More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2504 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2504  permease  100 
 
 		 312 aa  620  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  71.8 
 
 		 306 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  71.57 
 
 		 318 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  49 
 
 		 309 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  50.17 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  49.83 
 
 		 297 aa  268  7e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40 
 
 		 318 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.69 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  38.49 
 
 		 342 aa  199  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  39.8 
 
 		 317 aa  198  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0880  hypothetical protein  40.96 
 
 		 307 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2006  hypothetical protein  40.96 
 
 		 307 aa  176  7e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0364  RarD family protein  40.27 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  34.71 
 
 		 324 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  33 
 
 		 292 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.22 
 
 		 313 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2148  putative S-adenosylmethionine uptake transporter  35.35 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820998 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  32.67 
 
 		 292 aa  148  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  33.56 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  32.11 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3465  hypothetical protein  36.96 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.12 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  33.78 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  33.22 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.78 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  33.79 
 
 		 331 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  31.19 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.72 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  32.29 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  34.3 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  30.03 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  31.05 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  34.22 
 
 		 310 aa  132  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  30.59 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  33.33 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  31.42 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  31.85 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  30.82 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  35.29 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  30.13 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0424  DMT family permease  33.55 
 
 		 305 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  32.06 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3918  hypothetical protein  30.87 
 
 		 285 aa  126  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1859  hypothetical protein  30.8 
 
 		 285 aa  125  9e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103759 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  30.13 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  29.8 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  32.65 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  33.99 
 
 		 331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0643  hypothetical protein  30.55 
 
 		 312 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254759  normal  0.394325 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  28.57 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28664  DMT family transporter: drug/metabolite  29.69 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  29.67 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  30.16 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1081  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.49 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0156  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.25 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.310951  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  29.18 
 
 		 289 aa  115  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04178  drug/metabolite transporter superfamily protein  31.08 
 
 		 291 aa  115  7.999999999999999e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291687  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0932  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.97 
 
 		 312 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0197458  normal  0.805634 
 
 
-
 
NC_003296  RS02987  hypothetical protein  29.19 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0991563  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  31.42 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  29.67 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0601  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.69 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0826683 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  29.67 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2307  hypothetical protein  32.35 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  0.119716 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.63 
 
 		 293 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.646472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  28.95 
 
 		 304 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3854  hypothetical protein  30.53 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1857  hypothetical protein  30.91 
 
 		 300 aa  112  9e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0328691  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  32.05 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0654  DMT family permease  31.92 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1379  permease  28.62 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139732  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1559  hypothetical protein  32.43 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0570  hypothetical protein  32.59 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1431  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.2 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.516158 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.07 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2983  hypothetical protein  28.88 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000000753467  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  29.23 
 
 		 320 aa  109  7.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.45 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  31.63 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  29.33 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3305  protein of unknown function DUF6  29.9 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1274  hypothetical protein  31.88 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154699  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0618  hypothetical protein  29.62 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893189  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  32.12 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1388  hypothetical protein  33.48 
 
 		 337 aa  106  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2661  hypothetical protein  29.21 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.02 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  31.54 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  29.15 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0617  hypothetical protein  29.93 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.6 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0229  hypothetical protein  29.14 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0908  hypothetical protein  29.66 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.144384  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1093  integral membrane protein  28.76 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.536997  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0621  hypothetical protein  27.92 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.182424  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3834  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.21 
 
 		 289 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2209  hypothetical protein  33.11 
 
 		 276 aa  102  7e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0133362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3586  hypothetical protein  29.13 
 
 		 299 aa  102  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0578  hypothetical protein  29.55 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0649  hypothetical protein  30.17 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>