More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2184 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2184  ABC transporter substrate binding protein (zinc)  100 
 
 		 308 aa  619  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2291  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2718  periplasmic solute binding protein  57.51 
 
 		 344 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2384  periplasmic solute binding protein  58.2 
 
 		 351 aa  345  5e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691591  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1697  periplasmic solute binding protein  52.99 
 
 		 347 aa  340  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4176  periplasmic solute binding protein  52.62 
 
 		 346 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1027  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  52.01 
 
 		 334 aa  335  3.9999999999999995e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1122  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  52.01 
 
 		 334 aa  335  3.9999999999999995e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.124728  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4006  periplasmic solute binding protein  48.85 
 
 		 303 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129807  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2751  periplasmic solute binding protein  42.62 
 
 		 332 aa  258  7e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  41.41 
 
 		 313 aa  241  7.999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1194  periplasmic solute binding protein  42.81 
 
 		 329 aa  235  8e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170646 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0312  periplasmic solute binding protein  40.52 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3183  periplasmic solute binding protein  35.26 
 
 		 371 aa  231  2e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0392805  normal  0.124808 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2027  high-affinity zinc transporter periplasmic component  41.06 
 
 		 318 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130529  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2140  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40.73 
 
 		 318 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000251275  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  42.48 
 
 		 314 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  42.48 
 
 		 314 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  42.48 
 
 		 314 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  42.48 
 
 		 314 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  42.48 
 
 		 314 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2773  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40.19 
 
 		 321 aa  224  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000694266  hitchhiker  0.00715956 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1827  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40.82 
 
 		 339 aa  223  4e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0735941  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2593  high-affinity zinc transporter periplasmic component  41.36 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00016843  normal  0.856449 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2111  high-affinity zinc transporter periplasmic component  39.75 
 
 		 339 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0209857  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0953  high-affinity zinc transporter periplasmic component  41.67 
 
 		 310 aa  219  5e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0035869  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1712  periplasmic solute binding protein  38.3 
 
 		 369 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.333525  normal  0.532025 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01828  high-affinity zinc transporter periplasmic component  41.67 
 
 		 310 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1783  periplasmic solute binding protein  41.67 
 
 		 328 aa  215  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000935054  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01816  hypothetical protein  41.67 
 
 		 310 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0117492  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1951  high-affinity zinc transporter periplasmic component  41.67 
 
 		 310 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00866903  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1775  high-affinity zinc transporter periplasmic component  41.67 
 
 		 310 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000650264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1329  high-affinity zinc transporter periplasmic component  41.33 
 
 		 352 aa  215  8e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2426  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40.34 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000208109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2087  high-affinity zinc transporter periplasmic component  41.33 
 
 		 310 aa  213  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000165105  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2142  high-affinity zinc transporter periplasmic component  39.09 
 
 		 340 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000717331  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2251  high-affinity zinc transporter periplasmic component  37.54 
 
 		 340 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000558415  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  37.91 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00830  ABC transporter, periplasmic binding protein  36.45 
 
 		 297 aa  197  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  37.58 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  34.45 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0188  periplasmic solute binding protein  36.77 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.494723  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  34.01 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0275  periplasmic solute binding protein  34.64 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01361  hypothetical protein  35.12 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3616  periplasmic solute binding protein  33.24 
 
 		 378 aa  181  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0144381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  33.22 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5108  periplasmic solute binding protein  35.71 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1667  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  35.91 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1892  periplasmic solute binding protein  34.87 
 
 		 321 aa  176  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00897518  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4140  periplasmic solute binding protein  35.37 
 
 		 326 aa  171  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0137  periplasmic solute binding protein  34.24 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0120  periplasmic solute binding protein  33.9 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.463624  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5268  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  33.01 
 
 		 311 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0135  periplasmic solute binding protein  33.9 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972392 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0842  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  31.15 
 
 		 282 aa  160  2e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.290902  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0248  periplasmic solute binding protein  30.92 
 
 		 287 aa  158  9e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3571  ABC zinc transporter, periplasmic binding protein ZnuA  35.22 
 
 		 345 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0577  periplasmic solute binding protein  31.17 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.289421  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3151  hypothetical protein  36.87 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506548 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1122  periplasmic solute binding protein  40.72 
 
 		 328 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1704  putative high-affinity zinc uptake system protein  41.28 
 
 		 356 aa  152  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0200273  normal  0.0153509 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3253  periplasmic solute binding protein  34.62 
 
 		 347 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0556768 
 
 
-
 
NC_002978  WD0937  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  32.65 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.388709  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1256  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.58 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000280798  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0624  periplasmic solute binding protein  31.69 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.17894  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  29.7 
 
 		 285 aa  124  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  29.22 
 
 		 365 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  29.51 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  31.65 
 
 		 345 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4495  periplasmic solute binding protein  38.89 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  30.47 
 
 		 292 aa  115  8.999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  27.63 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0094  periplasmic solute binding protein  31.97 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000753569  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  27.07 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1015  periplasmic solute binding protein  31.46 
 
 		 293 aa  112  8.000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0989  periplasmic solute binding protein  28.98 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  31.05 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  31.11 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  24.92 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  28.22 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0119  periplasmic solute binding protein  29.69 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.527461 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  27.3 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  30.74 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  29.39 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  27.04 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4568  periplasmic solute-binding protein  26.78 
 
 		 322 aa  104  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.328746  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1216  periplasmic solute binding protein  25.7 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2836  periplasmic solute binding protein  33.76 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  27.11 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1470  periplasmic solute binding protein  28.83 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0700113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1058  periplasmic solute binding protein  29.97 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.985578  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  29.15 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04310  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  28.62 
 
 		 349 aa  103  3e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  28.28 
 
 		 332 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  27.69 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  28.27 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  25.43 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.39 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18350  periplasmic solute binding protein  24.09 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303257  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0930  periplasmic solute binding protein  28.91 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.933909  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>