More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2261 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  100 
 
 
330 aa  669    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  86.69 
 
 
329 aa  580  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  87.62 
 
 
330 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  78.05 
 
 
330 aa  544  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  73.01 
 
 
326 aa  502  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  74.2 
 
 
318 aa  494  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  71.04 
 
 
326 aa  496  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  69.57 
 
 
327 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  66.87 
 
 
327 aa  460  9.999999999999999e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  54.8 
 
 
468 aa  368  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  54.8 
 
 
468 aa  368  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  54.15 
 
 
446 aa  364  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  54.55 
 
 
501 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  55 
 
 
455 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  54.23 
 
 
458 aa  361  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  54.83 
 
 
412 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  55.14 
 
 
453 aa  359  5e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  54.52 
 
 
411 aa  357  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  52.59 
 
 
364 aa  355  5e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  53.25 
 
 
469 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  54.04 
 
 
457 aa  354  1e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  53.75 
 
 
444 aa  352  4e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  52.01 
 
 
471 aa  351  8.999999999999999e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  49.71 
 
 
350 aa  323  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  47.09 
 
 
349 aa  309  5e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  49.55 
 
 
330 aa  290  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.92 
 
 
330 aa  286  4e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  48.12 
 
 
325 aa  274  2.0000000000000002e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.97 
 
 
348 aa  271  1e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.52 
 
 
436 aa  269  5.9999999999999995e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  47.95 
 
 
324 aa  256  3e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.94 
 
 
354 aa  255  9e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.06 
 
 
348 aa  253  3e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.34 
 
 
330 aa  253  3e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  42.14 
 
 
346 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.09 
 
 
368 aa  239  5e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.25 
 
 
346 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  40.95 
 
 
346 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  43.32 
 
 
348 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  41.61 
 
 
329 aa  228  7e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  40.06 
 
 
405 aa  227  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.86 
 
 
332 aa  189  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 
333 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  36.81 
 
 
333 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  36.81 
 
 
333 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.36 
 
 
320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  31.96 
 
 
307 aa  184  3e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.99 
 
 
316 aa  182  7e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.39 
 
 
318 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  35.39 
 
 
318 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  36.14 
 
 
313 aa  179  8e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.71 
 
 
326 aa  176  6e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.96 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  36.05 
 
 
346 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.69 
 
 
318 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.36 
 
 
318 aa  173  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.26 
 
 
328 aa  173  5e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  37.85 
 
 
278 aa  172  7.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  35.11 
 
 
319 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.44 
 
 
318 aa  170  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  35.35 
 
 
312 aa  170  3e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.96 
 
 
319 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.96 
 
 
319 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.96 
 
 
319 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.96 
 
 
319 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.96 
 
 
319 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  35.37 
 
 
323 aa  169  8e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.87 
 
 
315 aa  168  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.3 
 
 
318 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  34.38 
 
 
320 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  34.15 
 
 
329 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  36 
 
 
362 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  34.27 
 
 
325 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  33.65 
 
 
364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  34.67 
 
 
317 aa  166  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  32.39 
 
 
318 aa  165  8e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  34.62 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  34.62 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.62 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.62 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.62 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.62 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.62 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  34.62 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.85 
 
 
320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584108  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  35.06 
 
 
330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  34.89 
 
 
339 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.29 
 
 
319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  33.44 
 
 
319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.65 
 
 
314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.54 
 
 
329 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.54 
 
 
329 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  41.92 
 
 
286 aa  162  8.000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.9 
 
 
327 aa  162  8.000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  32.72 
 
 
319 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  33.54 
 
 
329 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  36.68 
 
 
339 aa  161  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.54 
 
 
329 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.25 
 
 
308 aa  160  3e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  33.54 
 
 
330 aa  160  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>