More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3574 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3574  ribitol kinase  100 
 
 		 523 aa  1053    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197802  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3746  FGGY-family pentulose kinase  57.41 
 
 		 527 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3444  FGGY-family pentulose kinase  57.98 
 
 		 527 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2351  FGGY-family pentulose kinase  55.79 
 
 		 528 aa  575  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.400628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  55.66 
 
 		 526 aa  560  1e-158  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  54.04 
 
 		 529 aa  544  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  51.15 
 
 		 525 aa  485  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  39.56 
 
 		 545 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  39.56 
 
 		 545 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  39.38 
 
 		 545 aa  402  9.999999999999999e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  40.08 
 
 		 545 aa  386  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  39.58 
 
 		 538 aa  358  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  41.76 
 
 		 547 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0920  putative sugar kinase (ribulo-/ribitol kinase)  42.1 
 
 		 549 aa  353  5e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.641944 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  38.56 
 
 		 542 aa  352  7e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  38.56 
 
 		 526 aa  352  7e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  39.16 
 
 		 534 aa  352  1e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  39.16 
 
 		 534 aa  352  1e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  40.88 
 
 		 543 aa  347  2e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  38.98 
 
 		 544 aa  345  1e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  40.3 
 
 		 544 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  39.32 
 
 		 543 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  39.89 
 
 		 544 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  38.61 
 
 		 544 aa  336  5e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  38.94 
 
 		 545 aa  333  4e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4175  carbohydrate kinase, FGGY  42.2 
 
 		 480 aa  333  4e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.929603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  38.93 
 
 		 528 aa  333  6e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  37.83 
 
 		 547 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2156  FGGY-family pentulose kinase  38.92 
 
 		 540 aa  325  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314644  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01568  conserved hypothetical protein  35.64 
 
 		 603 aa  297  3e-79  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.677654  normal  0.0579254 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00680  conserved hypothetical protein  35.05 
 
 		 621 aa  280  6e-74  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86603  possible ribitol kinase or glycerol kinase  34.93 
 
 		 758 aa  266  8e-70  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_06985  FGGY-family carbohydrate kinase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G04680)  35.27 
 
 		 541 aa  245  1.9999999999999999e-63  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  31.71 
 
 		 497 aa  231  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  29.77 
 
 		 502 aa  196  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  30.26 
 
 		 482 aa  191  2e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  30.16 
 
 		 524 aa  187  5e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  30.38 
 
 		 501 aa  174  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0894  glycerol kinase  29.24 
 
 		 538 aa  172  2e-41  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  30.81 
 
 		 577 aa  160  5e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  27.04 
 
 		 546 aa  158  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  27.04 
 
 		 546 aa  158  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2196  carbohydrate kinase FGGY  28.23 
 
 		 510 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  28.22 
 
 		 562 aa  150  7e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  27.02 
 
 		 536 aa  149  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0833  carbohydrate kinase, FGGY  29.2 
 
 		 498 aa  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0632303  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  26.79 
 
 		 556 aa  143  6e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  28.85 
 
 		 585 aa  144  6e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  27.37 
 
 		 564 aa  141  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1006  carbohydrate kinase FGGY  24.81 
 
 		 503 aa  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00908398  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  29.3 
 
 		 562 aa  139  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  27.49 
 
 		 438 aa  136  9.999999999999999e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  28.42 
 
 		 564 aa  136  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2086  carbohydrate kinase FGGY  27.24 
 
 		 506 aa  134  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  29.3 
 
 		 554 aa  132  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  30.88 
 
 		 564 aa  131  3e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1609  xylulokinase  24.72 
 
 		 506 aa  130  4.0000000000000003e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2025  xylulokinase  25.86 
 
 		 509 aa  130  5.0000000000000004e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  30.4 
 
 		 598 aa  129  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0628  carbohydrate kinase, FGGY  25.37 
 
 		 506 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09580  L-fuculokinase  25.38 
 
 		 511 aa  128  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2391  carbohydrate kinase FGGY  27.24 
 
 		 497 aa  127  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0653  carbohydrate kinase FGGY  25.74 
 
 		 506 aa  126  1e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2863  carbohydrate kinase, FGGY  27.61 
 
 		 505 aa  126  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3051  Carbohydrate kinase, FGGY  26.53 
 
 		 505 aa  124  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  29.56 
 
 		 556 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  28.87 
 
 		 517 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  29.04 
 
 		 572 aa  121  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3986  Carbohydrate kinase, FGGY-like protein  28.69 
 
 		 501 aa  118  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.347065  normal  0.852458 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  26.35 
 
 		 570 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4064  carbohydrate kinase FGGY  27.96 
 
 		 548 aa  117  6e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.560605 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  29.49 
 
 		 567 aa  117  6e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  27.92 
 
 		 529 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  28.52 
 
 		 556 aa  116  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1483  gluconate kinase  25.28 
 
 		 514 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  28.32 
 
 		 579 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1150  Xylulokinase  24.71 
 
 		 512 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.569433  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2114  carbohydrate kinase, FGGY  27.56 
 
 		 495 aa  114  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.700195 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  23.55 
 
 		 500 aa  113  9e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1988  carbohydrate kinase FGGY  25.88 
 
 		 512 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1911  xylulokinase  24.23 
 
 		 509 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.048525  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2566  carbohydrate kinase, FGGY  26.55 
 
 		 493 aa  111  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2529  carbohydrate kinase, FGGY  26.55 
 
 		 493 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2574  carbohydrate kinase, FGGY  26.55 
 
 		 493 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.281212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1997  carbohydrate kinase FGGY  22.24 
 
 		 505 aa  110  7.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3125  carbohydrate kinase FGGY  26.97 
 
 		 498 aa  110  9.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0202621  hitchhiker  0.00600222 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0441  carbohydrate kinase FGGY  21.76 
 
 		 505 aa  109  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  28.26 
 
 		 551 aa  109  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1194  carbohydrate kinase, FGGY  25.19 
 
 		 503 aa  107  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32990  pentulose/hexulose kinase  25.83 
 
 		 489 aa  107  7e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.257743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2179  xylulokinase  26.25 
 
 		 512 aa  106  9e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19510  xylulokinase  22.67 
 
 		 501 aa  106  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29860  pentulose/hexulose kinase  26.25 
 
 		 495 aa  105  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2687  xylulokinase  23.95 
 
 		 499 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3345  glycerol kinase  26.34 
 
 		 495 aa  104  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1877  carbohydrate kinase, FGGY  26.38 
 
 		 506 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.10987 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2781  gluconate kinase  24.35 
 
 		 530 aa  103  8e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1663  gluconate kinase  23.18 
 
 		 512 aa  102  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0964235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2211  xylulokinase  23.33 
 
 		 500 aa  102  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1084  carbohydrate kinase, FGGY  22.09 
 
 		 506 aa  102  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>