193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3327 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  100 
 
 		 303 aa  613  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  87.75 
 
 		 337 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  86.42 
 
 		 337 aa  547  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  78.48 
 
 		 336 aa  489  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  78.48 
 
 		 336 aa  489  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  71.19 
 
 		 348 aa  441  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  66.23 
 
 		 345 aa  421  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  63.21 
 
 		 339 aa  388  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.87 
 
 		 336 aa  384  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.92 
 
 		 339 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  62.88 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  63.04 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  62.88 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  62.88 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  62.88 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  62.88 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  62.54 
 
 		 364 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  62.38 
 
 		 334 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  59.08 
 
 		 356 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  62.88 
 
 		 334 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  62.54 
 
 		 337 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  62.05 
 
 		 334 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  61.72 
 
 		 334 aa  367  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  62.05 
 
 		 334 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  61.72 
 
 		 334 aa  367  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  61.72 
 
 		 334 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  59.6 
 
 		 332 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  53.8 
 
 		 349 aa  351  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  53.47 
 
 		 349 aa  349  3e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  52.63 
 
 		 328 aa  342  5e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  40.2 
 
 		 349 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  39.34 
 
 		 349 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  39.02 
 
 		 349 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  38.87 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  37.87 
 
 		 344 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  39.34 
 
 		 347 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  39.07 
 
 		 341 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  41.67 
 
 		 376 aa  213  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  39.74 
 
 		 341 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  39.6 
 
 		 340 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  40.26 
 
 		 342 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  39.34 
 
 		 347 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  38.91 
 
 		 334 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  38.91 
 
 		 334 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  38.36 
 
 		 340 aa  211  9e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  36.09 
 
 		 349 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  35.88 
 
 		 346 aa  203  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.55 
 
 		 346 aa  202  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  36.09 
 
 		 344 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.87 
 
 		 345 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  38.87 
 
 		 345 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36 
 
 		 338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  37 
 
 		 333 aa  196  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  38.74 
 
 		 345 aa  195  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  35.43 
 
 		 353 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  32.45 
 
 		 346 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  34.44 
 
 		 348 aa  179  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  31.46 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  34.22 
 
 		 332 aa  167  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  29.47 
 
 		 361 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  32.31 
 
 		 371 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  29.14 
 
 		 355 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 		 336 aa  142  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  29.35 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  30.48 
 
 		 391 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1047  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 		 322 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0465  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.23 
 
 		 347 aa  65.1  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.176308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2525  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.47 
 
 		 321 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.610523  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2570  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.47 
 
 		 321 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  26.27 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1347  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.85 
 
 		 330 aa  62.8  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2859  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.48 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.23743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2963  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  27.01 
 
 		 341 aa  61.6  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0954314  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  20.63 
 
 		 486 aa  62  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2720  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 325 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  26.53 
 
 		 336 aa  61.2  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2562  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.78 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4888  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.27 
 
 		 339 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108184  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3454  ABC transporter, substrate-binding protein  25 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0154  extracellular solute-binding protein, family 3  32.26 
 
 		 323 aa  58.9  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2561  NLPA lipoprotein  21.79 
 
 		 339 aa  58.9  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.79068 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4533  ABC transporter, substrate-binding protein  26.17 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4613  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.78 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2969  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25.22 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381415  normal  0.757286 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3641  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0351893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0337  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.48 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0213  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  25.42 
 
 		 393 aa  57  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4900  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.78 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4514  ABC transporter, substrate-binding protein  26.25 
 
 		 335 aa  56.2  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4921  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.25 
 
 		 335 aa  56.2  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4901  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.39 
 
 		 335 aa  55.8  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2964  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  24.25 
 
 		 340 aa  55.8  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  25.73 
 
 		 340 aa  55.8  0.0000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5921  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.18 
 
 		 302 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  0.23339 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1035  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  29.79 
 
 		 349 aa  55.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5036  ABC transporter substrate-binding protein  25.96 
 
 		 325 aa  54.3  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.647768  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0454  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.98 
 
 		 327 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0878  hypothetical protein  25.64 
 
 		 329 aa  55.1  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0057402  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4675  ABC transporter substrate-binding protein  26.07 
 
 		 338 aa  53.9  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>