More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2729 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2729  SAM-dependent methyltransferase  100 
 
 
264 aa  550  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.88464  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0249  Methyltransferase type 11  59.51 
 
 
260 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0220437  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2361  methyltransferase type 11  56.8 
 
 
254 aa  259  4e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0504616  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02611  methyltransferase in menaquinone/biotin biosynthesis  50 
 
 
261 aa  255  5e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2088  methyltransferase type 11  51 
 
 
258 aa  253  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0744  methyltransferase type 11  47.62 
 
 
256 aa  247  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1891  UbiE/COQ5 methyltransferase  47.58 
 
 
255 aa  246  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249773  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2014  hypothetical protein  47.6 
 
 
253 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00388646  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5294  Methyltransferase type 11  52.23 
 
 
259 aa  246  4e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.570437 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1518  methyltransferase type 11  48.61 
 
 
254 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.349113  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4752  methyltransferase type 11  52.23 
 
 
259 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.302185  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1987  UbiE/COQ5 family methlytransferase  48.37 
 
 
254 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.199411  hitchhiker  0.00854034 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1891  Methyltransferase type 11  48.39 
 
 
255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.742505  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3772  methyltransferase type 11  47.97 
 
 
254 aa  241  6e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1550  methyltransferase type 11  46.8 
 
 
254 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5219  Methyltransferase type 11  51.82 
 
 
259 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0306756 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1419  Methyltransferase type 11  49.03 
 
 
256 aa  239  2.9999999999999997e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1008  methyltransferase type 11  46.06 
 
 
256 aa  238  5.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3440  Methyltransferase type 11  45.63 
 
 
256 aa  234  7e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0282  UbiE/COQ5 family methyltransferase  47.04 
 
 
256 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.986318 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0297  UbiE/COQ5 family methyltransferase  47.04 
 
 
256 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378405  normal  0.771638 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3293  Methyltransferase type 11  43.65 
 
 
257 aa  231  6e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0289  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  46.64 
 
 
256 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.911114 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0284  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  46.64 
 
 
256 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5564  methyltransferase type 11  53.85 
 
 
258 aa  229  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0303  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  46.64 
 
 
256 aa  229  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0336  methyltransferase type 11  45.97 
 
 
261 aa  226  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.549644  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5754  UbiE/COQ5 methyltransferase  46.18 
 
 
250 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0214  UbiE/COQ5 family methlytransferase  43.53 
 
 
256 aa  225  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00594444  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3930  Methyltransferase type 11  49.17 
 
 
250 aa  225  6e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.56855 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4043  Methyltransferase type 11  49.17 
 
 
250 aa  225  6e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0224  UbiE/COQ5 family methlytransferase  43.43 
 
 
256 aa  224  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.234424  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0215  UbiE/COQ5 family methlytransferase  43.03 
 
 
256 aa  223  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.383656  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2470  methyltransferase type 11  45.75 
 
 
250 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.28485  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2431  methyltransferase type 11  44.18 
 
 
250 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.508094 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2336  methyltransferase type 11  44.94 
 
 
250 aa  218  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.223131 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1815  methyltransferase type 11  44.18 
 
 
250 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2427  methyltransferase type 11  44.18 
 
 
250 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.992518  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0867  methyltransferase type 11  44.98 
 
 
250 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.873465  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2181  methyltransferase type 11  44.94 
 
 
250 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0100856 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0222  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  42.23 
 
 
256 aa  217  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.188409  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0870  UbiE/COQ5 family methlytransferase  44.35 
 
 
251 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.61862  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0529  methyltransferase type 11  45.49 
 
 
256 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.544475  hitchhiker  0.0000501952 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1067  Methyltransferase type 11  43.15 
 
 
250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0774  Methyltransferase type 11  45.04 
 
 
254 aa  209  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0623  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  45.04 
 
 
254 aa  209  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1227  UbiE/COQ5 family methlytransferase  45.97 
 
 
251 aa  208  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.177857  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1074  UbiE/COQ5 family methlytransferase  45.97 
 
 
251 aa  208  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3413  putative methyltransferase  43.95 
 
 
250 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.673339  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1068  UbiE/COQ5 family methlytransferase  45.56 
 
 
251 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2997  UbiE/COQ5 family methlytransferase  45.16 
 
 
251 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0726  UbiE/COQ5 family methlytransferase  45.16 
 
 
251 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.195115  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1602  UbiE/COQ5 family methlytransferase  45.16 
 
 
251 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2288  UbiE/COQ5 family methlytransferase  45.16 
 
 
251 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.508663  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23770  putative biotin synthesis protein  50 
 
 
187 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0761957 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0587  UbiE/COQ5 methyltransferase  44.4 
 
 
261 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.846793  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00203  predicted S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  43.84 
 
 
207 aa  185  8e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00208  hypothetical protein  43.84 
 
 
207 aa  185  8e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3455  methyltransferase type 11  43.84 
 
 
207 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.915003  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0206  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  42.86 
 
 
207 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3398  Methyltransferase type 11  42.36 
 
 
207 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3145  hypothetical protein  45.6 
 
 
204 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.725921  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3296  hypothetical protein  45.05 
 
 
212 aa  171  9e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.114197  normal  0.0687983 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3284  methyltransferase type 11  45.51 
 
 
173 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.859694  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2621  methyltransferase  31.84 
 
 
261 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.548426  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2893  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  31.43 
 
 
261 aa  143  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000234775 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2695  UbiE/COQ5 family methlytransferase  30.4 
 
 
258 aa  142  4e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0592543  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2890  UbiE/COQ5 family methlytransferase  30.4 
 
 
258 aa  142  4e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2644  methyltransferase  31.02 
 
 
261 aa  142  7e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0423484  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2941  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  31.43 
 
 
261 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000113284  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2697  methyltransferase type 11  31.84 
 
 
264 aa  139  7e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.147687  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2339  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  31.43 
 
 
261 aa  137  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00260847 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2906  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  31.02 
 
 
261 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2929  UbiE/COQ5 family methlytransferase  30.61 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00250227  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1066  putative methyltransferase  30.59 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000495873  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0301  UbiE/COQ5 family methlytransferase  29.63 
 
 
257 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0798  UbiE/COQ5 methyltransferase  25.4 
 
 
259 aa  77  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.350389 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3752  Methyltransferase type 11  32.61 
 
 
259 aa  73.6  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.51014  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4556  methyltransferase type 11  26.9 
 
 
253 aa  68.9  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0465  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  35.71 
 
 
249 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2269  methyltransferase type 11  31.82 
 
 
240 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.541668  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0164  UbiE/COQ5 family methlytransferase  28.08 
 
 
207 aa  67  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0485  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  29.03 
 
 
249 aa  65.9  0.0000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.693247  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3572  Methyltransferase type 11  33.33 
 
 
270 aa  64.7  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1686  hypothetical protein  26.14 
 
 
287 aa  63.9  0.000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.280854  hitchhiker  0.00385522 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1697  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  31.53 
 
 
249 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0587723  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0168  UbiE/COQ5 family methlytransferase  27.4 
 
 
207 aa  63.5  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0429  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  26.88 
 
 
249 aa  63.2  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1327  methyltransferase  29.58 
 
 
258 aa  63.2  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0582471  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1218  Tn554 hypothetical protein  31.19 
 
 
220 aa  63.2  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000635132  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1341  Tn554 hypothetical protein  31.19 
 
 
220 aa  63.2  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.458469  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2512  hypothetical protein  31.19 
 
 
220 aa  63.2  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.452599  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1712  methyltransferase type 12  31.19 
 
 
220 aa  63.2  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0038  methyltransferase type 12  31.19 
 
 
220 aa  63.2  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1746  methyltransferase type 12  31.19 
 
 
220 aa  63.2  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0212667  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0038  methyltransferase type 12  31.19 
 
 
220 aa  63.2  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1462  methyltransferase type 11  26.97 
 
 
285 aa  62.8  0.000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.032097 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2332  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  27.43 
 
 
245 aa  62.8  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1999  2-heptaprenyl-1,4- naphthoquinonemethyltransferas e  26.03 
 
 
235 aa  62  0.000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.753273  normal  0.375757 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1848  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  31.46 
 
 
282 aa  61.6  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.329247 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>