More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0171 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 309 aa  627  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  79.68 
 
 		 310 aa  510  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  80 
 
 		 310 aa  512  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  80.26 
 
 		 310 aa  507  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  66.67 
 
 		 324 aa  421  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  66.67 
 
 		 324 aa  421  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  66.36 
 
 		 324 aa  419  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  66.13 
 
 		 312 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  57.23 
 
 		 320 aa  362  3e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  57.33 
 
 		 368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  57.65 
 
 		 351 aa  338  9e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  57.47 
 
 		 366 aa  337  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  58.12 
 
 		 366 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  57.14 
 
 		 412 aa  335  3.9999999999999995e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  57.14 
 
 		 387 aa  334  9e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  58.2 
 
 		 358 aa  334  1e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  54.9 
 
 		 342 aa  318  1e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  55.45 
 
 		 354 aa  317  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  54.79 
 
 		 335 aa  316  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  53.8 
 
 		 341 aa  311  5.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  53.8 
 
 		 341 aa  311  5.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  53.8 
 
 		 341 aa  311  9e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  54.69 
 
 		 363 aa  306  3e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  50.97 
 
 		 300 aa  292  5e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 299 aa  288  6e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 304 aa  288  9e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 		 307 aa  279  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  47.65 
 
 		 318 aa  276  2e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 302 aa  273  3e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  46.79 
 
 		 310 aa  272  4.0000000000000004e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 301 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  45.66 
 
 		 306 aa  263  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  47.19 
 
 		 298 aa  259  4e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  46.56 
 
 		 301 aa  259  6e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 301 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 308 aa  248  9e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  46.5 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  41.33 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.33 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  41 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 307 aa  209  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 308 aa  195  9e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  37.86 
 
 		 315 aa  193  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  37.13 
 
 		 317 aa  192  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  39.7 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  36.74 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 312 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  36.66 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  36.31 
 
 		 324 aa  189  5e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  36.31 
 
 		 324 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  37.13 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  36.31 
 
 		 324 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  36.66 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  36.66 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  36.66 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  35.92 
 
 		 315 aa  189  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  36.66 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  36.05 
 
 		 304 aa  189  7e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  36.66 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  36.66 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  36.1 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 311 aa  188  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  36.99 
 
 		 321 aa  188  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  37.86 
 
 		 311 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  36.08 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  36.01 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 314 aa  185  7e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  36.1 
 
 		 314 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  38.22 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  36.1 
 
 		 314 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  36.45 
 
 		 317 aa  185  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  35.46 
 
 		 318 aa  185  9e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  36.1 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  37.95 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  35.85 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  34.63 
 
 		 318 aa  183  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  37.06 
 
 		 321 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  37.06 
 
 		 321 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  34.39 
 
 		 314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  37.06 
 
 		 311 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  38.8 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  37.1 
 
 		 293 aa  182  7e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  34.69 
 
 		 318 aa  182  7e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>