More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1084 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0541  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  79.73 
 
 
398 aa  645    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0336098  normal  0.888289 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0704  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  82.28 
 
 
379 aa  656    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1084  cell cycle regulated site-specific DNA-methyltransferase protein  100 
 
 
377 aa  777    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0649  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  82.06 
 
 
380 aa  658    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.909315  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0605  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  78.59 
 
 
377 aa  611  9.999999999999999e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.220402  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0491  modification methylase BabI  78.03 
 
 
377 aa  606  9.999999999999999e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.598468  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0495  modification methylase BabI  78.03 
 
 
386 aa  607  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0763  DNA adenine methylase CcrM  73.12 
 
 
372 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0413  modification methylase CcrMI  73.6 
 
 
378 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0702  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  68.18 
 
 
367 aa  515  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0606262  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1218  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  65.43 
 
 
376 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1173  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  67.13 
 
 
389 aa  498  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4367  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  66.95 
 
 
358 aa  500  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.721631 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1073  DNA methylase N-4/N-6  67.05 
 
 
377 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.981822  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1597  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  64.31 
 
 
379 aa  495  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.111041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1200  DNA methylase N-4/N-6  65.91 
 
 
377 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1474  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  66.48 
 
 
368 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180864  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3225  DNA methylase N-4/N-6  64.86 
 
 
376 aa  490  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2603  DNA methylase N-4/N-6  64.87 
 
 
376 aa  487  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.592749  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4366  DNA methylase N-4/N-6  64.77 
 
 
377 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.436205  normal  0.0199247 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1840  DNA methylase N-4/N-6  64.66 
 
 
380 aa  479  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0373756  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0710  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  67.8 
 
 
396 aa  480  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2332  DNA adenine methylase CcrM  66.57 
 
 
344 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.160434  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1468  site-specific DNA-methyltransferase  62.75 
 
 
372 aa  477  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.661815  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2649  DNA methylase N-4/N-6  61.76 
 
 
389 aa  476  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0119  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  62.75 
 
 
372 aa  477  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal  0.070794 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0066  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  62.89 
 
 
372 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.711822  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2101  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  61.47 
 
 
376 aa  472  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.528087 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0750  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  64.49 
 
 
395 aa  473  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.296291  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0024  adenine-specific methyltransferase  62.32 
 
 
368 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.109862  normal  0.210092 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2193  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  60.34 
 
 
359 aa  469  1.0000000000000001e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4576  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  63.38 
 
 
382 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0392  DNA methylase N-4/N-6  61.47 
 
 
367 aa  465  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.723409 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0719  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  64.23 
 
 
368 aa  462  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3210  DNA methylase N-4/N-6  59.67 
 
 
367 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3505  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  65.35 
 
 
398 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.602417 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0965  DNA methylase N-4/N-6  62.93 
 
 
379 aa  451  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3181  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  65.07 
 
 
398 aa  450  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3376  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  64.79 
 
 
370 aa  443  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0375  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  57.79 
 
 
373 aa  417  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.984822  hitchhiker  0.00505908 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2010  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  56.46 
 
 
370 aa  414  1e-114  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2231  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  56.55 
 
 
369 aa  410  1e-113  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0921492  hitchhiker  0.000652955 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3008  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  58.21 
 
 
370 aa  409  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.367581 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1449  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  56.57 
 
 
360 aa  409  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.103238  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3343  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  56.27 
 
 
369 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00148167  hitchhiker  0.00000416126 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3043  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  56.52 
 
 
375 aa  394  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00264807  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1367  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  50 
 
 
360 aa  359  4e-98  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1962  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  44.75 
 
 
259 aa  225  8e-58  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0686  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40.93 
 
 
266 aa  203  5e-51  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000562829  hitchhiker  2.64678e-17 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2855  DNA methylase N-4/N-6  42.53 
 
 
285 aa  202  7e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0194641  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3036  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  42.91 
 
 
286 aa  202  9e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0660763  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2942  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  42.91 
 
 
286 aa  202  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.361147  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2784  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  42.58 
 
 
282 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0534146  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2152  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  42.97 
 
 
265 aa  199  9e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3157  DNA methylase N-4/N-6  43.51 
 
 
266 aa  197  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1229  DNA methylase  40.66 
 
 
271 aa  186  6e-46  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1954  DNA methylase  40.08 
 
 
282 aa  179  9e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000000695995  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4579  putative methyltransferase  35.46 
 
 
294 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0026019  normal  0.14101 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03120  predicted methyltransferase  35.09 
 
 
294 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3455  putative methyltransferase  35.09 
 
 
294 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000495763  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0444  putative methyltransferase  35.09 
 
 
294 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0634628  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03071  hypothetical protein  35.09 
 
 
294 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3650  putative methyltransferase  34.4 
 
 
294 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000365024  hitchhiker  0.00241657 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3747  putative methyltransferase  34.4 
 
 
294 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00189132  normal  0.187537 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3577  putative methyltransferase  34.4 
 
 
294 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00742062  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3684  putative methyltransferase  34.4 
 
 
294 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220289  normal  0.0704128 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3578  putative methyltransferase  34.4 
 
 
294 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177776  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0444  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.75 
 
 
294 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00573028  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3747  putative methyltransferase  34.74 
 
 
294 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000140856  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3645  putative methyltransferase  34.4 
 
 
294 aa  136  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000318659  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3557  putative methyltransferase  34.4 
 
 
294 aa  136  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00430538  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0534  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  33.2 
 
 
239 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000146587 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3296  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.34 
 
 
253 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.912166  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0828  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.36 
 
 
323 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.238994 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3617  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.59 
 
 
296 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0379764  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1982  DNA-methyltransferase (DNA-modification methylase) protein  31.85 
 
 
270 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0159066 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3531  putative methyltransferase  31.54 
 
 
283 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.158156 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2136  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.94 
 
 
273 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.113526  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3051  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.48 
 
 
305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.766 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2238  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.88 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000832138  hitchhiker  0.0000505476 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1812  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.06 
 
 
273 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.500335  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3693  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.77 
 
 
332 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00816735  hitchhiker  0.000000112456 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3349  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.87 
 
 
283 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4621  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.27 
 
 
283 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0315645  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2124  DNA methylase N-4/N-6  31.87 
 
 
283 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.775437  normal  0.0115493 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3854  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.73 
 
 
283 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4408  DNA methylase N-4/N-6  31.87 
 
 
283 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3959  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.87 
 
 
283 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135356  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3569  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.87 
 
 
283 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4375  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.52 
 
 
305 aa  106  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1513  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.15 
 
 
286 aa  106  7e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.634742  normal  0.517324 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1319  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  23.13 
 
 
258 aa  105  1e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000125948 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0124  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.96 
 
 
303 aa  103  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3573  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.48 
 
 
306 aa  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.116756  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6841  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.62 
 
 
301 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.463976 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0680  N-6 adenine-specific DNA methylase  30.83 
 
 
259 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.846805  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0355  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  28.62 
 
 
289 aa  100  4e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1720  N-6 adenine-specific DNA methylase  30.83 
 
 
282 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2306  DNA modification methylase RsrI  30.83 
 
 
282 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.436701  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0530  DNA modification methylase RsrI  30.83 
 
 
282 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>