115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0629 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0629  hypothetical protein  100 
 
 
409 aa  845    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3350  C-methyltransferase  65.91 
 
 
400 aa  536  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.295208  normal  0.715465 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27750  hypothetical protein  66.85 
 
 
373 aa  494  9.999999999999999e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1513  hypothetical protein  55.88 
 
 
408 aa  471  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3716  C-methyltransferase  57.99 
 
 
407 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4417  C-methyltransferase  57.46 
 
 
438 aa  454  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4219  methyltransferase type 12  54.48 
 
 
412 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0594  C-methyltransferase  53.58 
 
 
407 aa  442  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.881628  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1962  C-methyltransferase  52.58 
 
 
407 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2770  methyltransferase type 12  52.58 
 
 
408 aa  437  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1048  putative SAM-dependent methyltransferase  52.46 
 
 
420 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195919  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3060  C-methyltransferase  52.84 
 
 
406 aa  429  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4509  C-methyltransferase  50.74 
 
 
411 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.391824  normal  0.0572283 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0848  C-methyltransferase  54.19 
 
 
409 aa  427  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.436527  normal  0.303178 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4987  C-methyltransferase  49.51 
 
 
431 aa  423  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0772  C-methyltransferase  54.19 
 
 
409 aa  422  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0227083 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4217  C-methyltransferase  51.48 
 
 
411 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.858444  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3333  C-methyltransferase  47.67 
 
 
413 aa  422  1e-117  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0807  C-methyltransferase  53.69 
 
 
409 aa  422  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.409336 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0057  putative C-3 methyl transferase  52.21 
 
 
410 aa  420  1e-116  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00760269  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2784  C-methyltransferase  47.42 
 
 
413 aa  419  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.611308 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5197  C-methyltransferase  48.65 
 
 
415 aa  409  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0438  methyltransferase, putative  46.17 
 
 
433 aa  393  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.874295  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3390  C-methyltransferase  46.42 
 
 
420 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0218606  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0381  putative methyltransferase  45.93 
 
 
433 aa  389  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14051  hypothetical protein  47.67 
 
 
402 aa  385  1e-106  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0067  C-methyltransferase  47.16 
 
 
413 aa  381  1e-104  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0480856  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0776  C-methyltransferase  47.29 
 
 
411 aa  378  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0363  C-methyltransferase  45.07 
 
 
416 aa  371  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3397  methyltransferase, putative  47.41 
 
 
407 aa  366  1e-100  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3071  methyltransferase  47.9 
 
 
407 aa  367  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0635  methyltransferase, putative  43.84 
 
 
411 aa  365  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3401  methyltransferase  47.16 
 
 
407 aa  365  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3375  methyltransferase  46.91 
 
 
407 aa  364  2e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1871  C-methyltransferase  48.04 
 
 
413 aa  353  4e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.804572  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2947  C-methyltransferase  43.28 
 
 
415 aa  312  9e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00433807  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3938  methyltransferase type 12  45.04 
 
 
444 aa  304  2.0000000000000002e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.16065  normal  0.145676 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6562  C-methyltransferase  40.44 
 
 
410 aa  289  7e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0790  C-methyltransferase  42.71 
 
 
427 aa  281  1e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00493713  normal  0.231188 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3092  C-methyltransferase  41.83 
 
 
410 aa  280  2e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.763523  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2386  C-methyltransferase  41.46 
 
 
410 aa  275  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2158  C-methyltransferase  36.23 
 
 
409 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4225  C-methyltransferase  35.22 
 
 
407 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.791496  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4712  C-methyltransferase  33.25 
 
 
408 aa  229  7e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.844153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1221  C-methyltransferase  34.4 
 
 
419 aa  227  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.38117  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2759  C-methyltransferase  32.93 
 
 
405 aa  223  6e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.13285  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2118  C-methyltransferase  32.19 
 
 
406 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.510018  normal  0.0302661 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29890  methyltransferase family protein  31.77 
 
 
408 aa  217  2.9999999999999998e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.942698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5658  putative S-adenosyl-L-methionine (SAM)-dependent methyltransferase  30.77 
 
 
421 aa  213  5.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07271  hypothetical protein  28.42 
 
 
418 aa  207  3e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.298061  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2379  C-methyltransferase  30.33 
 
 
400 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2430  C-methyltransferase  30.08 
 
 
400 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1758  C-methyltransferase  27.43 
 
 
409 aa  186  9e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.651546  normal  0.587212 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2122  NDP-hexose 3-C-methyltransferase TylCIII  26.33 
 
 
409 aa  182  1e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0486559  normal  0.0722153 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2265  C-methyltransferase  27.9 
 
 
436 aa  179  5.999999999999999e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3991  NDP-hexose 3-C-methyltransferase TylCIII  28.91 
 
 
413 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1599  D-mycarose 3-C-methyltransferase  27.21 
 
 
416 aa  169  6e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2403  C-methyltransferase  32.26 
 
 
400 aa  160  4e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0705  methyltransferase  25.47 
 
 
412 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0809  NDP-hexose 3-C-methyltransferase TylCIII  25.47 
 
 
412 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1565  methyltransferase type 12  25.38 
 
 
396 aa  104  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.663655  normal  0.440278 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3088  C-methyltransferase  25.95 
 
 
406 aa  102  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2387  C-methyltransferase  24.07 
 
 
402 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6563  C-methyltransferase  24.37 
 
 
396 aa  99  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2391  methyltransferase type 12  25.33 
 
 
406 aa  96.3  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.044338  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2948  C-methyltransferase  23.29 
 
 
391 aa  95.5  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.236256  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0071  aminotransferase class-III  28.61 
 
 
817 aa  94  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0212  C-methyltransferase  24.43 
 
 
359 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.821739 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3091  C-methyltransferase  23.57 
 
 
406 aa  92.4  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2880  Methyltransferase type 11  25.19 
 
 
383 aa  92  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1270  NDP-hexose 3-C-methyltransferase TylCIII  30.67 
 
 
178 aa  89.7  8e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0673649 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0365  C-methyltransferase  25.61 
 
 
376 aa  85.1  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131067  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2163  C-methyltransferase  20.64 
 
 
421 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.615529  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3714  methyltransferase type 11  24.79 
 
 
361 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1566  putative sugar nucleotide processing enzyme  24.46 
 
 
414 aa  72.8  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.445342 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3347  methyltransferase  22.6 
 
 
390 aa  70.1  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0988027  normal  0.589908 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3959  C-methyltransferase  22.31 
 
 
414 aa  68.6  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00636655  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6557  methyltransferase type 12  24.86 
 
 
425 aa  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0453  hypothetical protein  30.77 
 
 
305 aa  65.1  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3267  hypothetical protein  28.29 
 
 
303 aa  62.4  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0370  methyltransferase type 12  28.12 
 
 
382 aa  62.4  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0617  Methyltransferase type 12  25.73 
 
 
310 aa  61.6  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0164647 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2963  methyltransferase type 12  26.97 
 
 
303 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2166  Methyltransferase type 12  20.23 
 
 
397 aa  60.1  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1964  methyltransferase type 11  21.74 
 
 
352 aa  58.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5655  putative S-adenosyl-L-methionine (SAM)-dependent methyltransferase  24.27 
 
 
392 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1799  methyltransferase domain-containing protein  20.33 
 
 
378 aa  50.4  0.00005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.2313  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2886  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1 4-benzoquinol methylase-like  21.46 
 
 
277 aa  49.3  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00412088 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1243  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.14 
 
 
329 aa  49.3  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3949  methyltransferase type 11  29.75 
 
 
513 aa  49.3  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3351  methyltransferase type 11  23.87 
 
 
324 aa  47.8  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03350  hypothetical protein  26.54 
 
 
285 aa  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5520  Methyltransferase type 12  24.85 
 
 
306 aa  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.281271 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1487  hypothetical protein  25.45 
 
 
300 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.767872 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4274  methyltransferase type 11  29.52 
 
 
222 aa  47.4  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.254306  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2384  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  23.35 
 
 
258 aa  47.4  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.528666  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1350  methyltransferase type 12  30.28 
 
 
1046 aa  47  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.041094  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3318  methyltransferase type 12  23.93 
 
 
383 aa  46.6  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.434757 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2933  glycosyl transferase family 2  31 
 
 
1177 aa  46.6  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3163  glycosyl transferase family 2  31 
 
 
1177 aa  46.6  0.0009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>