126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0861 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0861  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  100 
 
 		 403 aa  822    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0337  phage major capsid protein, HK97  54.45 
 
 		 382 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.139658  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2025  phage major capsid protein, HK97  54.45 
 
 		 382 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848367  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1719  phage major capsid protein, HK97  54.62 
 
 		 384 aa  395  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1895  HK97 family phage major capsid protein  48.05 
 
 		 389 aa  358  9.999999999999999e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1359  HK97 family phage major capsid protein  46.22 
 
 		 385 aa  339  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  0.308637 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0277  HK97 family phage major capsid protein  44.47 
 
 		 385 aa  334  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3980  phage major capsid protein, HK97 family  46.68 
 
 		 382 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5467  hypothetical protein  42.82 
 
 		 386 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2489  phage major capsid protein, HK97  42.42 
 
 		 390 aa  292  7e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1482  Phage major capsid protein, HK97  42.02 
 
 		 385 aa  290  2e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.353157 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1625  Phage major capsid protein, HK97  42.02 
 
 		 385 aa  290  2e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.490763  normal  0.450118 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1334  HK97 family phage major capsid protein  40.16 
 
 		 424 aa  281  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.280266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2358  phage phi-C31 gp36-like protein /HK97 family major capsid protein  42.98 
 
 		 420 aa  277  3e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172606  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3709  HK97 family phage major capsid protein  40 
 
 		 450 aa  229  7e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3867  HK97 family phage major capsid protein  39.43 
 
 		 425 aa  223  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292858 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1047  HK97 family phage major capsid protein  39.12 
 
 		 441 aa  222  9e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144894  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0906  HK97 family phage major capsid protein  38.55 
 
 		 435 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.225289  normal  0.497938 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3155  HK97 family phage major capsid protein  34.34 
 
 		 428 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0231727  normal  0.0147808 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0867  HK97 family phage major capsid protein  35.62 
 
 		 407 aa  208  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.887226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1805  phage major capsid protein, HK97  36.67 
 
 		 416 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539863  normal  0.129536 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3913  HK97 family phage major capsid protein  36.45 
 
 		 408 aa  206  8e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511324  normal  0.0176262 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6186  phage major capsid protein HK97 family  34.79 
 
 		 471 aa  204  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423125  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1167  Phage major capsid protein, HK97  33.98 
 
 		 417 aa  203  4e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1415  phage major capsid protein, HK97  33.24 
 
 		 417 aa  203  4e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1254  HK97 family phage major capsid protein  36.76 
 
 		 399 aa  203  4e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1655  phage major capsid protein, HK97 family  33.92 
 
 		 406 aa  202  6e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2500  phage major capsid protein, HK97 family  33.5 
 
 		 416 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00454127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1628  HK97 family phage major capsid protein  36.73 
 
 		 400 aa  199  1.0000000000000001e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0922  HK97 family phage major capsid protein  33.16 
 
 		 403 aa  197  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.255185 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0400  HK97 family phage major capsid protein  35.89 
 
 		 397 aa  195  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1338  phage major capsid protein HK97 family  36.09 
 
 		 420 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0373474  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2263  phage major capsid protein, HK97 family  35.29 
 
 		 401 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0574985 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1190  HK97 family phage major capsid protein  35.85 
 
 		 401 aa  194  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000012399 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2096  phage major capsid protein, HK97 family  34.64 
 
 		 418 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225363  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2834  phage major capsid protein, HK97 family  35.58 
 
 		 397 aa  191  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2266  phage major capsid protein, HK97 family  35.01 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000739522 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1427  phage major capsid protein, HK97 family  31.91 
 
 		 421 aa  190  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.370183 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1999  phage major capsid protein, HK97  33.87 
 
 		 380 aa  189  7e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431544 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3122  phage major capsid protein, HK97  33.07 
 
 		 380 aa  188  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1970  phage major capsid protein, HK97  33.52 
 
 		 431 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141118  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1705  phage major capsid protein, HK97 family  31.8 
 
 		 421 aa  188  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154021  normal  0.125329 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3481  Phage major capsid protein, HK97  32.3 
 
 		 417 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.137838  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0589  HK97 family major capsid protein  33.94 
 
 		 424 aa  184  3e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2174  putative phage major capsid protein  33.06 
 
 		 405 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4965  HK97 family phage major capsid protein  32.39 
 
 		 430 aa  181  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_002936  DET1085  HK97 family major capsid protein  34.42 
 
 		 405 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2898  HK97 family phage major capsid protein  35.69 
 
 		 388 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593833  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1431  HK97 family phage major capsid protein  31.88 
 
 		 421 aa  177  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.263231 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1061  phage major capsid protein, HK97  31.17 
 
 		 398 aa  172  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0887541 
 
 
-
 
NC_002978  WD0458  HK97 family phage major capsid protein  30.48 
 
 		 399 aa  171  3e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.830326  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1542  Phage major capsid protein, HK97  34.01 
 
 		 419 aa  170  4e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1485  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  36.46 
 
 		 392 aa  162  9e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0540  putative major capsid protein  28.57 
 
 		 388 aa  162  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1635  phage major capsid protein, HK97  30.23 
 
 		 393 aa  159  8e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.304591  normal  0.904057 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0795  HK97 family phage major capsid protein  28.76 
 
 		 379 aa  159  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0644  HK97 family phage major capsid protein  30.72 
 
 		 379 aa  155  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146587 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0951  HK97 family phage major capsid protein  30.17 
 
 		 389 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1133  HK97 family phage major capsid protein  33.94 
 
 		 387 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.308903 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1078  HK97 family phage major capsid protein  34.15 
 
 		 387 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506947 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2471  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  33.94 
 
 		 398 aa  147  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0256  HK97 family phage major capsid protein  27.21 
 
 		 382 aa  140  6e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0170854  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0466  HK97 family phage major capsid protein  30.07 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0852  major capsid protein, HK97 family  27.7 
 
 		 386 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590991  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0830  HK97 family phage major capsid protein  25.57 
 
 		 383 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1458  HK97 family major capsid protein  29.14 
 
 		 388 aa  130  3e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.90039  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1022  phage major capsid protein, HK97 family  27.67 
 
 		 411 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3970  HK97 family phage major capsid protein  29.89 
 
 		 413 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.33538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7329  phage major capsid protein, HK97 family  28.48 
 
 		 417 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1466  HK97 family phage major capsid protein  29.11 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000392324  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1086  HK97 family phage major capsid protein  25.35 
 
 		 400 aa  103  5e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3313  phage major capsid protein, HK97 family  24.22 
 
 		 562 aa  101  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533544 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2179  phage major capsid protein, HK97 family  29.87 
 
 		 373 aa  101  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0875  phage capsid family protein  25.98 
 
 		 315 aa  99.8  7e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4253  phage major capsid protein, HK97 family  30.89 
 
 		 440 aa  97.4  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2271  phage major capsid protein, HK97 family  26.04 
 
 		 427 aa  96.7  7e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1695  phage major capsid protein, HK97 family  26.04 
 
 		 427 aa  96.7  7e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1311  phage major capsid protein, HK97 family  26.04 
 
 		 427 aa  96.7  7e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1684  phage phi-C31 GP36-like protein  28.12 
 
 		 412 aa  95.9  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.885456 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4361  phage major capsid protein, HK97  28.44 
 
 		 389 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.455164  normal  0.407566 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1998  phage major capsid protein, HK97 family  26.48 
 
 		 438 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12666  phiRv2 prophage protein  29.41 
 
 		 479 aa  88.6  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.5272e-17  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2598  HK97 family phage major capsid protein  27.27 
 
 		 409 aa  87.8  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00517058 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1970  major capsid-like protein  26.97 
 
 		 425 aa  82  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244233  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0569  phage major capsid protein, HK97 family  25.26 
 
 		 514 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.361307  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0446  prophage LambdaBa04, major capsid protein  25.87 
 
 		 400 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0468  prophage LambdaBa04, major capsid protein  25.87 
 
 		 396 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4981  HK97 family phage major capsid protein  21.29 
 
 		 359 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0672  HK97 family phage major capsid protein  25.26 
 
 		 506 aa  70.5  0.00000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5360  HK97 family phage major capsid protein  21.29 
 
 		 346 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2067  prophage LambdaSo, HK97 family major capsid protein  25.71 
 
 		 433 aa  68.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.023752  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3486  HK97 family phage major capsid protein  23.48 
 
 		 394 aa  67.4  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3318  HK97 family phage major capsid protein  25.71 
 
 		 433 aa  66.6  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0235436 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2995  phage major capsid protein, gp36  25.44 
 
 		 369 aa  66.2  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.100977  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1719  HK97 family phage major capsid protein  25.33 
 
 		 429 aa  66.6  0.0000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1284  major capsid protein HK97  25.58 
 
 		 416 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0461297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1619  HK97 family phage major capsid protein  26.1 
 
 		 437 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2474  major capsid protein HK97  25.26 
 
 		 483 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0627  phage major capsid protein, HK97 family  24.21 
 
 		 368 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2592  phage major capsid protein, HK97 family  25.77 
 
 		 396 aa  56.6  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.339104 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>