175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1633 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1633  hypothetical protein  100 
 
 		 181 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1199  transcriptional regulator, MerR family  74.86 
 
 		 179 aa  275  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1288  transcriptional regulator, MerR family  74.86 
 
 		 179 aa  273  8e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0831  MerR family transcriptional regulator  75.28 
 
 		 177 aa  270  8.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.087298  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1148  MerR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 169 aa  226  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2516  MerR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 179 aa  207  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0772  hypothetical protein  57.46 
 
 		 193 aa  202  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0779  hypothetical protein  56.91 
 
 		 180 aa  200  8e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0640  MerR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 168 aa  194  6e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7073  transcriptional regulator, MerR family  72.34 
 
 		 172 aa  153  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.323694  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6232  MerR family transcriptional regulator  60 
 
 		 166 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3966  MerR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 167 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.200799  normal  0.0248998 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4629  MerR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 187 aa  151  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00782953  normal  0.030329 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2678  MerR family transcriptional regulator  75.56 
 
 		 252 aa  150  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00961924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1409  MerR family transcriptional regulator  72.34 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.783915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0650  transcriptional regulator, MerR family  46.52 
 
 		 172 aa  150  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00809015 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1588  MerR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 195 aa  150  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2652  MerR family transcriptional regulator  70.21 
 
 		 227 aa  147  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00282985  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2688  regulatory protein, MerR  62.28 
 
 		 229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.539161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3022  transcriptional regulator, MerR family  67.65 
 
 		 250 aa  145  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.165787  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4387  MerR family transcriptional regulator  73.81 
 
 		 757 aa  145  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2925  MerR family transcriptional regulator  66.33 
 
 		 155 aa  142  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00455933  hitchhiker  0.00151967 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3377  MerR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.153202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1669  MerR family transcriptional regulator  56.3 
 
 		 241 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2017  transcriptional regulator, MerR family  62.22 
 
 		 165 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2331  transcriptional regulator, MerR family  61.11 
 
 		 160 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.461102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2056  regulatory protein MerR  61.11 
 
 		 165 aa  131  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.880106  normal  0.300945 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3295  transcriptional regulator, MerR family  76.62 
 
 		 231 aa  131  6e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.987974  normal  0.206317 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1268  MerR family transcriptional regulator  62.64 
 
 		 272 aa  129  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194356 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1914  MerR family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 282 aa  129  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.346124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2610  MerR family transcriptional regulator  62.64 
 
 		 281 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1521  MerR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 150 aa  127  8.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0401274  normal  0.779885 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0267  MerR family transcriptional regulator  74.36 
 
 		 196 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3031  MerR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 142 aa  126  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.532106 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0912  MerR family transcriptional regulator  60.23 
 
 		 840 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1722  hypothetical protein  65.48 
 
 		 245 aa  123  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.22489 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1782  MerR family transcriptional regulator  60.23 
 
 		 266 aa  114  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.139972 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3558  MerR family transcriptional regulator  60 
 
 		 136 aa  107  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.994671 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2364  MerR family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 151 aa  103  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1416  MerR family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 130 aa  90.9  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0849625  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0108  MerR family transcriptional regulator  56.58 
 
 		 124 aa  89.7  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0163  MerR family transcriptional regulator  57.33 
 
 		 126 aa  90.1  2e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1864  MerR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 201 aa  90.1  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0288491  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_002978  WD0058  hypothetical protein  62.69 
 
 		 108 aa  86.7  2e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1147  MerR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 118 aa  81.6  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0571667  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2013  MerR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 120 aa  80.9  0.000000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.065719  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0483  transcriptional regulator, MerR family  48.72 
 
 		 141 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2092  MerR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 118 aa  79.7  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.681298  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01390  transcription regulator protein  45.12 
 
 		 118 aa  79.7  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249906  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4609  MerR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.401376  normal  0.0601167 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2054  MerR family transcriptional regulator  48 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2847  MerR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 162 aa  78.6  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.786709  hitchhiker  0.005225 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3922  MerR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.856583  normal  0.167239 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0761  MerR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 118 aa  78.2  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0874748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0919  transcriptional regulator, MerR family  49.28 
 
 		 118 aa  77.8  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1584  MerR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 118 aa  77  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1313  transcriptional regulator, MerR family  46.25 
 
 		 173 aa  77  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3018  transcriptional regulator, MerR family  47.83 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438934  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28730  putative transcriptional regulator  49.28 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000134436  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2511  hypothetical protein  49.28 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2798  transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 		 118 aa  76.3  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2670  regulatory protein, MerR  40.91 
 
 		 125 aa  75.9  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.988026 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2588  MerR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2109  MerR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 159 aa  75.9  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal  0.127157 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0713  MerR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 127 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.245561  normal  0.461713 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1408  transcriptional regulator, MerR family  45.57 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00332069  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1471  transcriptional regulator domain-containing protein  45.57 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.22835  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2236  transcriptional regulator, MerR family  45.68 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.039823 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1457  transcriptional regulator, MerR family  47.83 
 
 		 118 aa  75.5  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1640  transcriptional regulator, MerR family  47.83 
 
 		 143 aa  75.5  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.402978  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1000  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.861508  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1482  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.858746  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2852  MerR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.164617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2607  transcriptional regulator, MerR family  45.68 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1983  MerR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 118 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00884217  normal  0.359201 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1459  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.323541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1970  transcriptional regulator, MerR family  47.83 
 
 		 143 aa  75.1  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.858434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1343  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 149 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1974  MerR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 118 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0566268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1938  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 118 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.24556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0494  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 121 aa  74.3  0.0000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0739492  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1772  MerR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.328935  normal  0.318397 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1551  MerR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 132 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.724017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1406  MerR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2393  MerR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.161279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1455  transcriptional regulator, MerR family  45.71 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1584  putative transcription regulator protein  47.83 
 
 		 146 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2169  regulatory protein, MerR  50 
 
 		 118 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1282  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 143 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1996  MerR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 141 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000181748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1378  MerR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 137 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0815083  normal  0.541754 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1366  MerR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 137 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3096  MerR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 140 aa  73.6  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0714876 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0434  MerR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 120 aa  73.9  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0970  MerR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 126 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1752  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 161 aa  73.2  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0206721 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1089  MerR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1898  MerR family regulatory protein  42.67 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1719  MerR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 134 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1742  MerR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405254  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>