More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3621 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  71.03 
 
 		 443 aa  654    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3621  translocation protein TolB  100 
 
 		 435 aa  892    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  71.03 
 
 		 443 aa  654    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  81.67 
 
 		 436 aa  738    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3200  translocation protein TolB  80.32 
 
 		 435 aa  710    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  71.03 
 
 		 443 aa  652    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3495  translocation protein TolB  80.09 
 
 		 435 aa  708    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.594815  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3171  translocation protein TolB  67.81 
 
 		 439 aa  626  1e-178  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0216692  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  66.36 
 
 		 450 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  65.05 
 
 		 446 aa  599  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2717  translocation protein TolB  67.23 
 
 		 450 aa  599  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.599754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3512  translocation protein TolB  65.57 
 
 		 450 aa  593  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3056  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  66.91 
 
 		 450 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557578  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  64.34 
 
 		 444 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1812  translocation protein TolB  64.1 
 
 		 449 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431319  normal  0.360787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4147  translocation protein TolB  64.58 
 
 		 449 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6881  translocation protein TolB  63.86 
 
 		 462 aa  556  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464057 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0270  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  61.5 
 
 		 448 aa  528  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.989147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1094  translocation protein TolB  59.91 
 
 		 443 aa  527  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0144  translocation protein TolB  59.82 
 
 		 442 aa  514  1e-144  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  56.9 
 
 		 441 aa  491  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  54.17 
 
 		 442 aa  473  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  54.42 
 
 		 446 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  54.94 
 
 		 442 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  53.86 
 
 		 446 aa  462  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  53.86 
 
 		 446 aa  462  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0744  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  51.75 
 
 		 445 aa  462  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  51.49 
 
 		 446 aa  434  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2416  TolB domain-containing protein  49.45 
 
 		 453 aa  429  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2133  translocation protein TolB  51.2 
 
 		 439 aa  422  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  48.6 
 
 		 445 aa  417  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  48.85 
 
 		 441 aa  418  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  49.52 
 
 		 444 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  49.52 
 
 		 444 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  49.52 
 
 		 444 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2899  TolB domain-containing protein  46.09 
 
 		 469 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000201302  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1211  translocation protein TolB  48.54 
 
 		 462 aa  388  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  46.45 
 
 		 461 aa  378  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  45.05 
 
 		 454 aa  362  9e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  46.23 
 
 		 450 aa  360  2e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  44.69 
 
 		 461 aa  352  5.9999999999999994e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  43.46 
 
 		 451 aa  344  2e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0038  translocation protein TolB  35.43 
 
 		 420 aa  296  6e-79  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0823662  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  32.57 
 
 		 436 aa  262  6.999999999999999e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  35.9 
 
 		 415 aa  262  8e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  34.87 
 
 		 425 aa  262  8.999999999999999e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  34.79 
 
 		 426 aa  256  4e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  35.32 
 
 		 435 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  33.41 
 
 		 421 aa  251  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  34.33 
 
 		 434 aa  251  2e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  35.64 
 
 		 443 aa  250  3e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  35.42 
 
 		 441 aa  249  6e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  34.75 
 
 		 429 aa  249  9e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  35.61 
 
 		 424 aa  248  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  34.31 
 
 		 438 aa  248  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  36.46 
 
 		 440 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  33.99 
 
 		 421 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  32.25 
 
 		 428 aa  242  7.999999999999999e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  34.79 
 
 		 437 aa  242  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  35.56 
 
 		 408 aa  242  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  35.16 
 
 		 439 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  34.25 
 
 		 427 aa  240  4e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  35.92 
 
 		 439 aa  240  4e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  34.48 
 
 		 439 aa  239  6.999999999999999e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  33.56 
 
 		 432 aa  239  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  34.29 
 
 		 434 aa  238  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0949  translocation protein TolB  34.7 
 
 		 474 aa  237  3e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.400419  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  31.83 
 
 		 403 aa  236  5.0000000000000005e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  33.71 
 
 		 428 aa  236  5.0000000000000005e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  34.53 
 
 		 434 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  31.72 
 
 		 442 aa  231  2e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  33.41 
 
 		 446 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  31.57 
 
 		 427 aa  227  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0536  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  32.63 
 
 		 435 aa  227  4e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00175631  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  32.85 
 
 		 450 aa  226  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  34.13 
 
 		 441 aa  226  7e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  35.32 
 
 		 427 aa  223  4e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0782  translocation protein TolB  33.99 
 
 		 425 aa  223  4e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  34.24 
 
 		 435 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  35.47 
 
 		 432 aa  222  9e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  31.83 
 
 		 431 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  32.18 
 
 		 445 aa  222  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000320948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  32.24 
 
 		 451 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  31.72 
 
 		 431 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  31.19 
 
 		 430 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  31.28 
 
 		 451 aa  221  3e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  32.25 
 
 		 431 aa  219  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.75 
 
 		 428 aa  219  7.999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  31.33 
 
 		 450 aa  219  8.999999999999998e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  30.56 
 
 		 422 aa  218  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  33.11 
 
 		 443 aa  218  1e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  30.73 
 
 		 430 aa  219  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.56 
 
 		 422 aa  218  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  30.28 
 
 		 432 aa  218  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  32.37 
 
 		 441 aa  218  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  32.27 
 
 		 433 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  30.5 
 
 		 430 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3889  translocation protein TolB  31.78 
 
 		 431 aa  217  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.53422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0827  translocation protein TolB  31.47 
 
 		 463 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  32.13 
 
 		 431 aa  217  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>