More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1164 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1164  transcriptional regulator DeoR family  100 
 
 
251 aa  500  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000280656  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0785  transcriptional regulator, DeoR family  63.64 
 
 
251 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.162222 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0901  transcriptional regulator, DeoR family  63.22 
 
 
251 aa  287  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.780867  normal  0.622504 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5087  transcriptional regulator, DeoR family  52.99 
 
 
254 aa  245  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4951  transcriptional regulator, DeoR family  47.41 
 
 
251 aa  245  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.43451  normal  0.034179 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3673  DeoR family transcriptional regulator  48.21 
 
 
267 aa  236  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.373167 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4043  DeoR family transcriptional regulator  48.21 
 
 
251 aa  226  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0462  DeoR family transcriptional regulator  47.81 
 
 
251 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0941  DeoR family transcriptional regulator  47.81 
 
 
251 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2190  transcriptional regulator, DeoR family  46.8 
 
 
253 aa  225  7e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0903  DeoR family transcriptional regulator  47.41 
 
 
251 aa  224  9e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.910889 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0801  DeoR family transcriptional regulator  46.22 
 
 
251 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2259  DeoR family transcriptional regulator  46.61 
 
 
251 aa  220  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.378185  hitchhiker  0.000108312 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3264  DeoR family transcriptional regulator  45.42 
 
 
251 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50505  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01190  transcriptional regulator, DeoR family  50.88 
 
 
252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2702  transcriptional regulator, DeoR family  50 
 
 
250 aa  201  7e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2290  transcriptional regulator, DeoR family  49.4 
 
 
251 aa  201  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0890971  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1919  transcriptional regulator, DeoR family  42.86 
 
 
252 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000354716  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1179  DeoR family transcriptional regulator  43.58 
 
 
254 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.698203  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3135  DeoR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
265 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1875  transcriptional regulator, DeoR family  37.39 
 
 
259 aa  167  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0922  transcriptional regulator, DeoR family  35.74 
 
 
248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.44653  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0012  transcriptional regulator, DeoR family  36.86 
 
 
249 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000515995  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4658  transcriptional regulator, DeoR family  35.48 
 
 
261 aa  159  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0287988  normal  0.686311 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3833  transcriptional regulator, DeoR family  41.22 
 
 
258 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2919  DeoR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
257 aa  158  7e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.357868  normal  0.238188 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0910  transcriptional regulator, DeoR family  40.4 
 
 
258 aa  156  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.965103 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4161  transcriptional regulator, DeoR family  40.91 
 
 
253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1120  DeoR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
266 aa  150  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0488  DeoR family transcriptional regulator  33.19 
 
 
256 aa  149  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.627164 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1861  transcriptional regulator, DeoR family  42.38 
 
 
261 aa  148  9e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4127  regulatory protein DeoR  33.33 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.260029  normal  0.917732 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4140  regulatory protein DeoR  33.74 
 
 
248 aa  146  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.238976  normal  0.377533 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1790  transcriptional regulator, DeoR family  33.61 
 
 
259 aa  144  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.676123  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4813  DeoR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
231 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5895  DeoR family transcriptional regulator  37.62 
 
 
260 aa  142  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3792  DeoR family transcriptional regulator  41.82 
 
 
260 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.643818 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4132  regulatory protein DeoR  31.73 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.391954  normal  0.380185 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3064  DeoR family transcriptional regulator  41.01 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00624963  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2404  transcriptional regulator, DeoR family  32.7 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6809  transcriptional regulator, DeoR family  32.13 
 
 
248 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.117739  hitchhiker  0.00016369 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2141  DeoR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0682  regulatory protein DeoR  33.33 
 
 
247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.922623  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2096  regulatory protein DeoR  34.43 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.02145 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3407  regulatory protein DeoR  30.92 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.161836  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0678  regulatory protein DeoR  31.45 
 
 
247 aa  132  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.275525  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  33.86 
 
 
258 aa  132  6.999999999999999e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5351  transcriptional regulator, DeoR family  33.47 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.382698  normal  0.4107 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1069  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
274 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0358  DeoR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
260 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1734  transcriptional regulators of sugar metabolism  35.27 
 
 
260 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1646  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
274 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.288824  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1228  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
274 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0813024  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0673  DeoR family transcriptional regulator  30.96 
 
 
258 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0227  DeoR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0585887  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0656  DeoR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.936277  normal  0.637392 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0907  transcriptional regulator of DeoR family protein  32.16 
 
 
253 aa  129  6e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.238467 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3861  regulatory protein DeoR  31.05 
 
 
249 aa  128  7.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0061  DeoR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
376 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1182  DeoR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
286 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.330735  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0997  DeoR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
270 aa  126  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4860  DeoR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
270 aa  126  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  32.79 
 
 
257 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2691  DeoR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
254 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134445  hitchhiker  0.00149692 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
267 aa  119  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  31.62 
 
 
253 aa  117  3e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4225  transcriptional regulator, DeoR family  37.19 
 
 
253 aa  115  5e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.320526  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
274 aa  115  5e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0739  transcriptional regulator, DeoR family  31.6 
 
 
250 aa  115  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  30.43 
 
 
250 aa  115  7.999999999999999e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  29.64 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  34.93 
 
 
257 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2660  transcriptional regulator, DeoR family  34.48 
 
 
254 aa  113  2.0000000000000002e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.360297  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  28.35 
 
 
269 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
256 aa  112  5e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  31.62 
 
 
253 aa  112  6e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
254 aa  112  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  34.02 
 
 
256 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4870  DeoR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.69583 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0618  transcriptional regulator, DeoR family  35.84 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1167  transcriptional regulator, DeoR family  29.18 
 
 
256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  27.71 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0718  DeoR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000222584  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  27.89 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.89 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  27.89 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  27.89 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2567  DeoR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0643687  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  27.89 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  27.89 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  27.89 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1348  lactose phosphotransferase system repressor  32.78 
 
 
247 aa  108  6e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  33.02 
 
 
260 aa  108  6e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2396  DeoR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
249 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.71278  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3182  DeoR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
255 aa  108  8.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.457235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2534  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
256 aa  107  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000015777  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1031  lactose transport regulator  33.64 
 
 
233 aa  107  1e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.227139  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0444  transcriptional repressor  34.17 
 
 
248 aa  108  1e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000146734  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  28.74 
 
 
253 aa  107  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7844  transcriptional regulator, DeoR family  33.91 
 
 
255 aa  107  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0958205  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>