More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3517 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3517  transcriptional regulator protein  100 
 
 		 208 aa  418  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873146  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 214 aa  89.4  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 214 aa  89.4  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 200 aa  85.9  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 200 aa  85.9  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 209 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 244 aa  72.8  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 228 aa  72  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  31.15 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 237 aa  68.2  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 218 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  38.78 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  28.47 
 
 		 215 aa  65.5  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  34.17 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  26.26 
 
 		 230 aa  64.7  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  33.33 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  33.61 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  29.86 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  30.83 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  32.2 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3512  regulatory protein TetR  32.03 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1993  transcriptional regulator, TetR family  34.45 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  26.98 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 207 aa  62  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 259 aa  62.4  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 218 aa  62  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 206 aa  62  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 223 aa  62  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  32.2 
 
 		 206 aa  61.6  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 224 aa  61.2  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  32.43 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  28.03 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  29.03 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  29.61 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 231 aa  60.5  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 289 aa  59.7  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  35.45 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  24.07 
 
 		 251 aa  59.3  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 240 aa  58.5  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  32.5 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_0830  transcriptional regulator, TetR family  41.56 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
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NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
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NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  34.71 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
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NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
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NC_013510  Tcur_0564  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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