More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0173 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0173  30S ribosomal protein S15  100 
 
 		 89 aa  179  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.401011  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4063  30S ribosomal protein S15  93.26 
 
 		 89 aa  167  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4383  30S ribosomal protein S15  93.26 
 
 		 89 aa  167  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.846173 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3445  30S ribosomal protein S15  84.27 
 
 		 89 aa  157  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3631  ribosomal protein S15  78.65 
 
 		 89 aa  147  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0462627  normal  0.0107492 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0289  30S ribosomal protein S15  82.02 
 
 		 89 aa  147  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.043506 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1111  30S ribosomal protein S15  77.53 
 
 		 89 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.185363  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2773  30S ribosomal protein S15  77.53 
 
 		 89 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2168  30S ribosomal protein S15  78.65 
 
 		 89 aa  144  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.716102  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2080  30S ribosomal protein S15  78.65 
 
 		 126 aa  144  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0185155  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0744  30S ribosomal protein S15  78.65 
 
 		 89 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146353  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2994  30S ribosomal protein S15  76.4 
 
 		 89 aa  143  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2919  30S ribosomal protein S15  76.4 
 
 		 89 aa  142  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.653515  normal  0.312513 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4915  30S ribosomal protein S15  80.9 
 
 		 89 aa  141  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.484289  normal  0.692598 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4508  30S ribosomal protein S15  79.78 
 
 		 89 aa  141  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.264804 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2896  30S ribosomal protein S15  79.78 
 
 		 89 aa  141  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0040  30S ribosomal protein S15  78.65 
 
 		 89 aa  141  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal  0.280394 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3193  30S ribosomal protein S15  77.53 
 
 		 89 aa  140  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00194624  normal  0.0112652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3934  30S ribosomal protein S15  75.28 
 
 		 89 aa  140  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.281192  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4028  30S ribosomal protein S15  78.65 
 
 		 89 aa  140  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776688  normal  0.268185 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4397  30S ribosomal protein S15  78.65 
 
 		 89 aa  140  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.854765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3784  30S ribosomal protein S15  77.53 
 
 		 89 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.116654  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0542  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  139  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.243245  normal  0.231043 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0269  30S ribosomal protein S15  75.28 
 
 		 89 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214678 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4030  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  138  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.27506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0940  30S ribosomal protein S15  78.65 
 
 		 89 aa  138  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.628932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0437  30S ribosomal protein S15  76.4 
 
 		 89 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0081  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  135  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1257  ribosomal protein S15  73.03 
 
 		 89 aa  134  4e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0060  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  133  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.624309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0027  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0483  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.397496  normal  0.210861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0034  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  131  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3049  SSU ribosomal protein S15P  73.03 
 
 		 89 aa  132  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2760  30S ribosomal protein S15  71.91 
 
 		 89 aa  132  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00582272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3809  SSU ribosomal protein S15P  70.79 
 
 		 89 aa  131  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.017638 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0604  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 		 89 aa  130  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0228  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 		 89 aa  130  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00134414  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2074  30S ribosomal protein S15  70.79 
 
 		 89 aa  129  9e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.446463 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2483  30S ribosomal protein S15  70.79 
 
 		 89 aa  128  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.629413  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3723  SSU ribosomal protein S15P  68.54 
 
 		 89 aa  127  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2419  ribosomal protein S15  67.42 
 
 		 89 aa  122  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.746866  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1145  30S ribosomal protein S15  65.17 
 
 		 89 aa  120  7e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.150061  normal  0.144917 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3671  30S ribosomal protein S15  64.37 
 
 		 88 aa  120  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000549892  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0791  30S ribosomal protein S15  64.77 
 
 		 95 aa  120  8e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000412622  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1464  ribosomal protein S15  64.04 
 
 		 89 aa  119  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1128  ribosomal protein S15  67.82 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0212  ribosomal protein S15  65.17 
 
 		 89 aa  119  9.999999999999999e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0442  ribosomal protein S15  66.29 
 
 		 89 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1106  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  118  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1166  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  118  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.466617  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1234  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  118  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0854619  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002612  SSU ribosomal protein S15p (S13e)  64.04 
 
 		 89 aa  117  4.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2052  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  117  6e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1030  ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  117  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0490  ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  117  7.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.515865 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1746  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 		 89 aa  116  7.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0497945  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2449  SSU ribosomal protein S15P  62.92 
 
 		 89 aa  116  9e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0751959  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1560  30S ribosomal protein S15  64.37 
 
 		 88 aa  116  9e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.2194e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0840  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3584  ribosomal protein S15  65.17 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.890304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1905  30S ribosomal protein S15  64.37 
 
 		 88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1663  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  114  3e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.1386  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0177  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  114  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2977  30S ribosomal protein S15  62.07 
 
 		 88 aa  114  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1740699999999999e-20 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0967  30S ribosomal protein S15  64.37 
 
 		 88 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000355811  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1307  30S ribosomal protein S15  62.07 
 
 		 88 aa  114  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000433754  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3166  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  114  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.177567  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2206  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  114  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442595  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0601  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  114  6e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.831516  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1216  ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  114  6.9999999999999995e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.296388  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1673  30S ribosomal protein S15  62.07 
 
 		 88 aa  113  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000247174  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10950  SSU ribosomal protein S15P  61.36 
 
 		 95 aa  113  7.999999999999999e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0134595  unclonable  0.00000000142351 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1160  30S ribosomal protein S15  58.43 
 
 		 89 aa  113  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129722  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1006  ribosomal protein S15  57.3 
 
 		 89 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.148359  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1438  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  113  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000724827 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1359  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  113  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1333  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  113  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.927081  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1994  30S ribosomal protein S15  64.29 
 
 		 88 aa  112  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0200554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0905  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  112  1.0000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.713518  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1233  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 		 89 aa  112  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42790  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 		 89 aa  112  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.441707  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1629  ribosomal protein S15  61.36 
 
 		 95 aa  112  2.0000000000000002e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.232909  hitchhiker  0.0000867446 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2479  ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  112  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.053537  normal  0.211646 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1590  30S ribosomal protein S15  62.07 
 
 		 88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.18687e-19  normal  0.0361736 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3848  ribosomal protein S15  58.43 
 
 		 89 aa  112  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.297176 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1945  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 		 89 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0262342 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1465  ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 100 aa  112  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0290661 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2117  ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  111  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0620683  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07610  SSU ribosomal protein S15P  62.5 
 
 		 95 aa  111  3e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.923789 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2705  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 		 89 aa  111  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0076009  normal  0.146965 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0070  SSU ribosomal protein S15P  58.43 
 
 		 89 aa  110  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000286421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3071  30S ribosomal protein S15  57.3 
 
 		 89 aa  111  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.33844  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07890  ribosomal protein S15  65.12 
 
 		 88 aa  110  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5113  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  110  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0443958  normal  0.15757 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0728  ribosomal protein S15  57.3 
 
 		 89 aa  110  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.165942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1698  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  110  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3030  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 		 89 aa  110  7.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000113979  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3819  30S ribosomal protein S15  57.3 
 
 		 89 aa  110  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.73221e-63 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3906  30S ribosomal protein S15  57.3 
 
 		 89 aa  110  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>