271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2819 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2819  dihydrofolate reductase  100 
 
 
173 aa  353  5.999999999999999e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.198345  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2019  dihydrofolate reductase  57.56 
 
 
187 aa  202  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1750  dihydrofolate reductase  56.73 
 
 
167 aa  197  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175283  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1398  dihydrofolate reductase  56.14 
 
 
172 aa  196  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1354  dihydrofolate reductase  56.14 
 
 
172 aa  195  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.340933  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2801  Dihydrofolate reductase  54.76 
 
 
172 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22692  normal  0.836348 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1793  dihydrofolate reductase  55.29 
 
 
174 aa  191  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.928797  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2542  Dihydrofolate reductase  54.17 
 
 
172 aa  190  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.929799 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04648  dihydrofolate reductase  44.64 
 
 
164 aa  151  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.20271  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2659  dihydrofolate reductase  46.43 
 
 
166 aa  150  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.691401 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0925  dihydrofolate reductase  42.77 
 
 
169 aa  149  2e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00805  hypothetical protein  43.37 
 
 
159 aa  148  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2886  Dihydrofolate reductase  46.43 
 
 
166 aa  148  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4526  dihydrofolate reductase  47.62 
 
 
166 aa  147  6e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85477  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0423  dihydrofolate reductase  43.79 
 
 
166 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0200309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2781  Dihydrofolate reductase  45.24 
 
 
166 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.258533 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4505  dihydrofolate reductase  43.02 
 
 
170 aa  145  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.13858  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6098  dihydrofolate reductase  44.71 
 
 
170 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3646  dihydrofolate reductase  49.31 
 
 
160 aa  145  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1420  dihydrofolate reductase  49.06 
 
 
178 aa  145  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112898  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4811  Dihydrofolate reductase  43.79 
 
 
183 aa  144  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.431649  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3120  dihydrofolate reductase  43.79 
 
 
160 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0984  dihydrofolate reductase  42.01 
 
 
160 aa  144  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.69665  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001668  dihydrofolate reductase  42.77 
 
 
159 aa  143  9e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2350  dihydrofolate reductase region  45.56 
 
 
178 aa  143  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0900  dihydrofolate reductase  43.79 
 
 
160 aa  143  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.131279  normal  0.732147 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2729  dihydrofolate reductase  46.15 
 
 
178 aa  142  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3084  dihydrofolate reductase  47.55 
 
 
160 aa  142  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3214  dihydrofolate reductase  43.2 
 
 
160 aa  142  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.871101  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3741  dihydrofolate reductase  42.6 
 
 
169 aa  141  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.674026  hitchhiker  0.000322893 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0899  Dihydrofolate reductase  44.31 
 
 
177 aa  141  5e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0700  dihydrofolate reductase region  44.12 
 
 
163 aa  141  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.694361  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2037  dihydrofolate reductase  45.29 
 
 
179 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.473794 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1855  Dihydrofolate reductase  47.53 
 
 
171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.513687  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3318  Dihydrofolate reductase  41.42 
 
 
160 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6452  Dihydrofolate reductase  42.51 
 
 
164 aa  139  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.816768  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1074  dihydrofolate reductase  41.42 
 
 
160 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0303057  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1041  dihydrofolate reductase  41.42 
 
 
160 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0691593  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2431  dihydrofolate reductase  39.76 
 
 
171 aa  138  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1009  dihydrofolate reductase  47.3 
 
 
160 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.415728  hitchhiker  0.0000243395 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0959  dihydrofolate reductase  47.65 
 
 
160 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0096  Dihydrofolate reductase  43.2 
 
 
161 aa  137  6e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3353  dihydrofolate reductase  44.12 
 
 
179 aa  137  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0397175 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4006  Dihydrofolate reductase  46.91 
 
 
180 aa  137  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.813687  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2858  dihydrofolate reductase  39.41 
 
 
165 aa  137  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000404405  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1090  dihydrofolate reductase  42.6 
 
 
163 aa  136  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0523811 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0972  dihydrofolate reductase  40.24 
 
 
160 aa  135  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.415398  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2449  dihydrofolate reductase  39.76 
 
 
169 aa  135  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.110989 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2811  Dihydrofolate reductase  45.56 
 
 
292 aa  134  4e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000627481  hitchhiker  0.0000305943 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0664  Dihydrofolate reductase  42.86 
 
 
163 aa  135  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.618324  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4737  dihydrofolate reductase  46.81 
 
 
170 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.153856 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4209  dihydrofolate reductase  40.83 
 
 
176 aa  134  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48110  Dihydrofolate reductase  43.71 
 
 
171 aa  134  9e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000576537  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2025  dihydrofolate reductase  43.48 
 
 
173 aa  134  9e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.517984  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3387  dihydrofolate reductase  40.49 
 
 
171 aa  133  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2922  dihydrofolate reductase  44 
 
 
160 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000038363  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2824  dihydrofolate reductase  45.52 
 
 
160 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0380  dihydrofolate reductase  43.87 
 
 
162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0244  dihydrofolate reductase  42.44 
 
 
167 aa  132  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0387  dihydrofolate reductase  42.44 
 
 
167 aa  132  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5361  dihydrofolate reductase  42.17 
 
 
170 aa  132  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0874  dihydrofolate reductase  45.64 
 
 
160 aa  132  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0789491  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2902  dihydrofolate reductase  42.44 
 
 
167 aa  132  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.95504  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2530  dihydrofolate reductase  42.44 
 
 
167 aa  132  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0903  dihydrofolate reductase  42.44 
 
 
167 aa  132  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0333  dihydrofolate reductase  42.26 
 
 
171 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1674  dihydrofolate reductase  43.6 
 
 
219 aa  131  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.69831  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2952  dihydrofolate reductase  41.86 
 
 
167 aa  130  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.700087  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0366  dihydrofolate reductase type 3  38.67 
 
 
173 aa  130  9e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0946  dihydrofolate reductase oxidoreductase protein  41.42 
 
 
167 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0266319 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2052  dihydrofolate reductase  47.68 
 
 
165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.837329  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0437  dihydrofolate reductase  45.39 
 
 
170 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2842  dihydrofolate reductase  41.86 
 
 
167 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.551792  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0351  dihydrofolate reductase  38.95 
 
 
171 aa  129  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.312334 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0817  Dihydrofolate reductase  40.24 
 
 
167 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0189  dihydrofolate reductase  40.48 
 
 
161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03728  dihydrofolate reductase type I, trimethoprim resistance  45.93 
 
 
167 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.794995  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0888  Dihydrofolate reductase  40.24 
 
 
167 aa  129  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.450678 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0932  dihydrofolate reductase  45.64 
 
 
163 aa  128  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2947  dihydrofolate reductase  45.28 
 
 
161 aa  128  5.0000000000000004e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.631471  normal  0.0218136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1051  Dihydrofolate reductase  38.92 
 
 
163 aa  127  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0914  dihydrofolate reductase  40.24 
 
 
166 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0857  dihydrofolate reductase  41.03 
 
 
160 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.535024  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0579  dihydrofolate reductase  40.7 
 
 
163 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5184  dihydrofolate reductase  44.67 
 
 
171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.128106  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0573  dihydrofolate reductase  37.06 
 
 
175 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1259  dihydrofolate reductase  38.95 
 
 
166 aa  124  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000117579 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0443  dihydrofolate reductase  43.97 
 
 
168 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2569  dihydrofolate reductase  37.79 
 
 
166 aa  125  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.858438  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1448  dihydrofolate reductase  39.52 
 
 
188 aa  124  5e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2964  Dihydrofolate reductase  38.95 
 
 
166 aa  124  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.159706  normal  0.451516 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2571  dihydrofolate reductase  45.16 
 
 
195 aa  124  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115778  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1591  Dihydrofolate reductase  40.83 
 
 
164 aa  124  7e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00889611  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5132  dihydrofolate reductase  44.67 
 
 
171 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.632435  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4196  dihydrofolate reductase  41.18 
 
 
166 aa  122  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3262  dihydrofolate reductase  42.26 
 
 
169 aa  123  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.497325  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1421  Dihydrofolate reductase  38.32 
 
 
161 aa  123  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.491047 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1020  dihydrofolate reductase  37.79 
 
 
166 aa  122  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831665  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1729  dihydrofolate reductase  40.72 
 
 
198 aa  122  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000733059 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1045  dihydrofolate reductase  41.07 
 
 
163 aa  122  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.46602  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>