152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0974 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0974  molybdenum-binding transcriptional repressor  100 
 
 
132 aa  265  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4205  putative transcriptional regulator, ModE family  60.58 
 
 
125 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.590179  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2824  ModE family transcriptional regulator  55.96 
 
 
152 aa  122  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.812847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3881  putative transcriptional regulator, ModE family  55.75 
 
 
119 aa  120  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180792  normal  0.0155271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1642  LysR family transcriptional regulator  49.57 
 
 
128 aa  110  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.986241 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0934  LysR family transcriptional regulator  57.47 
 
 
134 aa  104  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.102124  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3409  ModE family transcriptional regulator  52.48 
 
 
116 aa  102  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0426925  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2794  ModE family transcriptional regulator  47.12 
 
 
107 aa  100  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4319  ModE family transcriptional regulator  48.6 
 
 
129 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0494502  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2293  ModE family transcriptional regulator  54.02 
 
 
115 aa  97.4  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.11585  normal  0.260705 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0871  putative transcriptional regulator, ModE family  47.79 
 
 
123 aa  97.4  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.741628  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0723  helix-turn-helix domain protein  47.79 
 
 
123 aa  97.4  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.523038  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3706  putative transcriptional regulator, ModE family  50 
 
 
114 aa  97.8  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5511  putative transcriptional regulator, ModE family  50 
 
 
114 aa  97.8  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3199  ModE family transcriptional regulator  48.89 
 
 
162 aa  92.8  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.213891  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3767  putative transcriptional regulator, ModE family  58.02 
 
 
112 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3515  ModE family transcriptional regulator  44.04 
 
 
112 aa  87.4  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000445767  normal  0.258614 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6170  ModE family transcriptional regulator  44.34 
 
 
141 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.350331  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4259  ModE family transcriptional regulator  49.06 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459196  normal  0.100548 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2514  ModE family transcriptional regulator  45.83 
 
 
125 aa  84.7  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.217491  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4419  ModE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
125 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.675399  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4071  putative transcriptional regulator, ModE family  39.81 
 
 
115 aa  82  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0460  ModE family transcriptional regulator  41.24 
 
 
127 aa  82  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000661787  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1927  ModE family transcriptional regulator  47.57 
 
 
129 aa  80.9  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2664  ModE family transcriptional regulator  43.75 
 
 
118 aa  81.3  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.554277  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0281  ModE family transcriptional regulator  38.32 
 
 
134 aa  79.3  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1343  molybdenum transport protein, putative  48.42 
 
 
177 aa  79  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1869  putative transcriptional regulator, ModE family  45.54 
 
 
125 aa  76.6  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.214893  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1193  ModE family transcriptional regulator  44.55 
 
 
107 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.239879  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1950  ModE family transcriptional regulator  39.82 
 
 
137 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0318025  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3855  ModE family transcriptional regulator  47.57 
 
 
117 aa  73.9  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.81779  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3480  transcriptional regulator ModE  44.95 
 
 
117 aa  73.2  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2496  ModE family transcriptional regulator  46.15 
 
 
115 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2075  molybdenum transport regulator  40 
 
 
140 aa  71.2  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2952  ModE family transcriptional regulator  45.37 
 
 
118 aa  70.9  0.000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0940  transcriptional regulator, ModE family  43.24 
 
 
263 aa  70.9  0.000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000762676  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1405  putative transcriptional regulator, ModE family  38.2 
 
 
126 aa  69.3  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.518534  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0856  ModE family transcriptional regulator  42.39 
 
 
263 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6143  putative transcriptional regulator, ModE family  38.2 
 
 
114 aa  67.4  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.144159  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5342  putative transcriptional regulator, ModE family  35.63 
 
 
114 aa  67  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1265  putative molybdenum transport protein ModA  34.91 
 
 
195 aa  66.2  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0962  molybdate transport repressor  41.3 
 
 
263 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3874  transcriptional repressor, ModE  40.43 
 
 
262 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0735734  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4166  ModE family transcriptional regulator  40.43 
 
 
262 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00104797  normal  0.104434 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0938  putative transcriptional regulator, ModE family  35.04 
 
 
132 aa  64.7  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0137945 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1477  molybdenum-binding protein, N-terminal:molybdenum-pterin binding protein  36.36 
 
 
272 aa  64.3  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1578  putative transcriptional regulator, ModE family  38.3 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.82567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4134  putative transcriptional regulator, ModE family  39.13 
 
 
121 aa  64.3  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0113407 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1731  ModE family transcriptional regulator  40.45 
 
 
268 aa  63.9  0.0000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000816631  normal  0.0463603 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1989  ModE family transcriptional regulator  39.33 
 
 
263 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.455542  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5199  transcriptional regulator, ModE family  42.86 
 
 
263 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0705  ModE family transcriptional regulator  39.13 
 
 
263 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1131  putative transcriptional regulator, ModE family  50 
 
 
125 aa  62.4  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2476  molybdate transport repressor  31.9 
 
 
263 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240008  normal  0.243533 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0011  ModE family transcriptional regulator  46.24 
 
 
125 aa  61.2  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2036  ModE family transcriptional regulator  38.82 
 
 
276 aa  60.1  0.000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.646179  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1086  NUDIX hydrolase  34.41 
 
 
236 aa  58.5  0.00000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.702437  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2059  regulatory protein LysR  29.67 
 
 
245 aa  57.4  0.00000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000246336  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1573  putative molybdenum-binding protein  36.46 
 
 
265 aa  57  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163171  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2144  molybdenum-pterin binding domain-containing protein  30.93 
 
 
195 aa  55.5  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.947345  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1701  ModE family transcriptional regulator  33.67 
 
 
125 aa  56.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.540153  normal  0.344174 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1859  molybdate transport repressor  39.06 
 
 
233 aa  56.2  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1680  molybdate transport repressor  39.06 
 
 
245 aa  55.5  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0360  putative transcriptional regulator, ModE family  28.75 
 
 
242 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1499  molybdate transport repressor  39.06 
 
 
233 aa  55.5  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.890291  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1100  ModE family transcriptional regulator  31.33 
 
 
145 aa  53.9  0.0000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.87335  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50680  Mo regulation, Mo processing homeostasis  31.52 
 
 
270 aa  53.9  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.438349  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0066  ModE family transcriptional regulator  38.37 
 
 
108 aa  53.9  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000184024  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0207  ModE family transcriptional regulator  42 
 
 
120 aa  53.9  0.0000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3016  transcriptional regulator of molybdate metabolism, LysR family  35.35 
 
 
370 aa  53.9  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0330  putative transcriptional regulator, ModE family  30.77 
 
 
116 aa  53.5  0.0000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000263512  normal  0.179413 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2068  TOBE domain protein  44.74 
 
 
257 aa  52.8  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0054  ModE family transcriptional regulator  30.95 
 
 
138 aa  52.8  0.000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0286693 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0976  ModE family transcriptional regulator  34.72 
 
 
270 aa  51.6  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2247  transcriptional regulator, ModE family  36.05 
 
 
266 aa  51.2  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4329  transcriptional regulator, ModE family  42.86 
 
 
270 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00653536 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0810  transcriptional regulator, ModE family  44.78 
 
 
267 aa  50.8  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0330834  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4219  transcriptional regulator, ModE family  42.86 
 
 
270 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05434  putative molybdenum-pterin-binding protein  46.38 
 
 
269 aa  49.7  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0023  ModE family transcriptional regulator  29.76 
 
 
135 aa  49.7  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4091  ModE family transcriptional regulator  47.83 
 
 
254 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.376442  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33430  Molybdenum-binding ModE protein  28.26 
 
 
270 aa  50.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2041  putative transcriptional regulator, ModE family  32.14 
 
 
118 aa  48.9  0.00002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2202  putative transcriptional regulator, ModE family  30.85 
 
 
111 aa  49.3  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0386  ModE family transcriptional regulator  43.21 
 
 
254 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.129709  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0360  ModE family transcriptional regulator  43.21 
 
 
254 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0230  putative transcriptional regulator, ModE family  29.89 
 
 
117 aa  48.1  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3358  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  39.36 
 
 
265 aa  48.1  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.142068 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4312  hypothetical protein  39.36 
 
 
265 aa  48.1  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0390  ModE family transcriptional regulator  43.21 
 
 
254 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.920005  normal  0.212591 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0057  ModE family transcriptional regulator  27.96 
 
 
137 aa  48.1  0.00004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0662  molybdate uptake regulatory protein, HTH containing  38.89 
 
 
270 aa  47.8  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1537  ModE family transcriptional regulator  43.24 
 
 
258 aa  47.8  0.00005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0533  putative transcriptional regulator, ModE family  31.76 
 
 
118 aa  47.8  0.00006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2203  molybdenum-pterin binding domain-containing protein  31.65 
 
 
260 aa  47.4  0.00006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2849  regulatory protein LysR  36.08 
 
 
345 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.312034  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2877  ModE family transcriptional regulator  36.96 
 
 
125 aa  47  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.795322  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3075  transcriptional regulator of molybdate metabolism, LysR family  33.7 
 
 
346 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0506443  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0799  ModE family transcriptional regulator  39.51 
 
 
259 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474755  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0585  ModE family transcriptional regulator  32.31 
 
 
261 aa  46.2  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>