205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2877 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2877  hypothetical protein  100 
 
 
277 aa  552  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6773  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  59.33 
 
 
271 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67063  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5868  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  59.55 
 
 
271 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.432007  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1059  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  52 
 
 
285 aa  277  1e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0432754  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1324  endonuclease/exonuclease/phosphatase  52 
 
 
285 aa  277  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0997  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  51.64 
 
 
285 aa  275  4e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0870  endonuclease/exonuclease/phosphatase  52.61 
 
 
287 aa  271  8.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282627  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0846  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.72 
 
 
292 aa  255  5e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0003  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.59 
 
 
299 aa  242  5e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2394  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.46 
 
 
240 aa  208  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0672115  normal  0.448912 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0472  hypothetical protein  50 
 
 
240 aa  199  3e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2124  endonuclease/exonuclease/phosphatase  50 
 
 
240 aa  199  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.908976 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0239  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.71 
 
 
258 aa  151  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.577245  normal  0.289646 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3204  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.98 
 
 
259 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2325  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.25 
 
 
231 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.415298 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0692  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.3 
 
 
245 aa  145  8.000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.221154  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1916  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.29 
 
 
230 aa  144  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1524  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.39 
 
 
228 aa  143  4e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4059  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.06 
 
 
260 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.67832 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2520  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.99 
 
 
232 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2132  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.79 
 
 
226 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1473  hypothetical protein  38.26 
 
 
273 aa  129  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.257293  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2363  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.55 
 
 
255 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5411  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.3 
 
 
250 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.746518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.77 
 
 
283 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0420  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.39 
 
 
236 aa  108  8.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.45 
 
 
265 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1422  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.78 
 
 
235 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0383  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.51 
 
 
266 aa  103  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.07 
 
 
837 aa  103  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2216  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.08 
 
 
243 aa  101  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0194229  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0496  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.3 
 
 
246 aa  98.6  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.5 
 
 
328 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0201  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.66 
 
 
264 aa  97.4  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2670  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.47 
 
 
260 aa  97.1  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246537  normal  0.0515035 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01462  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.24 
 
 
233 aa  96.7  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.5 
 
 
328 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5423  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.87 
 
 
242 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313531  hitchhiker  0.0062358 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4045  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.4 
 
 
242 aa  96.3  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6090  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.44 
 
 
258 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18128  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5127  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.88 
 
 
242 aa  94  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.0539363 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.21 
 
 
263 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6501  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.21 
 
 
263 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126817  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3930  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.78 
 
 
247 aa  93.6  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0720293 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1140  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.77 
 
 
231 aa  93.2  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6314  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.15 
 
 
269 aa  92.8  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0901897 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.56 
 
 
281 aa  92.8  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5588  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.17 
 
 
269 aa  92.4  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15644  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1514  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.6 
 
 
246 aa  92  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.126297 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3253  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.05 
 
 
253 aa  90.5  3e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.378001  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2727  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.6 
 
 
246 aa  90.1  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.216689  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2772  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.43 
 
 
261 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.472556  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  30.9 
 
 
245 aa  89.7  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2865  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.43 
 
 
261 aa  89.7  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5493  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.06 
 
 
278 aa  89.4  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.306278  hitchhiker  0.00234729 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.3 
 
 
257 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.43 
 
 
808 aa  85.1  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2679  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.47 
 
 
282 aa  83.2  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3731  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.69 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3767  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.8 
 
 
252 aa  79.7  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0769557 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1880  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  35.37 
 
 
338 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850381  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2988  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.24 
 
 
282 aa  79.3  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.685317  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1972  metal-dependent hydrolase  35.37 
 
 
338 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1343  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.71 
 
 
279 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591358  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0806  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.8 
 
 
255 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.636912  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0877  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.8 
 
 
255 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23458  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3265  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.3 
 
 
257 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.585826  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5450  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.27 
 
 
257 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0408  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  34.6 
 
 
1153 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352854  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2495  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.3 
 
 
257 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1327  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.73 
 
 
245 aa  77  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51669  hitchhiker  0.00270426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2631  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.49 
 
 
257 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.363839 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2380  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.08 
 
 
251 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0080  hypothetical protein  29.02 
 
 
302 aa  75.1  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0445  endonuclease / exonuclease / phosphatase family protein  30.4 
 
 
251 aa  75.1  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.625659 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0013  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.47 
 
 
242 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5307  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.24 
 
 
244 aa  74.3  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0014  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.73 
 
 
277 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0607  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.57 
 
 
253 aa  73.6  0.000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0086  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.02 
 
 
257 aa  73.2  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0008  hypothetical protein  30.26 
 
 
244 aa  71.6  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326697  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4120  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.71 
 
 
250 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3633  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.39 
 
 
252 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0240015  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2645  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.19 
 
 
261 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.150024  normal  0.299573 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2238  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.59 
 
 
251 aa  70.5  0.00000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3278  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.38 
 
 
261 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3616  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.84 
 
 
287 aa  67.4  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11000  metal-dependent hydrolase  36.05 
 
 
316 aa  67.8  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3724  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.92 
 
 
279 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.236792  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1072  hypothetical protein  29.44 
 
 
270 aa  67.4  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.348031  normal  0.384131 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2284  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.16 
 
 
262 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0656369  hitchhiker  0.000754964 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3642  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.67 
 
 
249 aa  67.4  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.748827  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0048  hypothetical protein  28.8 
 
 
256 aa  67  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00965819  normal  0.1661 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2702  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.78 
 
 
265 aa  66.2  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3007  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.55 
 
 
279 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4298  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.32 
 
 
259 aa  65.9  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24830  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.85 
 
 
276 aa  65.9  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.669671  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.2 
 
 
267 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0606  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.85 
 
 
250 aa  64.3  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.374942  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4976  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.32 
 
 
266 aa  63.5  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000483065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>