More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1843 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1843  50S ribosomal protein L2  100 
 
 		 278 aa  566  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0328595  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0989  50S ribosomal protein L2  91.73 
 
 		 278 aa  514  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227684  normal  0.0318056 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1433  50S ribosomal protein L2  86.69 
 
 		 278 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.127278  normal  0.0219433 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1335  50S ribosomal protein L2  87.05 
 
 		 278 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0836019 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1959  50S ribosomal protein L2  86.69 
 
 		 277 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0386068  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1230  50S ribosomal protein L2  84.89 
 
 		 277 aa  466  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.424988  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1193  50S ribosomal protein L2  84.89 
 
 		 277 aa  464  9.999999999999999e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.458304  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1675  50S ribosomal protein L2  82.31 
 
 		 278 aa  456  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0669  50S ribosomal protein L2  83.09 
 
 		 277 aa  451  1.0000000000000001e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000171407  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0701  50S ribosomal protein L2  83.09 
 
 		 277 aa  451  1.0000000000000001e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000626221  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2739  50S ribosomal protein L2  78.06 
 
 		 278 aa  431  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236416  normal  0.312063 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3664  50S ribosomal protein L2  77.7 
 
 		 278 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2298  50S ribosomal protein L2  78.78 
 
 		 278 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.749096  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3181  50S ribosomal protein L2  78.42 
 
 		 278 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0577  50S ribosomal protein L2  75.54 
 
 		 279 aa  418  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3445  50S ribosomal protein L2  77.34 
 
 		 277 aa  417  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5067  50S ribosomal protein L2  75.18 
 
 		 277 aa  411  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.828543  normal  0.381768 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2685  50S ribosomal protein L2  76.62 
 
 		 279 aa  413  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00277969  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1792  50S ribosomal protein L2  76.62 
 
 		 278 aa  412  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109634  normal  0.0522844 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1367  50S ribosomal protein L2  75.9 
 
 		 277 aa  409  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.266089  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1548  50S ribosomal protein L2  76.62 
 
 		 277 aa  410  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0762  50S ribosomal protein L2  76.26 
 
 		 279 aa  409  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052515  normal  0.51938 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2165  50S ribosomal protein L2  75.99 
 
 		 278 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.219576 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1357  50S ribosomal protein L2  74.1 
 
 		 279 aa  406  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.184496  normal  0.0354969 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2443  50S ribosomal protein L2  75.99 
 
 		 278 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1682  50S ribosomal protein L2  75.9 
 
 		 277 aa  404  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0463749  hitchhiker  0.0000149038 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0285  50S ribosomal protein L2  74.55 
 
 		 280 aa  402  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1911  50S ribosomal protein L2  74.91 
 
 		 278 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00546363  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0252  50S ribosomal protein L2  74.19 
 
 		 280 aa  400  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2126  50S ribosomal protein L2  74.91 
 
 		 278 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.647868 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0350  50S ribosomal protein L2  74.19 
 
 		 278 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2221  50S ribosomal protein L2  74.19 
 
 		 278 aa  393  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1252  50S ribosomal protein L2  72.3 
 
 		 278 aa  390  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.275281  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2815  50S ribosomal protein L2  71.22 
 
 		 278 aa  388  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0588  50S ribosomal protein L2  72.4 
 
 		 280 aa  387  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1350  50S ribosomal protein L2  70.14 
 
 		 278 aa  383  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1617  50S ribosomal protein L2  73.48 
 
 		 279 aa  380  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2969  50S ribosomal protein L2  71.79 
 
 		 276 aa  380  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2531  50S ribosomal protein L2  70.86 
 
 		 279 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.445887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0364  50S ribosomal protein L2  70.5 
 
 		 279 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.838149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1719  50S ribosomal protein L2  70.5 
 
 		 279 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238282  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1943  50S ribosomal protein L2  70.7 
 
 		 277 aa  374  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0850  50S ribosomal protein L2  65.58 
 
 		 277 aa  346  3e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104266  decreased coverage  0.0000130499 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01200  50S ribosomal protein L2  57.55 
 
 		 277 aa  330  1e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0770167  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0587  50S ribosomal protein L2  60.87 
 
 		 274 aa  323  1e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050829  normal  0.227169 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2457  50S ribosomal protein L2  59.57 
 
 		 276 aa  323  1e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0871736 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0286  50S ribosomal protein L2  60.87 
 
 		 274 aa  323  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000315964  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3912  50S ribosomal protein L2  60.87 
 
 		 274 aa  323  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.5044e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0840  50S ribosomal protein L2  60.81 
 
 		 273 aa  321  7e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08880  50S ribosomal protein L2  60.81 
 
 		 273 aa  321  7e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116261 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4541  50S ribosomal protein L2  60.87 
 
 		 274 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000106039  hitchhiker  0.00201461 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03168  50S ribosomal protein L2  59.64 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00146365  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0396  ribosomal protein L2  59.64 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000401214  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4640  50S ribosomal protein L2  59.64 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0685659  normal  0.0584567 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3612  50S ribosomal protein L2  59.64 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000120655  hitchhiker  0.00428222 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3702  50S ribosomal protein L2  59.64 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237187  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03119  hypothetical protein  59.64 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3511  50S ribosomal protein L2  59.64 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112597  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3800  50S ribosomal protein L2  59.64 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000757775  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0396  50S ribosomal protein L2  59.64 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000072222  hitchhiker  0.000353424 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0352  50S ribosomal protein L2  55.23 
 
 		 277 aa  319  3.9999999999999996e-86  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000147687  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0408  50S ribosomal protein L2  60.07 
 
 		 273 aa  318  5e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0062  50S ribosomal protein L2  55.43 
 
 		 276 aa  318  5e-86  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000124196  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3748  50S ribosomal protein L2  59.64 
 
 		 273 aa  318  6e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000108731  hitchhiker  0.00494792 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2078  50S ribosomal protein L2  55.43 
 
 		 276 aa  318  7.999999999999999e-86  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000477294  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0326  ribosomal protein L2  62.64 
 
 		 274 aa  318  9e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000480771  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3633  50S ribosomal protein L2  59.27 
 
 		 273 aa  316  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000993877  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3706  50S ribosomal protein L2  59.27 
 
 		 273 aa  316  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00279259  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1872  50S ribosomal protein L2  55.07 
 
 		 276 aa  317  2e-85  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.701919  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3998  50S ribosomal protein L2  60.07 
 
 		 273 aa  316  2e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000302361  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3819  50S ribosomal protein L2  60.07 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000104624  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0330  50S ribosomal protein L2  61.9 
 
 		 274 aa  316  2e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.927956  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1029  50S ribosomal protein L2  53.79 
 
 		 277 aa  317  2e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000494173  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0500  50S ribosomal protein L2  61.9 
 
 		 274 aa  316  2e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.223853  hitchhiker  0.00000000522204 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3741  50S ribosomal protein L2  59.27 
 
 		 273 aa  316  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69026  normal  0.0152471 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3633  50S ribosomal protein L2  59.27 
 
 		 273 aa  316  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0350833  normal  0.361481 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3804  50S ribosomal protein L2  59.27 
 
 		 273 aa  316  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0062  50S ribosomal protein L2  58.97 
 
 		 273 aa  315  5e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000394369  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0326  50S ribosomal protein L2  59.71 
 
 		 273 aa  315  5e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000291678  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1701  50S ribosomal protein L2  55.07 
 
 		 276 aa  315  5e-85  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000371548  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0107  50S ribosomal protein L2  57.76 
 
 		 276 aa  315  6e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000204251  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0187  50S ribosomal protein L2  62.68 
 
 		 275 aa  315  7e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000586995  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0412  50S ribosomal protein L2  62.13 
 
 		 276 aa  314  9e-85  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0492  50S ribosomal protein L2  56.68 
 
 		 275 aa  314  9.999999999999999e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000323805  hitchhiker  0.00406555 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0408  50S ribosomal protein L2  57.61 
 
 		 275 aa  314  9.999999999999999e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000019918  normal  0.14889 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0487  50S ribosomal protein L2  56.68 
 
 		 275 aa  313  1.9999999999999998e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000349566  normal  0.0292595 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4918  50S ribosomal protein L2  55.07 
 
 		 275 aa  313  1.9999999999999998e-84  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.113284  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0199  50S ribosomal protein L2  62.55 
 
 		 274 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000102621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4167  50S ribosomal protein L2  62.55 
 
 		 274 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617746  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4053  50S ribosomal protein L2  62.55 
 
 		 274 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000480154  unclonable  0.0000000000078999 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0202  50S ribosomal protein L2  62.55 
 
 		 274 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000118322  unclonable  0.0000000000286265 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0197  50S ribosomal protein L2  62.55 
 
 		 274 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0317166  decreased coverage  0.000296247 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0203  50S ribosomal protein L2  62.55 
 
 		 274 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000173146  unclonable  0.0000103945 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0202  50S ribosomal protein L2  62.55 
 
 		 274 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000998768  hitchhiker  0.00000000161676 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0037  50S ribosomal protein L2  53.62 
 
 		 276 aa  313  2.9999999999999996e-84  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00257974  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0234  50S ribosomal protein L2  62.55 
 
 		 274 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0107  50S ribosomal protein L2  57.04 
 
 		 276 aa  312  4.999999999999999e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000901221  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0113  50S ribosomal protein L2  57.04 
 
 		 276 aa  312  4.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0144  50S ribosomal protein L2  57.04 
 
 		 276 aa  312  4.999999999999999e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000100516  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0125  50S ribosomal protein L2  57.04 
 
 		 276 aa  312  4.999999999999999e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.14187e-61 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>