141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3272 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA2219  formate--tetrahydrofolate ligase  65.95 
 
 		 557 aa  712    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.83616  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0663  formate--tetrahydrofolate ligase  74.55 
 
 		 557 aa  810    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0109  formate--tetrahydrofolate ligase  60.47 
 
 		 559 aa  660    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0981  formate--tetrahydrofolate ligase  71.12 
 
 		 558 aa  786    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.911463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2358  formate--tetrahydrofolate ligase  73.1 
 
 		 558 aa  816    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269795  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2204  formate--tetrahydrofolate ligase  74.55 
 
 		 559 aa  836    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160817  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3083  formate--tetrahydrofolate ligase  76.71 
 
 		 559 aa  838    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1409  formate--tetrahydrofolate ligase  58.48 
 
 		 555 aa  642    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000797787  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1412  formate-tetrahydrofolate ligase  70.04 
 
 		 556 aa  765    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.749382  hitchhiker  0.00000422387 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0837  formate--tetrahydrofolate ligase  58.3 
 
 		 556 aa  640    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.21789  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1317  formate--tetrahydrofolate ligase  70.94 
 
 		 555 aa  778    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1580  formate--tetrahydrofolate ligase  70.94 
 
 		 555 aa  778    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0203021 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0149  formate--tetrahydrofolate ligase  59.75 
 
 		 556 aa  664    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3264  formate--tetrahydrofolate ligase  64.04 
 
 		 561 aa  711    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1009  formate-tetrahydrofolate ligase  59.1 
 
 		 560 aa  636    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.749229 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2399  formate-tetrahydrofolate ligase  58.92 
 
 		 556 aa  662    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2316  formate--tetrahydrofolate ligase  74.55 
 
 		 557 aa  810    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.345965 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0569  formate--tetrahydrofolate ligase  75.81 
 
 		 557 aa  829    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0018  formate-tetrahydrofolate ligase FTHFS  57.58 
 
 		 556 aa  652    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0447  Formate--tetrahydrofolate ligase  65.77 
 
 		 557 aa  720    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2767  formate--tetrahydrofolate ligase  63.08 
 
 		 557 aa  663    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0163716  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2298  formate--tetrahydrofolate ligase  75.81 
 
 		 559 aa  861    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.307392 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3272  formate--tetrahydrofolate ligase  100 
 
 		 555 aa  1126    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1383  formate--tetrahydrofolate ligase  63.47 
 
 		 565 aa  659    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1712  formate--tetrahydrofolate ligase  65.29 
 
 		 558 aa  722    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.311565 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1283  formate--tetrahydrofolate ligase  72.97 
 
 		 555 aa  828    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0499733  normal  0.578688 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4459  formate-tetrahydrofolate ligase FTHFS  67.5 
 
 		 558 aa  738    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0477556  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2752  formate--tetrahydrofolate ligase  57.58 
 
 		 556 aa  647    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00362383  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0414  formate--tetrahydrofolate ligase  65.95 
 
 		 557 aa  721    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119816  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0795  formate--tetrahydrofolate ligase  60.47 
 
 		 555 aa  660    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00613459  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4072  formate--tetrahydrofolate ligase  67.21 
 
 		 557 aa  734    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3236  formate--tetrahydrofolate ligase  66.91 
 
 		 558 aa  734    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.932652  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1275  formate--tetrahydrofolate ligase  58.56 
 
 		 560 aa  638    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1654  formate--tetrahydrofolate ligase  62.43 
 
 		 555 aa  661    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0498666 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1052  formate--tetrahydrofolate ligase  59.57 
 
 		 556 aa  661    Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0083  Formate-tetrahydrofolate ligase  60.29 
 
 		 556 aa  635    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.784091  normal  0.246286 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0484  Formate--tetrahydrofolate ligase  66.85 
 
 		 557 aa  730    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2815  formate--tetrahydrofolate ligase  77.62 
 
 		 559 aa  865    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.90071  normal  0.0134554 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2254  formate-tetrahydrofolate ligase  59.53 
 
 		 557 aa  631  1e-180  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000171666  unclonable  0.000000224598 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24910  Formate-tetrahydrofolate ligase  59.89 
 
 		 557 aa  633  1e-180  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0555  formate--tetrahydrofolate ligase  58.38 
 
 		 558 aa  628  1e-179  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0621  Formate--tetrahydrofolate ligase  59.64 
 
 		 557 aa  625  1e-178  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.164812  normal  0.927809 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2785  formate--tetrahydrofolate ligase  54.87 
 
 		 556 aa  625  1e-178  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0816  Formate--tetrahydrofolate ligase  60.18 
 
 		 554 aa  622  1e-177  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0136585  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2471  formate--tetrahydrofolate ligase  54.51 
 
 		 556 aa  624  1e-177  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2355  formate--tetrahydrofolate ligase  56.46 
 
 		 569 aa  623  1e-177  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20990  Formate-tetrahydrofolate ligase  58.81 
 
 		 556 aa  622  1e-177  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1055  formate--tetrahydrofolate ligase  55.6 
 
 		 556 aa  621  1e-176  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4561  formate-tetrahydrofolate ligase  61.4 
 
 		 559 aa  615  1e-175  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2864  Formate--tetrahydrofolate ligase  59.35 
 
 		 555 aa  616  1e-175  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1952  formate--tetrahydrofolate ligase  56.14 
 
 		 583 aa  615  1e-175  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0316175  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2187  formate--tetrahydrofolate ligase  56.32 
 
 		 562 aa  612  9.999999999999999e-175  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0200027  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1938  formate--tetrahydrofolate ligase  56.14 
 
 		 562 aa  611  9.999999999999999e-175  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1914  formate--tetrahydrofolate ligase  56.14 
 
 		 562 aa  611  9.999999999999999e-175  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.251904  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2105  Formate--tetrahydrofolate ligase  54.5 
 
 		 553 aa  612  9.999999999999999e-175  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2117  formate--tetrahydrofolate ligase  56.32 
 
 		 583 aa  611  9.999999999999999e-175  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.546563  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1593  formate--tetrahydrofolate ligase  56.14 
 
 		 583 aa  614  9.999999999999999e-175  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211237  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2125  Formate--tetrahydrofolate ligase  54.51 
 
 		 553 aa  613  9.999999999999999e-175  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3197  formate--tetrahydrofolate ligase  56.32 
 
 		 562 aa  612  9.999999999999999e-175  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.780376  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1959  formate--tetrahydrofolate ligase  55.96 
 
 		 562 aa  610  1e-173  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2107  formate--tetrahydrofolate ligase  55.96 
 
 		 562 aa  610  1e-173  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1007  formate--tetrahydrofolate ligase  55.42 
 
 		 555 aa  610  1e-173  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0866489  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2141  formate--tetrahydrofolate ligase  55.96 
 
 		 562 aa  610  1e-173  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2201  formate--tetrahydrofolate ligase  55.96 
 
 		 562 aa  610  1e-173  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0045703  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1295  formate--tetrahydrofolate ligase  54.77 
 
 		 555 aa  607  9.999999999999999e-173  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.973248  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1787  formate--tetrahydrofolate ligase  55.32 
 
 		 555 aa  600  1e-170  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0131  formate--tetrahydrofolate ligase  55.73 
 
 		 553 aa  600  1e-170  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1822  formate--tetrahydrofolate ligase  55.32 
 
 		 555 aa  600  1e-170  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.173797  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1079  formate--tetrahydrofolate ligase  55.5 
 
 		 552 aa  598  1e-170  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000612809  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0451  Formate--tetrahydrofolate ligase  54.05 
 
 		 555 aa  593  1e-168  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00600  Formate--tetrahydrofolate ligase  57.22 
 
 		 554 aa  591  1e-167  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00136025  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3185  Formate--tetrahydrofolate ligase  55.5 
 
 		 560 aa  578  1e-164  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0118  formate--tetrahydrofolate ligase  54.22 
 
 		 557 aa  581  1e-164  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0701  formate-tetrahydrofolate ligase  54.59 
 
 		 554 aa  575  1.0000000000000001e-163  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.287998  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25140  Formate-tetrahydrofolate ligase  55.33 
 
 		 557 aa  573  1.0000000000000001e-162  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.350254  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02250  Formate-tetrahydrofolate ligase  57.19 
 
 		 555 aa  567  1e-160  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0304  formate--tetrahydrofolate ligase  52.61 
 
 		 551 aa  568  1e-160  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1111  Formate--tetrahydrofolate ligase  52.35 
 
 		 551 aa  566  1e-160  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.596432  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0129  formate--tetrahydrofolate ligase  51.87 
 
 		 567 aa  560  1e-158  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000126752  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1756  formate--tetrahydrofolate ligase  50 
 
 		 554 aa  561  1e-158  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0231  Formate--tetrahydrofolate ligase  51.33 
 
 		 567 aa  556  1e-157  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2901  formate--tetrahydrofolate ligase  54.29 
 
 		 565 aa  554  1e-156  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0269  Formate--tetrahydrofolate ligase  50.36 
 
 		 551 aa  549  1e-155  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2057  Formate--tetrahydrofolate ligase  52.58 
 
 		 567 aa  551  1e-155  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0089  formate--tetrahydrofolate ligase  51.15 
 
 		 566 aa  551  1e-155  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.985231  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1058  formate--tetrahydrofolate ligase  53.14 
 
 		 542 aa  549  1e-155  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1321  formate--tetrahydrofolate ligase  52.16 
 
 		 555 aa  546  1e-154  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1054  formate--tetrahydrofolate ligase  53.14 
 
 		 542 aa  547  1e-154  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0766  formate--tetrahydrofolate ligase  51.92 
 
 		 576 aa  539  9.999999999999999e-153  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0219  formate--tetrahydrofolate ligase  53.46 
 
 		 564 aa  541  9.999999999999999e-153  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0358  formate--tetrahydrofolate ligase  50.81 
 
 		 550 aa  539  9.999999999999999e-153  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0792424  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1568  formate--tetrahydrofolate ligase  51.92 
 
 		 576 aa  538  1e-151  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.110911  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2519  formate--tetrahydrofolate ligase  51.75 
 
 		 573 aa  537  1e-151  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2610  formate--tetrahydrofolate ligase  56.22 
 
 		 558 aa  537  1e-151  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320699 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1637  Formate--tetrahydrofolate ligase  50.92 
 
 		 544 aa  537  1e-151  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1820  Formate--tetrahydrofolate ligase  53.48 
 
 		 565 aa  533  1e-150  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.538152 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0522  formate--tetrahydrofolate ligase  53.38 
 
 		 564 aa  533  1e-150  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.897337  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0019  formate--tetrahydrofolate ligase  50.27 
 
 		 554 aa  529  1e-149  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000114952  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1860  Formate--tetrahydrofolate ligase  50.65 
 
 		 557 aa  523  1e-147  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.458674  normal  0.41641 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0769  formate-tetrahydrofolate ligase  50.99 
 
 		 553 aa  521  1e-146  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.115435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>