141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1474 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1474  hypothetical protein  100 
 
 		 663 aa  1318    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.234073  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1024  Peptidoglycan-binding LysM  42.51 
 
 		 680 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0999741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1176  Peptidoglycan-binding LysM  43.33 
 
 		 676 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0861609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  43.05 
 
 		 572 aa  361  3e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  38.99 
 
 		 404 aa  187  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  38.36 
 
 		 404 aa  182  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  37.34 
 
 		 428 aa  166  9e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1112  peptidoglycan-binding LysM  31.1 
 
 		 322 aa  114  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  62.69 
 
 		 546 aa  99  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  29.66 
 
 		 352 aa  93.6  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2688  peptidoglycan-binding LysM  30.77 
 
 		 361 aa  79.7  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00047104  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0991  peptidoglycan-binding LysM  26 
 
 		 339 aa  77.8  0.0000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  63.27 
 
 		 511 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  63.27 
 
 		 511 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  31.98 
 
 		 451 aa  75.9  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  61.22 
 
 		 552 aa  75.1  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  47.95 
 
 		 405 aa  73.2  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1930  peptidoglycan-binding LysM  63.83 
 
 		 503 aa  73.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  55.77 
 
 		 439 aa  72  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 651 aa  65.5  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1766  hypothetical protein  43.28 
 
 		 531 aa  63.9  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.905557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  39.47 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  23.44 
 
 		 382 aa  59.3  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2695  peptidoglycan-binding protein  44 
 
 		 440 aa  58.5  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1352  peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 		 440 aa  58.5  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.47776  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  48.94 
 
 		 166 aa  56.6  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  48.98 
 
 		 1051 aa  55.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0952  LysM domain/BON superfamily protein  45.45 
 
 		 167 aa  55.5  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.954636  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2193  peptidoglycan-binding LysM  34.38 
 
 		 521 aa  55.5  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.81786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  36.62 
 
 		 546 aa  55.1  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1869  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 367 aa  54.3  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  43.75 
 
 		 242 aa  53.1  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0806  surface adhesion protein, putative  32.14 
 
 		 6310 aa  52.4  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3255  LysM domain/BON superfamily protein  40 
 
 		 157 aa  52  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  47.83 
 
 		 390 aa  51.6  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0283  LysM domain/BON superfamily protein  38.98 
 
 		 146 aa  51.6  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3142  spore coat assembly protein SafA  47.92 
 
 		 674 aa  51.2  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.104035  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2244  hypothetical protein  56.52 
 
 		 156 aa  51.2  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4952  LysM domain/BON superfamily protein  37.29 
 
 		 150 aa  50.8  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182933  hitchhiker  0.0000184292 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0939  peptidoglycan-binding LysM  36.59 
 
 		 309 aa  50.8  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.013426  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  44 
 
 		 156 aa  50.8  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0258  LysM domain/BON superfamily protein  37.29 
 
 		 146 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0155386 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  31.96 
 
 		 377 aa  50.1  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2427  LysM domain/BON superfamily protein  44.68 
 
 		 156 aa  50.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  42.55 
 
 		 154 aa  50.1  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2167  LysM domain/BON superfamily protein  44.68 
 
 		 156 aa  50.1  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.420767  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  44 
 
 		 156 aa  50.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  44 
 
 		 156 aa  50.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  45.65 
 
 		 364 aa  50.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2264  LysM domain/BON superfamily protein  44.68 
 
 		 156 aa  50.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189234  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2304  LysM domain/BON superfamily protein  44.68 
 
 		 156 aa  50.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0273  LysM domain/BON superfamily protein  37.29 
 
 		 146 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0845  hypothetical protein  30.57 
 
 		 5451 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  45.65 
 
 		 395 aa  50.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  42.55 
 
 		 153 aa  49.7  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1342  peptidoglycan-binding LysM  38.46 
 
 		 389 aa  49.7  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.779699  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  44.68 
 
 		 161 aa  49.7  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  32.38 
 
 		 377 aa  49.3  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1818  LysM domain/BON superfamily protein  44 
 
 		 156 aa  49.7  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  41.94 
 
 		 195 aa  49.3  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2091  hypothetical protein  38.78 
 
 		 167 aa  49.3  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.314887  normal  0.895772 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  44.68 
 
 		 161 aa  49.7  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0690  SpoVID-dependent spore coat assembly factor SafA  45.1 
 
 		 631 aa  48.9  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.538953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2836  LysM domain/BON superfamily protein  41.67 
 
 		 148 aa  49.3  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00380861 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4545  spore coat assembly protein SafA  45.1 
 
 		 604 aa  48.9  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00085857  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  36.73 
 
 		 166 aa  49.3  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 156 aa  48.9  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5918  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 145 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4559  spovid-dependent spore coat assembly factor safa; ftsk/spoiiie family protein; surface protein pspc  45.1 
 
 		 613 aa  48.1  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  30.34 
 
 		 161 aa  48.1  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  38.98 
 
 		 163 aa  48.1  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  33.58 
 
 		 387 aa  48.1  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  52.27 
 
 		 190 aa  48.1  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  42.55 
 
 		 156 aa  48.1  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 334 aa  48.1  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02521  hypothetical protein  40.82 
 
 		 149 aa  47.8  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1018  Peptidoglycan-binding LysM  40.82 
 
 		 149 aa  47.8  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 162 aa  47.8  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3907  LysM domain/BON superfamily protein  40.82 
 
 		 149 aa  47.8  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.979345  normal  0.391605 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 		 162 aa  47.8  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02485  hypothetical protein  40.82 
 
 		 149 aa  47.8  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2800  LysM domain/BON superfamily protein  40.82 
 
 		 149 aa  47.8  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2945  LysM domain/BON superfamily protein  40.82 
 
 		 149 aa  47.8  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1041  LysM domain/BON superfamily protein  40.82 
 
 		 149 aa  47.8  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2785  LysM domain/BON superfamily protein  40.82 
 
 		 149 aa  47.8  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267708 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3216  LysM domain/BON superfamily protein  40.82 
 
 		 149 aa  47.8  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4161  spoVID-dependent spore coat assembly factor SafA; FtsK/SpoIIIE family protein; surface protein PspC  45.83 
 
 		 609 aa  47.8  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  42.55 
 
 		 158 aa  47.8  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000146101  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  40 
 
 		 156 aa  47.8  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  38.33 
 
 		 394 aa  47.8  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 156 aa  47.8  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1787  Peptidoglycan-binding LysM  27.54 
 
 		 660 aa  47.4  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4324  lysM domain-containing protein  45.83 
 
 		 587 aa  47.4  0.0009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4172  spoVID-dependent spore coat assembly factor; FtsK/SpoIIIE family protein; surface protein  45.83 
 
 		 621 aa  47.4  0.0009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  36.67 
 
 		 388 aa  47.4  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4507  spore coat assembly protein SafA  45.83 
 
 		 615 aa  47.4  0.0009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0219196 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3277  lysM domain-containing protein  39.22 
 
 		 235 aa  46.6  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.914808  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05070  putative hemagglutinin/hemolysin-related protein  38.6 
 
 		 4106 aa  46.6  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 230 aa  47  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68400  LysM domain/BON superfamily protein  40 
 
 		 145 aa  47  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00863438  normal  0.536726 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>