133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1561 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  100 
 
 		 212 aa  420  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  57.28 
 
 		 211 aa  221  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  55.87 
 
 		 211 aa  215  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0784  porin  49.3 
 
 		 212 aa  186  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.0786165 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  45 
 
 		 213 aa  171  6.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  43.64 
 
 		 213 aa  164  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  43.18 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  35.4 
 
 		 228 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  36.96 
 
 		 229 aa  108  7.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  34.93 
 
 		 228 aa  107  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  34.5 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  33.05 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  33.05 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  33.62 
 
 		 229 aa  102  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  37.81 
 
 		 207 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  37.69 
 
 		 216 aa  99  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.67 
 
 		 206 aa  96.7  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.85 
 
 		 207 aa  96.3  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  35.04 
 
 		 236 aa  94  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  33.7 
 
 		 206 aa  92.4  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.81 
 
 		 207 aa  91.7  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2979  outer membrane protein  38.61 
 
 		 212 aa  90.9  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  32.29 
 
 		 207 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  32.6 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.14 
 
 		 206 aa  85.5  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  32.5 
 
 		 240 aa  84.7  9e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  31.28 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  32.08 
 
 		 240 aa  81.6  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  33.74 
 
 		 255 aa  81.6  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  32.81 
 
 		 205 aa  81.3  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  35.6 
 
 		 204 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  32.89 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  32.06 
 
 		 261 aa  80.1  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  31.22 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  31.84 
 
 		 244 aa  78.6  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  33.93 
 
 		 241 aa  77  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  30.77 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  37.57 
 
 		 447 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  32.3 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  29 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  33.18 
 
 		 215 aa  72.4  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170273 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  33.18 
 
 		 209 aa  72  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  35.33 
 
 		 236 aa  71.6  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_004310  BR1284  hypothetical protein  31.76 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.40204  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  33.81 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  30.94 
 
 		 237 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1247  hypothetical protein  32.56 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.274349  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1908  hypothetical protein  31.76 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.807781  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  30.38 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  30.36 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  34.05 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  31.84 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  33.67 
 
 		 250 aa  68.2  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  32.1 
 
 		 453 aa  67.4  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  30.81 
 
 		 225 aa  67.8  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  32.75 
 
 		 237 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  28.71 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  30.43 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30 
 
 		 236 aa  64.7  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  29.71 
 
 		 449 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  29.74 
 
 		 242 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  27.82 
 
 		 708 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  33.91 
 
 		 452 aa  62.8  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  32.57 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  28.39 
 
 		 692 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  31.16 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  28.31 
 
 		 255 aa  61.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  31.06 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  27.63 
 
 		 724 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  28.41 
 
 		 283 aa  59.3  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  30.93 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  29.74 
 
 		 240 aa  58.9  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  30.15 
 
 		 255 aa  58.9  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  27.88 
 
 		 662 aa  58.2  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  33.09 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  27.8 
 
 		 449 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  30.32 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  27.36 
 
 		 693 aa  57  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  28.32 
 
 		 703 aa  57  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  32.37 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  30.62 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1213  omp25/ropB family outer membrane protein  31.25 
 
 		 284 aa  55.8  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000007665  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  30.57 
 
 		 598 aa  55.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  26.02 
 
 		 661 aa  55.5  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  29.9 
 
 		 454 aa  55.1  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  28.19 
 
 		 703 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.13 
 
 		 243 aa  54.7  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  32.06 
 
 		 703 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  32.67 
 
 		 248 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  29.5 
 
 		 241 aa  53.1  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  29.12 
 
 		 562 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1215  omp25/ropB family outer membrane protein  39.68 
 
 		 281 aa  53.1  0.000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  9.29798e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  32.82 
 
 		 193 aa  52.4  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  28.99 
 
 		 255 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  26.15 
 
 		 689 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  30.5 
 
 		 578 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  30.61 
 
 		 237 aa  51.2  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  29.79 
 
 		 710 aa  51.2  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  27.36 
 
 		 243 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1214  omp25/ropB family outer membrane protein  35.14 
 
 		 300 aa  50.1  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.09355e-18  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>