29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3364 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3364  hypothetical protein  100 
 
 		 738 aa  1520    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.451115  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0826  cholesterol oxidase  26.93 
 
 		 502 aa  122  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.492238  unclonable  0.0000140216 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2399  Cholesterol oxidase  24.57 
 
 		 513 aa  97.1  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.220854  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4774  Cholesterol oxidase  26.1 
 
 		 530 aa  94.7  6e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.57937  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2398  Cholesterol oxidase  26.55 
 
 		 538 aa  86.3  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0159697  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3901  cholesterol oxidase  24.77 
 
 		 541 aa  83.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0511249 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3356  cholesterol oxidase  23.9 
 
 		 544 aa  70.1  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2611  cholesterol oxidase  31.15 
 
 		 543 aa  63.5  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30650  choline dehydrogenase-like flavoprotein  28.18 
 
 		 534 aa  62  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.104777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2810  cholesterol oxidase  29.59 
 
 		 543 aa  60.5  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131697 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2425  Cholesterol oxidase  50 
 
 		 543 aa  59.3  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939121  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4246  Cholesterol oxidase  30.38 
 
 		 547 aa  58.2  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.191663 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  24.83 
 
 		 889 aa  57  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  48.53 
 
 		 1150 aa  56.2  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5961  Cholesterol oxidase  47.06 
 
 		 546 aa  55.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3535  Cholesterol oxidase  46.38 
 
 		 533 aa  55.8  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0069  cholesterol oxidase  25.14 
 
 		 534 aa  55.1  0.000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.62 
 
 		 572 aa  53.9  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.82 
 
 		 786 aa  52.8  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3076  FAD dependent oxidoreductase  35.45 
 
 		 540 aa  50.4  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00183108  normal  0.66494 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.59 
 
 		 1150 aa  50.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  48 
 
 		 533 aa  48.9  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3081  FAD dependent oxidoreductase  35.71 
 
 		 547 aa  48.5  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3274  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 543 aa  47.4  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0584608  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 543 aa  47.4  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.550088  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1816  hypothetical protein  43.08 
 
 		 1152 aa  45.4  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649165 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  44.07 
 
 		 554 aa  45.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  48.89 
 
 		 696 aa  44.7  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.54 
 
 		 1152 aa  43.9  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>