More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1081 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 222 aa  440  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  68.02 
 
 		 221 aa  290  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  67.13 
 
 		 226 aa  286  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  66.06 
 
 		 230 aa  286  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 222 aa  249  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 222 aa  239  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 222 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 211 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 209 aa  177  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  35.08 
 
 		 226 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 214 aa  111  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 260 aa  105  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 231 aa  102  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  35.42 
 
 		 232 aa  100  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  35.42 
 
 		 257 aa  99.8  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 239 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  30.21 
 
 		 224 aa  99.4  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 222 aa  99  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 213 aa  99  6e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 257 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 		 223 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 223 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.89 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 223 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 223 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 223 aa  95.5  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  31.25 
 
 		 224 aa  95.1  7e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  32.8 
 
 		 224 aa  94.7  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 230 aa  94.4  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 225 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 237 aa  94  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 222 aa  93.2  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 223 aa  92.4  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 223 aa  92.4  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 235 aa  92  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 223 aa  91.7  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 233 aa  91.7  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 223 aa  91.3  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 223 aa  90.9  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 206 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 225 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 226 aa  89.7  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  32.12 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  29.17 
 
 		 227 aa  89.4  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  39.66 
 
 		 215 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 222 aa  89  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  31.09 
 
 		 222 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 243 aa  87.4  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  87  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1887  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 219 aa  86.7  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000514659  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 223 aa  87  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1961  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 227 aa  86.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0634218  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  38.06 
 
 		 227 aa  86.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 221 aa  86.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 230 aa  86.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 225 aa  85.9  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 232 aa  85.9  4e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 268 aa  85.9  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 226 aa  85.5  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 267 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.11 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2945  transcriptional regulator, GntR family  38.52 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000364354  hitchhiker  0.000119928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 240 aa  83.2  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1812  transcriptional regulator, GntR family  37.59 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.515993  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  39.06 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  35.04 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  34.13 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3337  transcriptional regulator, GntR family  36.98 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0218222  normal  0.194173 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  27.69 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>