More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0512 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 287 aa  580  1.0000000000000001e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  47.18 
 
 		 285 aa  254  8e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 309 aa  187  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 283 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  37.01 
 
 		 284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 283 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 296 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 284 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 284 aa  159  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 322 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 322 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 279 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 293 aa  159  7e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 315 aa  157  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  36.96 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.23 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 322 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 316 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 299 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 316 aa  155  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 321 aa  155  8e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 290 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 285 aa  150  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 285 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  36.43 
 
 		 289 aa  148  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 280 aa  146  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 291 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 287 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 284 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 284 aa  145  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 283 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 317 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 282 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.06 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 291 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 291 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 291 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 291 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.2 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 283 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 283 aa  138  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 282 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  30.63 
 
 		 283 aa  137  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  30.99 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 367 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>