More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0299 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  45.06 
 
 		 928 aa  763    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  45.06 
 
 		 928 aa  763    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1696  DNA polymerase I  43.14 
 
 		 926 aa  707    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  50.25 
 
 		 941 aa  916    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0123  DNA polymerase I  43.71 
 
 		 915 aa  748    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4827  DNA polymerase I  42.3 
 
 		 917 aa  664    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00421235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5325  DNA polymerase I  42.19 
 
 		 947 aa  699    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  56.16 
 
 		 940 aa  1036    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  61.17 
 
 		 979 aa  1197    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2403  DNA polymerase I  43.03 
 
 		 923 aa  709    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2230  DNA polymerase I  43.13 
 
 		 946 aa  707    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1148  DNA-directed DNA polymerase  43.53 
 
 		 937 aa  726    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  0.433626 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  41.52 
 
 		 936 aa  707    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3185  fused DNA polymerase 5'->3' exonuclease and 3'->5' polymerase and 3'->5' exonuclease  43.09 
 
 		 938 aa  744    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.994376  normal  0.149667 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1500  DNA polymerase I  43.14 
 
 		 926 aa  707    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.530484  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  76.41 
 
 		 979 aa  1563    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  44.06 
 
 		 932 aa  750    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  59.52 
 
 		 1020 aa  1132    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  76.69 
 
 		 1004 aa  1578    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  42.56 
 
 		 922 aa  716    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0140  DNA polymerase I  44.01 
 
 		 915 aa  753    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0319  DNA polymerase I  43.14 
 
 		 926 aa  707    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  43.06 
 
 		 935 aa  728    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000790678  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  44.06 
 
 		 932 aa  751    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0270  DNA polymerase I  40.91 
 
 		 921 aa  692    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0378  DNA polymerase I  41.4 
 
 		 956 aa  701    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  41.85 
 
 		 916 aa  728    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  76.81 
 
 		 978 aa  1569    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  44.21 
 
 		 941 aa  740    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  45.06 
 
 		 928 aa  763    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2453  DNA polymerase I  41.99 
 
 		 907 aa  700    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  61.22 
 
 		 1010 aa  1199    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  43.46 
 
 		 934 aa  747    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0851  DNA polymerase I  43.03 
 
 		 923 aa  710    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0096  DNA-directed DNA polymerase  42.59 
 
 		 933 aa  708    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00741762  hitchhiker  0.000000822051 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0056  DNA polymerase I  42.7 
 
 		 935 aa  725    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  55.05 
 
 		 937 aa  1051    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2471  DNA polymerase I  54.59 
 
 		 1047 aa  1045    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2218  DNA polymerase I  42.6 
 
 		 917 aa  676    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  43.79 
 
 		 934 aa  736    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0221  DNA polymerase I  58.71 
 
 		 973 aa  1086    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.324106 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2909  DNA polymerase I  54.98 
 
 		 932 aa  1045    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.033314  normal  0.843304 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2048  DNA polymerase I  38.73 
 
 		 1022 aa  657    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  43.52 
 
 		 892 aa  749    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  41.78 
 
 		 941 aa  685    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  42.91 
 
 		 939 aa  752    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  45.06 
 
 		 928 aa  765    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  55.45 
 
 		 937 aa  1060    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00572  DNA polymerase I  42.97 
 
 		 930 aa  732    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  42.05 
 
 		 892 aa  707    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0568  DNA polymerase I  42.21 
 
 		 905 aa  702    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3514  DNA polymerase A  50.89 
 
 		 924 aa  886    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  43.36 
 
 		 921 aa  731    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000915793  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0605  DNA polymerase I  42.84 
 
 		 926 aa  703    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.503998  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2377  DNA polymerase I  60.95 
 
 		 1000 aa  1199    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0848  DNA polymerase I  60.63 
 
 		 1032 aa  1187    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0278  DNA polymerase I  50.65 
 
 		 945 aa  906    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1683  DNA polymerase I  57.39 
 
 		 929 aa  693    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.569036  normal  0.718828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1325  DNA polymerase I  41.7 
 
 		 957 aa  696    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  43.49 
 
 		 926 aa  744    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4857  DNA polymerase I  60.72 
 
 		 1021 aa  1196    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.450809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  42.67 
 
 		 910 aa  707    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1729  DNA polymerase I  42.24 
 
 		 944 aa  693    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2834  DNA polymerase I  41.94 
 
 		 913 aa  673    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  43.76 
 
 		 921 aa  728    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0956  DNA polymerase I  61.01 
 
 		 1033 aa  1201    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  43.22 
 
 		 928 aa  734    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0453  DNA polymerase I  61.58 
 
 		 1014 aa  1180    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  40.87 
 
 		 988 aa  694    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2624  DNA polymerase I  44.31 
 
 		 934 aa  736    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.972131  normal  0.775806 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  54.85 
 
 		 937 aa  1050    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0138  DNA polymerase I  43.71 
 
 		 915 aa  745    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  54.29 
 
 		 935 aa  1009    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0625  DNA polymerase I  49.55 
 
 		 937 aa  874    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.480617 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4493  DNA polymerase I  42.9 
 
 		 917 aa  679    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  41.55 
 
 		 928 aa  723    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  71.08 
 
 		 978 aa  1446    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3657  DNA polymerase I  38.88 
 
 		 946 aa  642    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  42.18 
 
 		 923 aa  723    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1930  DNA polymerase I  42.15 
 
 		 927 aa  697    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173956  normal  0.0298694 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  41.59 
 
 		 951 aa  758    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  44.33 
 
 		 943 aa  764    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  42.66 
 
 		 922 aa  714    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  42.76 
 
 		 922 aa  710    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4485  DNA polymerase I  43.06 
 
 		 921 aa  728    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00194681  normal  0.0107032 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3943  DNA polymerase I  42.45 
 
 		 918 aa  714    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000101899  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2546  DNA polymerase I  42.93 
 
 		 923 aa  707    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.809446  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  55.81 
 
 		 928 aa  1060    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  43.16 
 
 		 930 aa  730    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0102  DNA polymerase I  42.01 
 
 		 918 aa  692    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758898  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  64.92 
 
 		 968 aa  1335    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1841  DNA polymerase I  41.97 
 
 		 936 aa  695    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721717  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  77.04 
 
 		 976 aa  1571    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0353  DNA polymerase I  43.14 
 
 		 926 aa  707    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3317  DNA polymerase I  41.92 
 
 		 922 aa  692    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397865  normal  0.106648 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3872  DNA polymerase I  42.9 
 
 		 917 aa  679    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  42.45 
 
 		 930 aa  697    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3261  DNA polymerase I  43.28 
 
 		 911 aa  765    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  42.96 
 
 		 922 aa  723    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  43.06 
 
 		 931 aa  716    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>