170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1004 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1004  biotin synthesis BioY protein  100 
 
 		 187 aa  352  2e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0581  BioY protein  59.89 
 
 		 187 aa  211  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.981929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0622  BioY protein  58.82 
 
 		 187 aa  208  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560526  normal  0.0354097 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0501  BioY protein  67.91 
 
 		 187 aa  199  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0382459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3685  BioY protein  50 
 
 		 189 aa  155  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1193  biotin transport protein BioY  51.6 
 
 		 184 aa  154  1e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1529  BioY protein  52.13 
 
 		 188 aa  139  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3315  BioY protein  47.37 
 
 		 191 aa  137  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000166456  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3648  bioY family protein  47.95 
 
 		 191 aa  136  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3287  BioY protein  48.85 
 
 		 192 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.508525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1580  bioY family protein  47.37 
 
 		 191 aa  135  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000070307  normal  0.0383655 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1068  BioY protein  46.63 
 
 		 192 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0463  BioY family protein  42.86 
 
 		 179 aa  125  3e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0504  BioY protein  42.93 
 
 		 210 aa  125  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3386  BioY protein  52.13 
 
 		 182 aa  125  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.812512  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3331  bioY family protein  47.37 
 
 		 191 aa  124  6e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000423922  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3640  bioY family protein  47.37 
 
 		 191 aa  124  6e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4131  BioY protein  43.24 
 
 		 189 aa  122  3e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.777139  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3737  bioY family protein  47.37 
 
 		 191 aa  122  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.776545  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3420  bioY family protein  46.2 
 
 		 191 aa  120  8e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000218504  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3381  bioY family protein  46.2 
 
 		 191 aa  120  8e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  4.96357e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3689  bioY family protein  46.2 
 
 		 191 aa  120  8e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000593466  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3659  bioY family protein  47.06 
 
 		 191 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00282906  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3659  BioY protein  50.53 
 
 		 179 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2213  BioY protein  43.86 
 
 		 182 aa  117  7.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000012911  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1864  BioY family protein  39.55 
 
 		 182 aa  113  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05160  BioY protein  40.91 
 
 		 184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2320  BioY protein  47.09 
 
 		 180 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0398  BioY family protein  38.01 
 
 		 179 aa  107  8.000000000000001e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000949175  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0516  hypothetical protein  38.01 
 
 		 180 aa  105  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0355774  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1953  hypothetical protein  36.26 
 
 		 189 aa  105  5e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.327178  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0283  BioY protein  39.88 
 
 		 179 aa  104  8e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2307  BioY protein  36.67 
 
 		 184 aa  102  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.366824  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2349  BioY protein  36.67 
 
 		 184 aa  102  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1159  BioY protein  34.72 
 
 		 231 aa  99.8  2e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.934928  normal  0.98055 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5454  BioY protein  45.81 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0263826  normal  0.18678 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0586  biotin synthesis BioY protein  40.7 
 
 		 187 aa  96.3  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2319  BioY protein  40.76 
 
 		 194 aa  96.7  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1540  BioY protein  40.76 
 
 		 194 aa  95.9  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0129  BioY protein  41.18 
 
 		 169 aa  95.5  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0127  BioY protein  41.18 
 
 		 169 aa  95.5  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2689  BioY protein  42 
 
 		 197 aa  95.1  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4601  BioY protein  37.84 
 
 		 197 aa  94.7  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.440698  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1333  BioY protein  52.35 
 
 		 144 aa  93.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.692637  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0733  BioY protein  37.36 
 
 		 190 aa  93.2  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.307469  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2911  BioY protein  40.66 
 
 		 202 aa  91.7  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.464449 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0061  BioY protein  39.77 
 
 		 182 aa  91.3  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000303529  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2314  hypothetical protein  46.74 
 
 		 222 aa  90.1  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.462217  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0144  BioY protein  40.78 
 
 		 189 aa  90.9  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.964994 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1156  BioY protein  40.94 
 
 		 199 aa  89.7  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3185  BioY protein  38.6 
 
 		 178 aa  89  3e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3228  BioY protein  35.79 
 
 		 201 aa  88.2  6e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3464  BioY protein  36.9 
 
 		 205 aa  87.8  9e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.454353 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2173  hypothetical protein  45.93 
 
 		 181 aa  86.7  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0845  BioY protein  45.35 
 
 		 181 aa  85.1  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2725  BioY protein  38.07 
 
 		 184 aa  84.3  8e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.401651  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0539  BioY protein  40.24 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.203446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3071  BioY protein  42.58 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1732  BioY protein  38.67 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2139  BioY protein  38.82 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.990413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2113  BioY protein  36.61 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0646325  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2005  BioY protein  50.59 
 
 		 183 aa  80.9  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.319092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5281  BioY protein  36.65 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.170405  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5370  BioY protein  36.65 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5660  BioY protein  36.65 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0991  BioY protein  37.57 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0233  BioY protein  36.61 
 
 		 197 aa  78.2  0.00000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5033  BioY protein  45.14 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1855  BioY protein  35.87 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505992 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3097  BioY protein  36.56 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1515  bioY family protein  35.87 
 
 		 184 aa  75.1  0.0000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00248245  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0018  BioY protein  37.84 
 
 		 205 aa  74.7  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199845 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1749  BioY protein  37.8 
 
 		 182 aa  74.3  0.0000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.969315  normal  0.0325978 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1318  BioY protein  39.13 
 
 		 189 aa  73.6  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00324631 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20560  hypothetical protein  38.89 
 
 		 221 aa  73.9  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0169  BioY protein  35 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000989963  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3677  BioY protein  31.93 
 
 		 182 aa  72  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000000940294  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4523  BioY protein  37.67 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.850691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1014  BioY protein  36.24 
 
 		 169 aa  70.1  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.842683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3231  BioY protein  29.67 
 
 		 184 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000266759  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21300  hypothetical protein  34.25 
 
 		 197 aa  68.9  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2901  BioY protein  44.57 
 
 		 208 aa  68.2  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000326686  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1123  BioY protein  37.67 
 
 		 197 aa  67.8  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.432616  normal  0.483731 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01740  hypothetical protein  41.73 
 
 		 204 aa  67  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.770223 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1630  hypothetical protein  40 
 
 		 199 aa  67.4  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1671  BioY protein  35.66 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000998664 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1588  BioY protein  30.17 
 
 		 167 aa  65.9  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000111141  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1647  BioY protein  38.35 
 
 		 169 aa  65.9  0.0000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4638  BioY protein  36.84 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.395619 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1961  BioY protein  32.35 
 
 		 187 aa  64.3  0.0000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0476  BioY protein  36.81 
 
 		 182 aa  64.3  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.014299 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1651  BioY family protein  32.54 
 
 		 203 aa  64.3  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000463296  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0659  BioY protein  34.25 
 
 		 171 aa  63.5  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.728186  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1206  bioY family protein  33.12 
 
 		 175 aa  63.2  0.000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0243  BioY protein  34.08 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00131705  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07160  hypothetical protein  34.95 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.635094  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2544  BioY protein  31.61 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000269732  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3349  BioY protein  34.03 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0132  hypothetical protein  33.12 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1597  hypothetical protein  36.14 
 
 		 177 aa  61.6  0.000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>