68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1236 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  100 
 
 		 157 aa  313  8e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  63.08 
 
 		 148 aa  165  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  54.62 
 
 		 146 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  54.26 
 
 		 146 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  40.83 
 
 		 146 aa  92.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  40 
 
 		 153 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  40 
 
 		 153 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  39.67 
 
 		 151 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  36.91 
 
 		 146 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  42.74 
 
 		 149 aa  80.9  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  39.02 
 
 		 149 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1440  cytochrome c, class II  38.31 
 
 		 150 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  41.67 
 
 		 153 aa  77  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  40.74 
 
 		 149 aa  77  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  39.84 
 
 		 149 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  30.26 
 
 		 155 aa  72  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  32.21 
 
 		 154 aa  70.9  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  30.77 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  32.47 
 
 		 155 aa  68.9  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  32.77 
 
 		 159 aa  63.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  35.45 
 
 		 149 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  31.08 
 
 		 149 aa  63.2  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  30.87 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  30.87 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  30.67 
 
 		 172 aa  62.4  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  30.87 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  38.02 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  27.88 
 
 		 170 aa  61.2  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  30.2 
 
 		 149 aa  60.8  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  35.29 
 
 		 159 aa  60.5  0.000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  29.79 
 
 		 147 aa  60.5  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  32.11 
 
 		 153 aa  60.5  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  30.72 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  28.06 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  31.75 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  37.19 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  31.85 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  33.02 
 
 		 149 aa  58.2  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  33.02 
 
 		 149 aa  58.2  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  33.91 
 
 		 151 aa  57.8  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  31.06 
 
 		 159 aa  57.4  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  30.71 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  34.48 
 
 		 152 aa  56.2  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  30.91 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  28.29 
 
 		 153 aa  54.7  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  29.53 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  28.83 
 
 		 156 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  30 
 
 		 150 aa  53.1  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  29.06 
 
 		 151 aa  53.1  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  34.88 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  30.82 
 
 		 150 aa  52  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2229  cytochrome c, class II  30.94 
 
 		 156 aa  50.8  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  26.27 
 
 		 148 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  26.32 
 
 		 153 aa  50.4  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2256  cytochrome c, class II  33.77 
 
 		 147 aa  50.1  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.335708  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  32.11 
 
 		 150 aa  49.7  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  30.89 
 
 		 136 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  26.97 
 
 		 151 aa  47  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  24.19 
 
 		 148 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  28.46 
 
 		 151 aa  44.3  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  25 
 
 		 150 aa  44.3  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  25.98 
 
 		 152 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  27.64 
 
 		 153 aa  43.9  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  25.2 
 
 		 152 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0041  cytochrome c, class II  29.5 
 
 		 151 aa  43.5  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.417622  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  27.64 
 
 		 153 aa  42.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  24.04 
 
 		 152 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  24.04 
 
 		 155 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>