162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1161 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1161  hypothetical protein  100 
 
 
637 aa  1290  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.143311  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1162  hypothetical protein  46.94 
 
 
633 aa  515  1e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1160  hypothetical protein  42.31 
 
 
630 aa  424  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795058  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0327  hypothetical protein  37.4 
 
 
657 aa  400  1e-110  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.322162 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0359  hypothetical protein  37.36 
 
 
657 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224796  normal  0.0716049 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2579  hypothetical protein  37.93 
 
 
588 aa  378  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385383  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2410  hypothetical protein  47.66 
 
 
624 aa  373  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.361804  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1088  hypothetical protein  45.56 
 
 
566 aa  372  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2411  hypothetical protein  51.07 
 
 
582 aa  360  6e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100681  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1086  hypothetical protein  42.66 
 
 
632 aa  305  2e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1891  hypothetical protein  44.8 
 
 
492 aa  298  1e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.591473 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  40.99 
 
 
4489 aa  294  4e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0441  TPR repeat-containing protein  43.31 
 
 
1085 aa  287  4e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.239248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2288  TPR repeat-containing protein  41.67 
 
 
740 aa  287  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  40.64 
 
 
1094 aa  285  2e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  40.11 
 
 
3560 aa  282  1e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2139  TPR repeat-containing protein  43.27 
 
 
654 aa  280  8e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.43176  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0451  TPR repeat-containing protein  40.86 
 
 
574 aa  277  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.871153  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1547  hypothetical protein  40.14 
 
 
459 aa  277  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.948596 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7846  hypothetical protein  40.93 
 
 
452 aa  272  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.346388 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1008  TPR repeat-containing protein  40 
 
 
672 aa  271  3e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0489  TPR repeat-containing protein  37.82 
 
 
618 aa  270  7e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0261011  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  41.55 
 
 
700 aa  268  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0121  TPR repeat-containing protein  36.48 
 
 
732 aa  261  2e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.261868  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1104  TPR repeat-containing protein  37.93 
 
 
616 aa  262  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  38.85 
 
 
3035 aa  258  2e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3361  TPR repeat-containing protein  41.9 
 
 
750 aa  253  8e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.311751 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0452  TPR repeat-containing protein  40.09 
 
 
569 aa  251  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.384213  normal  0.0840159 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  35.49 
 
 
909 aa  243  1e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4069  TPR repeat-containing protein  41.5 
 
 
590 aa  240  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00017793  normal  0.44147 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  32.2 
 
 
750 aa  240  7e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3428  tetratricopeptide TPR_2  36.39 
 
 
560 aa  239  1e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0384278  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3853  O-linked acetylglucosamine transferase  41.23 
 
 
590 aa  239  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0702  TPR repeat-containing protein  37.23 
 
 
667 aa  236  1e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.274193  normal  0.091435 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  31.86 
 
 
816 aa  232  1e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0772  TPR repeat-containing protein  35.43 
 
 
611 aa  231  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.447572  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1827  TPR repeat-containing protein  34.18 
 
 
761 aa  227  4e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0460239  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3824  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.63 
 
 
1106 aa  219  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.138221 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0122  TPR repeat-containing protein  33.24 
 
 
660 aa  216  1e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.142603  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20301  hypothetical protein  35.41 
 
 
395 aa  211  4e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.236649 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1755  TPR repeat-containing protein  34.01 
 
 
647 aa  210  7e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0455441 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1202  TPR repeat-containing protein  28.75 
 
 
632 aa  208  3e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  33.74 
 
 
808 aa  207  3e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3091  hypothetical protein  33.59 
 
 
680 aa  207  6e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.677352  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4222  glycosyltransferase TPR domain-containing protein  32.79 
 
 
594 aa  202  2e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0720  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.16 
 
 
570 aa  202  2e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.597499 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  31.94 
 
 
739 aa  201  4e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3741  TPR repeat-containing protein  36.04 
 
 
1106 aa  200  6e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1319  TPR repeat-containing protein  40.24 
 
 
295 aa  200  6e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  4.90816e-07  hitchhiker  8.5993e-22 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04549  tetratricopeptide repeat domain protein  34.15 
 
 
568 aa  195  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0732  TPR repeat-containing protein  33.99 
 
 
706 aa  195  2e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3825  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.84 
 
 
589 aa  191  3e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0624707 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5619  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  31.22 
 
 
739 aa  187  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.474452 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0051  TPR repeat-containing protein  32.78 
 
 
633 aa  184  3e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  32.88 
 
 
789 aa  184  5e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3742  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.07 
 
 
589 aa  182  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1509  TPR domain-containing protein  32.43 
 
 
699 aa  180  8e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000367862  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2093  TPR repeat-containing protein  30.79 
 
 
1714 aa  178  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0153  TPR repeat-containing protein  32.5 
 
 
754 aa  178  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.372833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0166  TPR repeat-containing protein  32.43 
 
 
754 aa  177  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268335  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6522  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  30.91 
 
 
740 aa  176  9e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.722582  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2997  TPR repeat-containing protein  29.18 
 
 
708 aa  176  1e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0127987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3037  TPR repeat-containing protein  32.92 
 
 
717 aa  176  1e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.657903 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0256  hypothetical protein  30.19 
 
 
719 aa  175  3e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3533  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  31.76 
 
 
742 aa  173  8e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2601  TPR domain/SecC motif-containing domain protein  32.72 
 
 
585 aa  173  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0346889  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3339  TPR repeat-containing protein  31.17 
 
 
732 aa  172  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2809  TPR repeat-containing protein  32.19 
 
 
717 aa  171  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  29.57 
 
 
828 aa  170  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0148  TPR repeat-containing protein  32.88 
 
 
619 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0934  TPR repeat-containing protein  30.34 
 
 
739 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.897718 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2855  hypothetical protein  33.6 
 
 
937 aa  169  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3369  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.28 
 
 
667 aa  168  3e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0774784  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  29.25 
 
 
828 aa  168  3e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_863  predicted protein  30.92 
 
 
708 aa  166  9e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.622244  normal  0.0203568 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3331  TPR repeat-containing protein  31.62 
 
 
633 aa  166  9e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.332967  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0161  TPR repeat-containing protein  32.61 
 
 
598 aa  166  1e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  27.92 
 
 
968 aa  165  2e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4067  hypothetical protein  28.33 
 
 
747 aa  164  5e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  26.99 
 
 
824 aa  164  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2387  tetratricopeptide TPR_2  29.76 
 
 
745 aa  163  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.625245  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  31.06 
 
 
828 aa  163  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0293  TPR repeat-containing protein  26.58 
 
 
789 aa  162  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5617  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  31.71 
 
 
739 aa  160  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.277247 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3065  TPR repeat-containing protein  30.41 
 
 
734 aa  157  6e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0065343  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0151  TPR repeat-containing protein  29.54 
 
 
833 aa  156  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3338  TPR repeat-containing protein  30.52 
 
 
595 aa  155  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.257374 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0164  TPR repeat-containing protein  29.54 
 
 
833 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.863115  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2822  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.94 
 
 
529 aa  155  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0933  TPR repeat-containing protein  32 
 
 
738 aa  155  3e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.450791  normal  0.93664 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2394  hypothetical protein  29.12 
 
 
740 aa  153  8e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000509541  hitchhiker  6.24153e-05 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0346  TPR repeat-containing protein  28.23 
 
 
739 aa  153  9e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.110262  normal  0.110805 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27710  glycosyl transferase,TPR repeat protein  29.72 
 
 
1221 aa  152  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5618  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  30.59 
 
 
739 aa  153  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.645263 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3873  TPR repeat-containing protein  29.2 
 
 
776 aa  152  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.661818  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0100  TPR domain-containing protein  29.29 
 
 
790 aa  152  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0699  FkbM family methyltransferase  30.69 
 
 
921 aa  151  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.25199 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2996  TPR repeat-containing protein  28.47 
 
 
626 aa  152  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637966  normal  0.0209641 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1668  TPR domain-containing protein  29.2 
 
 
776 aa  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.329119  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3451  TPR domain-containing protein  29.2 
 
 
776 aa  151  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0799942  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>