More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0627 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
366 aa  744    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  57.48 
 
 
358 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  53.01 
 
 
352 aa  386  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.87 
 
 
359 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.87 
 
 
359 aa  342  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.87 
 
 
359 aa  342  7e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.59 
 
 
359 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.87 
 
 
359 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.74 
 
 
357 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.05 
 
 
358 aa  338  9.999999999999999e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.14 
 
 
356 aa  337  9.999999999999999e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.15 
 
 
364 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.59 
 
 
358 aa  334  1e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.31 
 
 
363 aa  335  1e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.89 
 
 
357 aa  334  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  54.31 
 
 
363 aa  335  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.89 
 
 
391 aa  334  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.42 
 
 
361 aa  333  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.44 
 
 
361 aa  332  5e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  47.73 
 
 
361 aa  330  2e-89  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  52.44 
 
 
362 aa  329  5.0000000000000004e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.15 
 
 
357 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 
372 aa  326  5e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.89 
 
 
367 aa  325  1e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.89 
 
 
358 aa  324  1e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.59 
 
 
354 aa  323  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.73 
 
 
372 aa  323  3e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.37 
 
 
362 aa  322  5e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.16 
 
 
361 aa  322  6e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.16 
 
 
361 aa  322  6e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  51.21 
 
 
367 aa  322  9.000000000000001e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.28 
 
 
353 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.71 
 
 
357 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.09 
 
 
365 aa  320  1.9999999999999998e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.24 
 
 
361 aa  320  3e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.26 
 
 
362 aa  319  6e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.58 
 
 
354 aa  319  6e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.29 
 
 
360 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.9 
 
 
360 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.76 
 
 
359 aa  316  3e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  49.43 
 
 
357 aa  315  6e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.27 
 
 
351 aa  311  1e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.44 
 
 
355 aa  311  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.23 
 
 
351 aa  310  2e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.27 
 
 
351 aa  309  5e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.99 
 
 
351 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.22 
 
 
360 aa  305  8.000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
364 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.71 
 
 
358 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.8 
 
 
368 aa  303  3.0000000000000004e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.75 
 
 
358 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  49.72 
 
 
368 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.93 
 
 
366 aa  296  5e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.5 
 
 
365 aa  294  2e-78  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.07 
 
 
357 aa  293  3e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41 
 
 
362 aa  289  5.0000000000000004e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  47.29 
 
 
368 aa  289  6e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41 
 
 
362 aa  289  7e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.94 
 
 
371 aa  286  4e-76  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.78 
 
 
366 aa  285  9e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
364 aa  281  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.23 
 
 
386 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.41 
 
 
386 aa  279  4e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.83 
 
 
369 aa  276  5e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.74 
 
 
368 aa  275  7e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.91 
 
 
365 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.66 
 
 
371 aa  273  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.32 
 
 
379 aa  272  6e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.51 
 
 
367 aa  272  7e-72  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.22 
 
 
353 aa  270  2e-71  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.34 
 
 
366 aa  269  5e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.59 
 
 
395 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.09 
 
 
366 aa  256  6e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.07 
 
 
367 aa  250  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.34 
 
 
357 aa  243  3e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.63 
 
 
331 aa  153  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.84 
 
 
406 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
324 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 
331 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
329 aa  104  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.14 
 
 
411 aa  101  2e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000639635 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
327 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
413 aa  100  3e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.21 
 
 
340 aa  96.7  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
326 aa  96.3  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.22 
 
 
342 aa  95.9  9e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
326 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.96 
 
 
362 aa  94.4  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1064  hypothetical protein  27.83 
 
 
337 aa  93.6  5e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.732456 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.61 
 
 
328 aa  93.2  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
320 aa  93.2  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4128  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.07 
 
 
352 aa  92.8  9e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0972084  hitchhiker  0.00000000618238 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.03 
 
 
336 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.66 
 
 
323 aa  91.3  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.96 
 
 
336 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 
326 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4724  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.97 
 
 
330 aa  90.5  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
335 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.74 
 
 
341 aa  90.1  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1704  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.1 
 
 
340 aa  89.7  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00817913  normal  0.680282 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>