More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1507 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  84.15 
 
 		 467 aa  823    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  78.88 
 
 		 464 aa  727    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  78.79 
 
 		 467 aa  718    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  87.75 
 
 		 466 aa  816    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  79 
 
 		 467 aa  719    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  71.93 
 
 		 457 aa  678    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  88.4 
 
 		 466 aa  822    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0985  DNA repair protein RadA  75.7 
 
 		 462 aa  659    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 466 aa  943    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2015  DNA repair protein RadA  70.3 
 
 		 486 aa  607  9.999999999999999e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.086129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  68.76 
 
 		 482 aa  600  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2284  DNA repair protein RadA  69.37 
 
 		 503 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4409  DNA repair protein RadA  64.54 
 
 		 481 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.589948 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4304  DNA repair protein RadA  66.45 
 
 		 476 aa  592  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0337551 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3499  DNA repair protein RadA  64.35 
 
 		 485 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2454  DNA repair protein RadA  66.59 
 
 		 483 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.819464  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3936  DNA repair protein RadA  66.23 
 
 		 476 aa  590  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.075328 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2995  DNA repair protein RadA  67.03 
 
 		 495 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2597  DNA repair protein RadA  65.01 
 
 		 477 aa  588  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3789  DNA repair protein RadA  68.93 
 
 		 499 aa  590  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4631  DNA repair protein RadA  67.43 
 
 		 477 aa  587  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.742671  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3897  DNA repair protein RadA  68.07 
 
 		 478 aa  586  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.217877 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  63.09 
 
 		 474 aa  579  1e-164  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2309  DNA repair protein RadA  67.12 
 
 		 471 aa  573  1.0000000000000001e-162  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0415  DNA repair protein RadA  66.05 
 
 		 470 aa  558  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2402  DNA repair protein RadA  65.78 
 
 		 489 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  61.81 
 
 		 455 aa  538  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  63.72 
 
 		 455 aa  540  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  59.52 
 
 		 452 aa  525  1e-148  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  59.52 
 
 		 452 aa  525  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  59.91 
 
 		 452 aa  525  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  62.06 
 
 		 453 aa  525  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0406  DNA repair protein RadA  59.66 
 
 		 469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1207  DNA repair protein RadA  61.89 
 
 		 458 aa  517  1.0000000000000001e-145  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1784  DNA repair protein RadA  60.59 
 
 		 454 aa  511  1e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.199022 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2504  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 		 460 aa  491  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3941  DNA repair protein RadA  61.4 
 
 		 454 aa  484  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1956  DNA repair protein RadA  56.36 
 
 		 455 aa  476  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  56.46 
 
 		 455 aa  472  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0403  DNA repair protein RadA  57.94 
 
 		 466 aa  471  1.0000000000000001e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  51.86 
 
 		 450 aa  456  1e-127  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0305  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 450 aa  456  1e-127  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1850  DNA repair protein RadA  58.12 
 
 		 469 aa  453  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0698  DNA repair protein RadA  49.3 
 
 		 450 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  52.89 
 
 		 452 aa  448  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  47.51 
 
 		 454 aa  443  1e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  52.68 
 
 		 448 aa  441  9.999999999999999e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  45.91 
 
 		 457 aa  434  1e-120  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  50.69 
 
 		 457 aa  432  1e-120  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  52.19 
 
 		 450 aa  430  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  51.73 
 
 		 484 aa  431  1e-119  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  51.55 
 
 		 462 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  51.74 
 
 		 453 aa  426  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  45.93 
 
 		 453 aa  422  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  49.03 
 
 		 458 aa  423  1e-117  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  49.32 
 
 		 454 aa  422  1e-117  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  49.55 
 
 		 470 aa  424  1e-117  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  49.32 
 
 		 454 aa  422  1e-117  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  51.05 
 
 		 449 aa  421  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 		 448 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  48.39 
 
 		 461 aa  421  1e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  48.55 
 
 		 458 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  49.77 
 
 		 457 aa  416  9.999999999999999e-116  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  48.75 
 
 		 453 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  48.17 
 
 		 458 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  48.17 
 
 		 458 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 460 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  47.09 
 
 		 458 aa  417  9.999999999999999e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  48.17 
 
 		 458 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  48.37 
 
 		 457 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  48.49 
 
 		 452 aa  417  9.999999999999999e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  48.39 
 
 		 458 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 		 457 aa  418  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  49.77 
 
 		 450 aa  413  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  49.88 
 
 		 453 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  48.99 
 
 		 458 aa  413  1e-114  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  48.17 
 
 		 458 aa  414  1e-114  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  50.79 
 
 		 453 aa  414  1e-114  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  48.17 
 
 		 458 aa  414  1e-114  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  49.41 
 
 		 476 aa  412  1e-114  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  44.9 
 
 		 453 aa  414  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  48.28 
 
 		 446 aa  412  1e-114  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  49.53 
 
 		 455 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  49.41 
 
 		 453 aa  412  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  48.87 
 
 		 452 aa  414  1e-114  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  50.57 
 
 		 458 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  0.0000251063 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  49.65 
 
 		 448 aa  412  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  48.17 
 
 		 458 aa  414  1e-114  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  47.72 
 
 		 457 aa  415  1e-114  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  49.77 
 
 		 451 aa  413  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  50.12 
 
 		 453 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  48.17 
 
 		 458 aa  414  1e-114  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  46.49 
 
 		 482 aa  409  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  51.39 
 
 		 456 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  49.3 
 
 		 455 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  48.74 
 
 		 463 aa  410  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  51.62 
 
 		 456 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  45.24 
 
 		 455 aa  410  1e-113  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  46.3 
 
 		 451 aa  410  1e-113  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  46.35 
 
 		 454 aa  411  1e-113  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>