163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3172 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3172  hypothetical protein  100 
 
 
377 aa  762    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0778857  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3022  protein of unknown function DUF185  68.22 
 
 
366 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2759  protein of unknown function DUF185  68.22 
 
 
366 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.511112  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2253  hypothetical protein  65.56 
 
 
367 aa  500  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.262355  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1638  hypothetical protein  51.81 
 
 
363 aa  361  1e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1529  hypothetical protein  49.59 
 
 
365 aa  347  2e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1478  hypothetical protein  49.59 
 
 
365 aa  347  2e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00590219  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2151  hypothetical protein  46.94 
 
 
358 aa  319  6e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0956088  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2549  hypothetical protein  49.2 
 
 
368 aa  310  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569612  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0995  hypothetical protein  43.18 
 
 
366 aa  306  3e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199095  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4843  protein of unknown function DUF185  46.67 
 
 
379 aa  301  9e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4165  hypothetical protein  45.79 
 
 
376 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.576249  normal  0.0725771 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3876  hypothetical protein  44.93 
 
 
376 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.234317  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1764  hypothetical protein  43.58 
 
 
375 aa  289  6e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.526416  normal  0.881912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1412  hypothetical protein  44.11 
 
 
375 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00525557  normal  0.308753 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3094  hypothetical protein  42.98 
 
 
375 aa  283  5.000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2503  hypothetical protein  42.39 
 
 
390 aa  281  1e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.156222  normal  0.549612 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2261  hypothetical protein  43.34 
 
 
356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2212  hypothetical protein  46.07 
 
 
355 aa  259  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5412  hypothetical protein  45.05 
 
 
356 aa  256  4e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5254  protein of unknown function DUF185  44.35 
 
 
367 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0619  hypothetical protein  43.14 
 
 
357 aa  253  3e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.770562  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1134  protein of unknown function DUF185  43.71 
 
 
369 aa  249  6e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0347191 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0259  hypothetical protein  43.61 
 
 
353 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.655158 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0760  hypothetical protein  39.29 
 
 
366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.562403 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1579  hypothetical protein  50 
 
 
351 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0231  hypothetical protein  50.17 
 
 
353 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0679  hypothetical protein  43.89 
 
 
351 aa  235  8e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3334  hypothetical protein  43.41 
 
 
371 aa  234  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.47011 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1092  protein of unknown function DUF185  42.23 
 
 
339 aa  233  3e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.192418  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0642  hypothetical protein  43.61 
 
 
364 aa  230  3e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.175347  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0673  hypothetical protein  40.29 
 
 
402 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3534  hypothetical protein  39.74 
 
 
386 aa  228  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.196392  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2650  hypothetical protein  42.57 
 
 
363 aa  226  6e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0487  hypothetical protein  41.64 
 
 
356 aa  225  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3290  hypothetical protein  43.92 
 
 
367 aa  222  9e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.11841  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0313  hypothetical protein  36.39 
 
 
335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.368023  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2884  hypothetical protein  44.76 
 
 
361 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.43196  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0762  hypothetical protein  34.59 
 
 
335 aa  215  9e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.244362  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0424  hypothetical protein  39.81 
 
 
324 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3110  protein of unknown function DUF185  44.93 
 
 
361 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.922104  normal  0.232642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3007  protein of unknown function DUF185  44.64 
 
 
362 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0717  hypothetical protein  33.72 
 
 
349 aa  211  2e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1230  hypothetical protein  37.99 
 
 
351 aa  206  8e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.369365  normal  0.219943 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0601  hypothetical protein  35.48 
 
 
323 aa  203  3e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.434393  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC00510  conserved hypothetical protein  35.54 
 
 
449 aa  191  2e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_68115  predicted protein  29.88 
 
 
515 aa  175  9.999999999999999e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06041  DUF185 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G09740)  30.18 
 
 
504 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.115857  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41366  predicted protein  32.74 
 
 
461 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.151662  normal  0.0721349 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2997  hypothetical protein  32.63 
 
 
396 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0230  hypothetical protein  31.05 
 
 
386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.885139 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3621  hypothetical protein  30.3 
 
 
393 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000385343  normal  0.0821404 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3044  protein of unknown function DUF185  27.7 
 
 
387 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2755  hypothetical protein  30.61 
 
 
370 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1091  hypothetical protein  31.37 
 
 
387 aa  124  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.25042  decreased coverage  0.00000118713 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0153  protein of unknown function DUF185  31.22 
 
 
398 aa  123  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.850011  normal  0.50101 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0155  hypothetical protein  32.55 
 
 
397 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.621796  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0977  protein of unknown function DUF185  29.05 
 
 
360 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0697  protein of unknown function DUF185  32.89 
 
 
391 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.141855  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2363  hypothetical protein  32.45 
 
 
396 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.421927  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2977  hypothetical protein  32.45 
 
 
396 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2330  hypothetical protein  29.95 
 
 
394 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0337  hypothetical protein  31.93 
 
 
424 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6326  hypothetical protein  30.5 
 
 
397 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.883144  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3084  hypothetical protein  28.69 
 
 
385 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0943  hypothetical protein  28.84 
 
 
385 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000189258  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0626  protein of unknown function DUF185  26.77 
 
 
384 aa  116  5e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.925683  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0048  protein of unknown function DUF185  31.65 
 
 
397 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0104  hypothetical protein  31.88 
 
 
404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000103575 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2972  hypothetical protein  30.24 
 
 
396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.852457  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0057  hypothetical protein  27.84 
 
 
417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0045  protein of unknown function DUF185  31.32 
 
 
397 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2351  protein of unknown function DUF185  27.52 
 
 
410 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2027  hypothetical protein  27.84 
 
 
388 aa  115  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2793  protein of unknown function DUF185  28.73 
 
 
386 aa  114  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.425322  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0812  hypothetical protein  27.47 
 
 
375 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0329  protein of unknown function DUF185  30.11 
 
 
393 aa  112  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0476  hypothetical protein  28.97 
 
 
386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4140  hypothetical protein  33.62 
 
 
386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_15641  predicted protein  29 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1466  hypothetical protein  30.13 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1815  hypothetical protein  27.51 
 
 
394 aa  110  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.520553  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1711  protein of unknown function DUF185  27.35 
 
 
395 aa  109  8.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.676361  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4086  hypothetical protein  30.29 
 
 
394 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1418  protein of unknown function DUF185  27.73 
 
 
385 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1649  protein of unknown function DUF185  28.78 
 
 
386 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0325386  hitchhiker  0.0000000752417 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2887  hypothetical protein  29.97 
 
 
396 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3733  protein of unknown function DUF185  29.97 
 
 
396 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0278081  normal  0.709484 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2702  hypothetical protein  30.42 
 
 
384 aa  107  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.588204  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0383  protein of unknown function DUF185  30.29 
 
 
378 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000105312  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0203  hypothetical protein  30.21 
 
 
396 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1996  hypothetical protein  27.62 
 
 
395 aa  107  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04309  hypothetical protein  30.81 
 
 
394 aa  106  6e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.954099  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2922  hypothetical protein  28.42 
 
 
370 aa  106  7e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0497  hypothetical protein  30.83 
 
 
366 aa  106  8e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0818401 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1251  hypothetical protein  30.64 
 
 
337 aa  106  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0519  hypothetical protein  30.87 
 
 
368 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.386799  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2776  hypothetical protein  27.97 
 
 
370 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0181  hypothetical protein  30.03 
 
 
398 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.301836 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3024  hypothetical protein  30.24 
 
 
396 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>