105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0785 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0292  extracellular solute-binding protein  75.44 
 
 		 452 aa  702    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0355  extracellular solute-binding protein family 1  71.08 
 
 		 453 aa  664    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.179225 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0785  ABC transporter substrate binding protein (alpha-glucoside)  100 
 
 		 452 aa  923    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0387  extracellular solute-binding protein family 1  70.86 
 
 		 453 aa  662    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4345  extracellular solute-binding protein  67.04 
 
 		 450 aa  631  1e-180  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2855  extracellular solute-binding protein  63.5 
 
 		 451 aa  628  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2910  ABC alpha-glucoside transporter extracellular solute-binding protein, family 1  64.9 
 
 		 452 aa  612  9.999999999999999e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.320115 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1519  extracellular solute-binding protein  62.83 
 
 		 450 aa  608  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.846969  normal  0.200847 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2873  ABC alpha-glucoside transporter, perplasmic substrate-binding protein  62.39 
 
 		 450 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.182804  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3307  extracellular solute-binding protein  63.5 
 
 		 449 aa  598  1e-170  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0444358  normal  0.775669 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1147  extracellular solute-binding protein  61.5 
 
 		 544 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1652  putative solute-binding protein 1 family  56.12 
 
 		 452 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182094  hitchhiker  0.00000465499 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1946  extracellular solute-binding protein  56.53 
 
 		 449 aa  500  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13200  extracellular solute-binding protein family 1  40.2 
 
 		 424 aa  308  1.0000000000000001e-82  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1180  extracellular solute-binding protein  39.23 
 
 		 485 aa  306  4.0000000000000004e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14550  extracellular solute-binding protein family 1  39.09 
 
 		 432 aa  306  4.0000000000000004e-82  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000299418  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7166  alpha-glucoside ABC transporter  36.25 
 
 		 451 aa  255  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0136035 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3914  extracellular solute-binding protein  35.24 
 
 		 457 aa  253  5.000000000000001e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313486  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3587  extracellular solute-binding protein  34.93 
 
 		 447 aa  250  5e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.69287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3967  extracellular solute-binding protein  34.79 
 
 		 448 aa  249  5e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0182057  normal  0.154584 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3182  extracellular solute-binding protein family 1  35.05 
 
 		 464 aa  246  4e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.145583 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2337  ABC-type glucosylglycerol transport system substrate-binding protein  33.5 
 
 		 448 aa  238  2e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.176838  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5152  extracellular solute-binding protein family 1  34.22 
 
 		 482 aa  237  3e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3716  extracellular solute-binding protein family 1  37.85 
 
 		 440 aa  237  4e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000472149 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0267  extracellular solute-binding protein family 1  33.49 
 
 		 462 aa  237  4e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.39283  normal  0.349323 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5758  extracellular solute-binding protein family 1  34.73 
 
 		 498 aa  236  7e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal  0.192043 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4648  extracellular solute-binding protein family 1  32.82 
 
 		 448 aa  234  3e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000260895 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26130  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  32.17 
 
 		 448 aa  224  3e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0719829  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01750  carbohydrate-binding protein  33.41 
 
 		 457 aa  218  2.9999999999999998e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110954  normal  0.899537 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3237  extracellular solute-binding protein family 1  31.53 
 
 		 464 aa  216  9.999999999999999e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  34.3 
 
 		 444 aa  203  5e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  32.92 
 
 		 466 aa  192  8e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0869  extracellular solute-binding protein family 1  33.24 
 
 		 436 aa  186  9e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.293785 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2626  extracellular solute-binding protein family 1  32.31 
 
 		 455 aa  186  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0491272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1625  alpha-glucoside ABC transporter periplasmic- binding protein  31.12 
 
 		 442 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.234885  normal  0.190993 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2936  extracellular solute-binding protein family 1  28.72 
 
 		 447 aa  167  4e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0402  extracellular solute-binding protein family 1  27.85 
 
 		 447 aa  157  4e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2534  extracellular solute-binding protein family 1  31.05 
 
 		 404 aa  154  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.478006  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  24.65 
 
 		 441 aa  76.6  0.0000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2234  extracellular solute-binding protein family 1  23.38 
 
 		 419 aa  76.3  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 452 aa  71.6  0.00000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 422 aa  70.5  0.00000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  24.41 
 
 		 431 aa  67.4  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  24.04 
 
 		 441 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 		 434 aa  63.5  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 		 427 aa  62  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 451 aa  61.2  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  22.57 
 
 		 417 aa  60.8  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  26.34 
 
 		 423 aa  60.5  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 		 440 aa  60.5  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 		 445 aa  60.1  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 435 aa  59.7  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 421 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  23.68 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  25.7 
 
 		 445 aa  57.4  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2914  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 440 aa  56.6  0.0000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  29.25 
 
 		 435 aa  55.1  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 419 aa  53.9  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  29.49 
 
 		 427 aa  53.9  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 419 aa  53.9  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 		 495 aa  53.1  0.000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 420 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 420 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 419 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  24.73 
 
 		 417 aa  53.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 430 aa  52.4  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 445 aa  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  23.66 
 
 		 412 aa  51.6  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  22.7 
 
 		 434 aa  51.2  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  26.99 
 
 		 433 aa  51.2  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1879  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 453 aa  50.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.909678  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  23.54 
 
 		 424 aa  50.8  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  24.34 
 
 		 428 aa  50.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 		 428 aa  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  32.12 
 
 		 422 aa  50.1  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 408 aa  50.1  0.00009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  33.01 
 
 		 424 aa  50.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 414 aa  49.3  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.91 
 
 		 435 aa  49.7  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 415 aa  48.9  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  30.39 
 
 		 424 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 		 454 aa  48.9  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  26.76 
 
 		 429 aa  48.9  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  24.52 
 
 		 438 aa  47.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  33.87 
 
 		 427 aa  47.4  0.0006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0849  extracellular solute-binding protein  21.45 
 
 		 434 aa  47  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0177782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6090  extracellular solute-binding protein family 1  27.91 
 
 		 425 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 433 aa  46.6  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0832  multiple sugar transport system substrate-binding protein  26.17 
 
 		 416 aa  45.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.669088  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 412 aa  45.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  29.07 
 
 		 425 aa  45.4  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  23.27 
 
 		 437 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  23.06 
 
 		 419 aa  45.1  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.23 
 
 		 441 aa  44.7  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3350  extracellular solute-binding protein family 1  23.47 
 
 		 461 aa  45.1  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  29.68 
 
 		 414 aa  45.1  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 408 aa  43.9  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4059  extracellular solute-binding protein family 1  27.66 
 
 		 440 aa  43.9  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2855  extracellular solute-binding protein family 1  39.29 
 
 		 483 aa  43.9  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.830086 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  21.88 
 
 		 415 aa  43.5  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>