31.67 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  31.53 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  31.53 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  32.61 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  32.23 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3396  tol-pal system protein YbgF  32.84 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.14649  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  30 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  31.78 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  30.48 
 
 		 377 aa  63.2  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  31.93 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  24.14 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  32.23 
 
 		 249 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  33 
 
 		 263 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  33.02 
 
 		 249 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  31.03 
 
 		 259 aa  62  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 263 aa  62.4  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 263 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 263 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  35.14 
 
 		 263 aa  62.4  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>