196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0680 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  65.35 
 
 		 561 aa  727    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  100 
 
 		 554 aa  1126    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  67.64 
 
 		 560 aa  737    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6326  TRAG family protein  34.07 
 
 		 588 aa  239  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0535  TRAG family protein  38.27 
 
 		 509 aa  231  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  35.46 
 
 		 573 aa  227  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  36.48 
 
 		 669 aa  226  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  35.18 
 
 		 678 aa  225  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1970  TRAG family protein  33.33 
 
 		 580 aa  225  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  34.93 
 
 		 687 aa  223  6e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  35.98 
 
 		 664 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  35.95 
 
 		 665 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  35.55 
 
 		 687 aa  221  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  35.82 
 
 		 663 aa  221  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  35.82 
 
 		 659 aa  221  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  35.75 
 
 		 674 aa  219  8.999999999999998e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  35.45 
 
 		 663 aa  219  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  34.88 
 
 		 666 aa  219  1e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  35.22 
 
 		 662 aa  218  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  35.23 
 
 		 665 aa  218  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  34.72 
 
 		 660 aa  218  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  35.45 
 
 		 665 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  35.24 
 
 		 666 aa  217  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  34.79 
 
 		 664 aa  216  7e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  34.92 
 
 		 668 aa  216  8e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  35.23 
 
 		 669 aa  216  8e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  35.05 
 
 		 660 aa  216  9e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  35.31 
 
 		 675 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  35.01 
 
 		 669 aa  215  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  35.01 
 
 		 666 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  34.58 
 
 		 661 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  34.93 
 
 		 676 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  35.16 
 
 		 659 aa  215  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  34.72 
 
 		 660 aa  214  2.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  35.37 
 
 		 662 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  35.01 
 
 		 669 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  34.79 
 
 		 664 aa  214  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  35.16 
 
 		 660 aa  214  4.9999999999999996e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  34.49 
 
 		 673 aa  213  4.9999999999999996e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  34.57 
 
 		 670 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  34.58 
 
 		 661 aa  213  5.999999999999999e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  35.09 
 
 		 672 aa  213  9e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  34.57 
 
 		 666 aa  213  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  34.79 
 
 		 664 aa  211  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  34.87 
 
 		 667 aa  211  4e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  34.29 
 
 		 666 aa  211  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  33.99 
 
 		 665 aa  210  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  34.93 
 
 		 661 aa  210  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  34.72 
 
 		 662 aa  211  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  34.35 
 
 		 700 aa  209  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  34.57 
 
 		 661 aa  209  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  31.51 
 
 		 661 aa  208  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  33.84 
 
 		 663 aa  208  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  33.84 
 
 		 663 aa  208  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  33.48 
 
 		 661 aa  207  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  33.7 
 
 		 661 aa  207  6e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  33.62 
 
 		 661 aa  203  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  31.26 
 
 		 823 aa  196  7e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0593  TRAG protein  31.06 
 
 		 575 aa  194  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  31.64 
 
 		 723 aa  191  2e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  29.31 
 
 		 641 aa  191  2.9999999999999997e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  30 
 
 		 714 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  29.6 
 
 		 723 aa  191  4e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  31.25 
 
 		 756 aa  184  3e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  28.17 
 
 		 630 aa  182  1e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2342  TRAG family protein  30.3 
 
 		 585 aa  181  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.910402  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  28.74 
 
 		 648 aa  181  2.9999999999999997e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  30.57 
 
 		 576 aa  181  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  34.19 
 
 		 670 aa  179  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  26.18 
 
 		 627 aa  177  5e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  31.06 
 
 		 648 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  29.3 
 
 		 645 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  30.91 
 
 		 661 aa  171  4e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  29.93 
 
 		 594 aa  171  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  29.14 
 
 		 634 aa  170  7e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  28.77 
 
 		 593 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  30.56 
 
 		 575 aa  167  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  29.91 
 
 		 670 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  30.56 
 
 		 583 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  28.17 
 
 		 644 aa  164  3e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  30.47 
 
 		 713 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  29.98 
 
 		 809 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  29.98 
 
 		 834 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  30.2 
 
 		 828 aa  164  5.0000000000000005e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  27.84 
 
 		 559 aa  162  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  28.14 
 
 		 637 aa  161  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  28.87 
 
 		 699 aa  161  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  28.54 
 
 		 637 aa  160  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  30.02 
 
 		 598 aa  158  3e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  27.78 
 
 		 758 aa  158  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  30.02 
 
 		 699 aa  157  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  30.61 
 
 		 548 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  34.59 
 
 		 531 aa  154  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  28.7 
 
 		 570 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  28.6 
 
 		 557 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  29.13 
 
 		 603 aa  153  5.9999999999999996e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  28.47 
 
 		 570 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  28.33 
 
 		 592 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  26.92 
 
 		 678 aa  149  9e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  28.67 
 
 		 695 aa  149  9e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>