More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1062 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  100 
 
 		 298 aa  606  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  80.74 
 
 		 299 aa  473  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  79.39 
 
 		 299 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  72.16 
 
 		 306 aa  393  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  64.04 
 
 		 301 aa  384  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  60.61 
 
 		 298 aa  367  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  63.87 
 
 		 298 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  58.13 
 
 		 292 aa  346  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  56.95 
 
 		 292 aa  338  9e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  55.09 
 
 		 292 aa  336  2.9999999999999997e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  55.59 
 
 		 292 aa  330  1e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  58.03 
 
 		 292 aa  330  1e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  56.93 
 
 		 292 aa  328  6e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  47.62 
 
 		 291 aa  278  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  45.21 
 
 		 302 aa  273  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  42.24 
 
 		 303 aa  273  3e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  46.15 
 
 		 301 aa  267  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  43.88 
 
 		 294 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  50 
 
 		 321 aa  264  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  45.91 
 
 		 301 aa  265  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  46 
 
 		 307 aa  263  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  44.6 
 
 		 316 aa  258  9e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  44.82 
 
 		 309 aa  258  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  44.82 
 
 		 309 aa  256  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  43.05 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  43.89 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  44.48 
 
 		 301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  45.3 
 
 		 311 aa  250  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  42.16 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  46.92 
 
 		 291 aa  245  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  41.95 
 
 		 307 aa  245  6e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  41.89 
 
 		 303 aa  245  8e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  41.43 
 
 		 327 aa  244  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  42.53 
 
 		 333 aa  243  3e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  44.16 
 
 		 307 aa  242  5e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.51 
 
 		 315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  45.76 
 
 		 339 aa  239  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  46.26 
 
 		 289 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  41.38 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  39.6 
 
 		 311 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  43.46 
 
 		 312 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  41.33 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  34.74 
 
 		 346 aa  191  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  36.73 
 
 		 325 aa  182  4.0000000000000006e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  33.44 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  33.44 
 
 		 303 aa  178  8e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  33.79 
 
 		 353 aa  177  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  31.76 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 341 aa  175  7e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  33.92 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  31.39 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  34.41 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  33.91 
 
 		 346 aa  169  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  34.4 
 
 		 324 aa  169  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  35.53 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  36.56 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.71 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.32 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.32 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.77 
 
 		 305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.77 
 
 		 305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.77 
 
 		 305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  33.94 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  34.93 
 
 		 320 aa  165  8e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  32.06 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  32.97 
 
 		 317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  33.59 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  31.85 
 
 		 325 aa  163  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  32.98 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  31.18 
 
 		 371 aa  163  4.0000000000000004e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  31.03 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  32.06 
 
 		 321 aa  162  6e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  32.59 
 
 		 319 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  32.62 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  33.1 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  30.69 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  29.96 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  31.77 
 
 		 344 aa  160  2e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3168  periplasmic solute binding protein  31.66 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.601869  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  32.84 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  31.48 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  31.39 
 
 		 316 aa  159  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0290  ABC transporter, substrate-binding protein  31.07 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  33.55 
 
 		 315 aa  159  4e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  31.47 
 
 		 286 aa  159  4e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  31.48 
 
 		 322 aa  159  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  31.48 
 
 		 311 aa  159  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  31.25 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  31.88 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  32.72 
 
 		 326 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  31.44 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  30.36 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  31.18 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  30.34 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  29.93 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0282  periplasmic solute binding protein  30.26 
 
 		 346 aa  154  1e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000440667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5758  periplasmic solute binding protein  35.61 
 
 		 319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0625952  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  31.4 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  30.82 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  32.95 
 
 		 287 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>