More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0620 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.33 
 
 
1159 aa  795    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  100 
 
 
1169 aa  2330    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2557  histidine kinase  38.36 
 
 
1142 aa  729    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257497  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0068  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  34.59 
 
 
1156 aa  671    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  34.07 
 
 
1168 aa  642    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.87 
 
 
1158 aa  791    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  51.45 
 
 
1174 aa  1105    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2742  sensor histidine kinase/response regulator  37.85 
 
 
1145 aa  732    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3139  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.22 
 
 
1161 aa  680    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.305564 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  39.71 
 
 
1157 aa  780    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0224  multi-sensor hybrid histidine kinase  70.76 
 
 
1167 aa  1634    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1585  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  39.74 
 
 
1158 aa  771    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.484303 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  36.82 
 
 
1147 aa  729    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  39.7 
 
 
1150 aa  741    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1534  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.11 
 
 
1140 aa  702    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.254728  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1753  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 
1146 aa  721    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00164  sensor histidine kinase  37.59 
 
 
1177 aa  739    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  37.02 
 
 
1148 aa  701    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3255  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.21 
 
 
1177 aa  878    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680649  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0058  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.59 
 
 
1170 aa  961    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950876  normal  0.562732 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0523  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  36.02 
 
 
1179 aa  676    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.183484 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.7 
 
 
1156 aa  786    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.63 
 
 
1169 aa  945    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2078  sensor histidine kinase/response regulator  37.67 
 
 
1141 aa  712    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.45474  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2613  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.6 
 
 
1166 aa  668    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3460  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 
1175 aa  682    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.549126 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1864  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.05 
 
 
1159 aa  719    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0562222 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1424  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.95 
 
 
1152 aa  662    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.68675 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.95 
 
 
1145 aa  731    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.12 
 
 
1152 aa  766    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2531  histidine kinase  37.54 
 
 
1146 aa  721    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014523  hitchhiker  0.00504999 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  39.25 
 
 
1161 aa  775    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4564  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  46.75 
 
 
1169 aa  918    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519353  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.27 
 
 
1172 aa  892    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0165  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  65.81 
 
 
1168 aa  1525    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.851256 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  45.61 
 
 
1169 aa  953    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  40.1 
 
 
1159 aa  778    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  46.93 
 
 
1169 aa  952    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1749  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 
1146 aa  721    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0353406  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0837  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  47.05 
 
 
1168 aa  935    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.303418 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1792  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 
1146 aa  717    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.103598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  46.4 
 
 
1169 aa  968    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2522  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.69 
 
 
1146 aa  711    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00042371 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  51.41 
 
 
1171 aa  1129    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002203  sensor histidine kinase  36.68 
 
 
1055 aa  664    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2724  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.79 
 
 
1140 aa  707    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178694  hitchhiker  0.00103188 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1985  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.95 
 
 
1138 aa  637    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  51.37 
 
 
1163 aa  1127    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.94 
 
 
1146 aa  731    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00248753 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3284  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.95 
 
 
1168 aa  687    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.431447 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0663  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.86 
 
 
1172 aa  684    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.564919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2433  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.74 
 
 
1146 aa  715    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0799381 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.24 
 
 
1172 aa  799    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1470  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.18 
 
 
1140 aa  703    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3169  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.19 
 
 
1168 aa  692    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  40.02 
 
 
1159 aa  778    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  69.81 
 
 
1174 aa  1644    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.15 
 
 
1159 aa  789    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.31 
 
 
1159 aa  795    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3419  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.34 
 
 
1184 aa  630  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0523  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.47 
 
 
1145 aa  622  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1829  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.99 
 
 
1185 aa  619  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00719  Multidomain protein contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  33.39 
 
 
1147 aa  618  1e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2627  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
1116 aa  541  9.999999999999999e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594612  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02256  Multidomain protein, contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  33.14 
 
 
1006 aa  529  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.371064  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2060  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.53 
 
 
1111 aa  528  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.749505  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.75 
 
 
1316 aa  520  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1904  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.1 
 
 
932 aa  486  1e-135  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.636099  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2650  ATP-binding region ATPase domain protein  42.92 
 
 
913 aa  481  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.574534  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2030  histidine kinase  41.53 
 
 
927 aa  475  1e-132  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.03 
 
 
919 aa  464  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1631  sensor histidine kinase  40.73 
 
 
903 aa  461  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3779  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.39 
 
 
920 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1502  Histidine kinase  41.94 
 
 
919 aa  457  1e-127  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0666  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.33 
 
 
917 aa  459  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.220304  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2045  histidine kinase  37.43 
 
 
906 aa  453  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189516  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0236  histidine kinase  41.33 
 
 
935 aa  444  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00442274 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.62 
 
 
1088 aa  413  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0169  Na+/solute symporter  38.71 
 
 
894 aa  405  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0827667  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1803  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 
894 aa  405  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.27583 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.72 
 
 
901 aa  403  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2693  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.67 
 
 
893 aa  402  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194917  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1474  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.5 
 
 
894 aa  398  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 
897 aa  390  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.263667  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2428  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.64 
 
 
945 aa  382  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396366 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2061  Na+/solute symporter  38.79 
 
 
671 aa  380  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.274324 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2045  putative GAF sensor protein  36.52 
 
 
1079 aa  367  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0456906  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.2 
 
 
896 aa  368  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.808684  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  36.89 
 
 
1087 aa  368  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  36.26 
 
 
1087 aa  365  4e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1429  hypothetical protein  36.13 
 
 
910 aa  363  2e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.55 
 
 
1071 aa  362  2e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2659  serine phosphatase  34.79 
 
 
1083 aa  352  2e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.623664  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  37.04 
 
 
1082 aa  345  4e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1230  serine phosphatase  36.74 
 
 
1100 aa  340  9e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.081901 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0715  Na+/solute symporter  36.62 
 
 
1039 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.723376  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 
885 aa  326  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00597808  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  27.25 
 
 
950 aa  325  3e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0699  signal transduction histidine kinase  38.32 
 
 
744 aa  320  7.999999999999999e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.324444  normal  0.102548 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0262  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.87 
 
 
545 aa  318  4e-85  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.446369  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>