More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2028 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2028  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
450 aa  933    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2504  coproporphyrinogen III oxidase  46.76 
 
 
469 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2555  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  46.77 
 
 
451 aa  412  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.674135 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6824  coproporphyrinogen III oxidase  44.62 
 
 
450 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.979073  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1862  coproporphyrinogen III oxidase  45.7 
 
 
449 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1485  coproporphyrinogen III oxidase  44.27 
 
 
449 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0666165  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3865  coproporphyrinogen III oxidase  45.25 
 
 
449 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.955864 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3244  coproporphyrinogen III oxidase  45.92 
 
 
480 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0142288 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3814  coproporphyrinogen III oxidase  45.81 
 
 
449 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.156886  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2110  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.96 
 
 
456 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.418405  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2548  coproporphyrinogen III oxidase  45.07 
 
 
451 aa  389  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.963821  normal  0.259779 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1851  coproporphyrinogen III oxidase  46.55 
 
 
451 aa  389  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532026  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3872  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.43 
 
 
470 aa  385  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0541  coproporphyrinogen III oxidase  45.86 
 
 
454 aa  385  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0435  coproporphyrinogen III oxidase  45.87 
 
 
450 aa  384  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3273  coproporphyrinogen III oxidase  46.09 
 
 
448 aa  382  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4298  coproporphyrinogen III oxidase  43.39 
 
 
451 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1199  coproporphyrinogen III oxidase  44.64 
 
 
450 aa  380  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00110576  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0317  coproporphyrinogen III oxidase  44.67 
 
 
452 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1747  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.45 
 
 
467 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79617  normal  0.600328 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1101  coproporphyrinogen III oxidase  44.64 
 
 
450 aa  379  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00147181  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1962  coproporphyrinogen III oxidase  44.67 
 
 
452 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.429779  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0977  coproporphyrinogen III oxidase  43.57 
 
 
452 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606099  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0948  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.67 
 
 
490 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6285  coproporphyrinogen III oxidase  44.17 
 
 
450 aa  375  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.180348  normal  0.950475 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2643  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  42.89 
 
 
441 aa  372  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1560  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.95 
 
 
444 aa  364  2e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1986  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.52 
 
 
454 aa  363  4e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0659  coproporphyrinogen III oxidase  44.35 
 
 
453 aa  362  8e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2354  coproporphyrinogen III oxidase  41.89 
 
 
450 aa  353  4e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.148404 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0635  coproporphyrinogen III oxidase  42.69 
 
 
456 aa  351  1e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.603744 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0699  coproporphyrinogen III oxidase  41.89 
 
 
450 aa  350  4e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0531  coproporphyrinogen III oxidase  41.69 
 
 
450 aa  350  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.44156 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1362  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.62 
 
 
458 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.82538  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1131  coproporphyrinogen III oxidase  40.97 
 
 
451 aa  340  2e-92  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3774  coproporphyrinogen III oxidase  41.24 
 
 
468 aa  340  2.9999999999999998e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.46395  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44470  coproporphyrinogen III oxidase  41.8 
 
 
460 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.063876  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3786  coproporphyrinogen III oxidase  41.8 
 
 
460 aa  340  4e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0810841  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3859  coproporphyrinogen III oxidase  44.2 
 
 
442 aa  338  8e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652374  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1993  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.46 
 
 
460 aa  335  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0376675  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1938  coproporphyrinogen III oxidase  40.09 
 
 
465 aa  332  6e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1825  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2633  coproporphyrinogen III oxidase  41.11 
 
 
444 aa  332  7.000000000000001e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0384  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.86 
 
 
457 aa  332  1e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1464  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.6 
 
 
462 aa  330  2e-89  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000299867  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0019  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.24 
 
 
464 aa  330  3e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1208  coproporphyrinogen III oxidase  42.32 
 
 
462 aa  330  4e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.710207  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1372  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.99 
 
 
478 aa  329  7e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.292242  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19920  coproporphyrinogen III oxidase  39.91 
 
 
458 aa  327  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1800  coproporphyrinogen III oxidase  40.14 
 
 
481 aa  327  3e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1511  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.26 
 
 
462 aa  326  4.0000000000000003e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.641455  hitchhiker  0.00827535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1813  coproporphyrinogen III oxidase  39.14 
 
 
460 aa  326  5e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1571  coproporphyrinogen III oxidase  38.24 
 
 
453 aa  325  1e-87  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000177625  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1162  coproporphyrinogen III oxidase  41.28 
 
 
460 aa  324  2e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0797  coproporphyrinogen III oxidase  38.76 
 
 
451 aa  324  2e-87  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2569  coproporphyrinogen III oxidase  42.47 
 
 
449 aa  324  2e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2824  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.02 
 
 
470 aa  324  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0116483  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1072  coproporphyrinogen III oxidase  38.76 
 
 
451 aa  323  5e-87  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.202644  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2613  coproporphyrinogen III oxidase  39.91 
 
 
460 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0494061  normal  0.675142 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1531  coproporphyrinogen III oxidase  39.46 
 
 
460 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.304653  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0618  coproporphyrinogen III oxidase  39.15 
 
 
481 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3423  coproporphyrinogen III oxidase  38.84 
 
 
461 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2893  coproporphyrinogen III oxidase  39.15 
 
 
483 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667583  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1708  coproporphyrinogen III oxidase  39.15 
 
 
483 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.555981  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2771  coproporphyrinogen III oxidase  39.56 
 
 
487 aa  321  9.999999999999999e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0315162 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1010  coproporphyrinogen III oxidase  38.76 
 
 
451 aa  321  1.9999999999999998e-86  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0750771  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1008  coproporphyrinogen III oxidase  39.91 
 
 
460 aa  320  3e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1092  coproporphyrinogen III oxidase  39.91 
 
 
460 aa  320  3e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2394  coproporphyrinogen III oxidase  38.93 
 
 
483 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2818  coproporphyrinogen III oxidase  38.79 
 
 
481 aa  320  5e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2697  coproporphyrinogen III oxidase  38.93 
 
 
483 aa  319  6e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2754  coproporphyrinogen III oxidase  38.93 
 
 
483 aa  319  7e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.36773  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3829  coproporphyrinogen III oxidase  39.59 
 
 
460 aa  319  7e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.618416  normal  0.919193 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1048  coproporphyrinogen III oxidase  38.93 
 
 
471 aa  318  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2470  coproporphyrinogen III oxidase  39.52 
 
 
476 aa  318  1e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4393  coproporphyrinogen III oxidase  38.15 
 
 
472 aa  317  4e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149984 
 
 
-
 
NC_004310  BR0655  coproporphyrinogen III oxidase  39.12 
 
 
444 aa  316  5e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.372227  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3582  coproporphyrinogen III oxidase  39.64 
 
 
460 aa  316  5e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308056  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4264  coproporphyrinogen III oxidase  39.59 
 
 
460 aa  316  6e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3061  coproporphyrinogen III oxidase  40.45 
 
 
464 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1604  coproporphyrinogen III oxidase  39.59 
 
 
460 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0967735  normal  0.0165321 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2483  coproporphyrinogen III oxidase  39.64 
 
 
484 aa  315  9.999999999999999e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00279185  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0648  coproporphyrinogen III oxidase  38.75 
 
 
444 aa  315  9.999999999999999e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308464  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0887  coproporphyrinogen III oxidase  37.93 
 
 
453 aa  315  9.999999999999999e-85  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00571678  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3096  coproporphyrinogen III oxidase  40.45 
 
 
464 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3122  coproporphyrinogen III oxidase  40.45 
 
 
464 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1509  coproporphyrinogen III oxidase  40 
 
 
464 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0230115  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0738  coproporphyrinogen III oxidase  40.45 
 
 
464 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.507081  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2171  coproporphyrinogen III oxidase  40.45 
 
 
464 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.467483  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2042  coproporphyrinogen III oxidase  40.45 
 
 
464 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.241644  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2571  coproporphyrinogen III oxidase  40.45 
 
 
464 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1269  coproporphyrinogen III oxidase  37.78 
 
 
463 aa  313  3.9999999999999997e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4779  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.91 
 
 
465 aa  313  3.9999999999999997e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0897448 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1089  coproporphyrinogen III oxidase  37.58 
 
 
458 aa  311  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0472  coproporphyrinogen III oxidase  37.67 
 
 
455 aa  311  1e-83  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.953637  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0602  coproporphyrinogen III oxidase  40.5 
 
 
470 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0026  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  39.02 
 
 
468 aa  311  1e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0086  coproporphyrinogen III oxidase  38.62 
 
 
446 aa  311  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.652683  normal  0.197179 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0606  coproporphyrinogen III oxidase  38.39 
 
 
455 aa  311  2e-83  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.219505  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4092  coproporphyrinogen III oxidase  39.95 
 
 
457 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0515702  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4342  coproporphyrinogen III oxidase  39.95 
 
 
457 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.343307  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>