53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0406 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0406  cell envelope biogenesis protein YhbN  100 
 
 		 187 aa  384  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0017  OstA family protein  57.39 
 
 		 186 aa  195  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000148492 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0062  OstA family protein  56.04 
 
 		 204 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0046  OstA family protein  57.23 
 
 		 211 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.135443 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3669  OstA-like protein  41.53 
 
 		 186 aa  131  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0168  OstA family protein  39.29 
 
 		 216 aa  119  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0156  hypothetical protein  40.59 
 
 		 204 aa  115  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0151  hypothetical protein  40 
 
 		 216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0300186  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0177  OstA-like protein  38.69 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0249318  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0176  OstA-like protein  38.74 
 
 		 221 aa  101  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.435721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1369  OstA family protein  33.69 
 
 		 200 aa  96.3  3e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.524769  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0173  OstA-like protein  35.18 
 
 		 227 aa  94.4  9e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0657  OstA-like protein  37.7 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0049  OstA family protein  40 
 
 		 221 aa  94  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.162045  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0066  OstA family protein  36.46 
 
 		 230 aa  92.4  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.297106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0123  hypothetical protein  37.77 
 
 		 225 aa  88.2  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0308315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0417  OstA-like protein  37.25 
 
 		 225 aa  84.3  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5469  OstA family protein  36.21 
 
 		 223 aa  78.2  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0194  cell envelope biogenesis YhbN  32.3 
 
 		 197 aa  76.6  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.106383  normal  0.827244 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0107  OstA family protein  35.56 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.587032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2427  OstA family protein  34.78 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0150816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5924  OstA family protein  32.77 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.657817  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2499  OstA family protein  33.76 
 
 		 242 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0667889  normal  0.241313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2722  OstA family protein  32.92 
 
 		 246 aa  67.8  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.475694  normal  0.0622049 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2905  OstA family protein  26.19 
 
 		 173 aa  65.5  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  31.25 
 
 		 161 aa  62.8  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3586  OstA family protein  27.33 
 
 		 170 aa  62.4  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2816  OstA family protein  28.57 
 
 		 163 aa  60.5  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1155  OstA-like protein  28.57 
 
 		 163 aa  60.5  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0226  OstA-like protein  31.15 
 
 		 160 aa  58.9  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0570  OstA family protein  26.21 
 
 		 212 aa  57  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2772  OstA family protein  30.08 
 
 		 168 aa  56.6  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0157  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.08 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.503776 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3249  OstA-like protein  26.45 
 
 		 184 aa  53.5  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5273  OstA family protein  45.45 
 
 		 285 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267021  normal  0.0648485 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4956  OstA family protein  29.46 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2071  OstA family protein  28.38 
 
 		 199 aa  49.7  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0437606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0025  OstA-like protein  25.36 
 
 		 144 aa  49.7  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  31.21 
 
 		 169 aa  47.8  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2341  OstA-like protein  22.81 
 
 		 191 aa  47.8  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  27.46 
 
 		 167 aa  45.8  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  28.24 
 
 		 176 aa  45.1  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3336  OstA family protein  29.46 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.11 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.11 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.11 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.11 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.11 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.11 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.11 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0867  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.53 
 
 		 162 aa  42  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0778662  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  26.04 
 
 		 184 aa  41.6  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3392  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.53 
 
 		 162 aa  42  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>