More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0166 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  75.44 
 
 		 532 aa  782    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  73.88 
 
 		 531 aa  775    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  73.46 
 
 		 538 aa  788    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  82.98 
 
 		 537 aa  880    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  90.94 
 
 		 535 aa  959    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  70.36 
 
 		 545 aa  749    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  64.53 
 
 		 534 aa  657    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  71.08 
 
 		 538 aa  772    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  70.2 
 
 		 560 aa  746    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  64.92 
 
 		 535 aa  662    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  64.58 
 
 		 544 aa  665    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  72.81 
 
 		 544 aa  759    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  90.93 
 
 		 533 aa  958    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  90.56 
 
 		 552 aa  956    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  70.23 
 
 		 539 aa  749    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  72.5 
 
 		 541 aa  765    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  69.77 
 
 		 540 aa  749    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  71.24 
 
 		 536 aa  767    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  72.02 
 
 		 545 aa  744    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  62.43 
 
 		 538 aa  636    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  72.5 
 
 		 536 aa  765    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  82.05 
 
 		 534 aa  865    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  74.86 
 
 		 537 aa  811    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  70.17 
 
 		 545 aa  748    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  82.98 
 
 		 537 aa  880    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  71.29 
 
 		 537 aa  759    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  71.83 
 
 		 537 aa  762    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  66.99 
 
 		 572 aa  692    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  64.92 
 
 		 535 aa  662    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0031  transcription elongation factor NusA  64.34 
 
 		 568 aa  645    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.351795 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  74.66 
 
 		 536 aa  788    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 538 aa  1068    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  82.88 
 
 		 535 aa  873    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2592  transcription elongation factor NusA  63.02 
 
 		 559 aa  653    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.808645  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  67.87 
 
 		 516 aa  627  1e-178  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  60.26 
 
 		 544 aa  617  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0040  transcription elongation factor NusA  58.63 
 
 		 590 aa  610  1e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  66.74 
 
 		 506 aa  608  9.999999999999999e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  59.44 
 
 		 548 aa  595  1e-169  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  66.53 
 
 		 523 aa  597  1e-169  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3819  transcription elongation factor NusA  61.67 
 
 		 529 aa  586  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0301891 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  53.52 
 
 		 506 aa  506  9.999999999999999e-143  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  50.43 
 
 		 493 aa  449  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  48.6 
 
 		 492 aa  450  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  50.43 
 
 		 493 aa  449  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  46 
 
 		 495 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1750  transcription elongation factor NusA  49.15 
 
 		 501 aa  436  1e-121  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.844805  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1228  transcription elongation factor NusA  47.97 
 
 		 493 aa  428  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00625796  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  46.78 
 
 		 490 aa  426  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  46.73 
 
 		 498 aa  426  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1094  transcription elongation factor NusA  47.76 
 
 		 493 aa  422  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1730  transcription elongation factor NusA  47.75 
 
 		 491 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0562  transcription elongation factor NusA  40.57 
 
 		 517 aa  425  1e-117  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.535647  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0066  transcription elongation factor NusA  48.02 
 
 		 488 aa  423  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000185989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  45.49 
 
 		 495 aa  425  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1691  transcription elongation factor NusA  46.35 
 
 		 491 aa  422  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.349056  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1316  transcription elongation factor NusA  46.22 
 
 		 499 aa  419  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5463  transcription elongation factor NusA  46.35 
 
 		 493 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4640  transcription elongation factor NusA  47.75 
 
 		 491 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0433765  normal  0.822705 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1756  transcription elongation factor NusA  47.54 
 
 		 491 aa  420  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.661093  normal  0.0375978 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2032  transcription elongation factor NusA  46.47 
 
 		 491 aa  421  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395424  normal  0.0287229 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62770  transcription elongation factor NusA  46.35 
 
 		 493 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0990  transcription elongation factor NusA  47.32 
 
 		 491 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0472282  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0176  transcription elongation factor NusA  47.32 
 
 		 491 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0109764  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1062  transcription elongation factor NusA  47.32 
 
 		 491 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1914  transcription elongation factor NusA  47.32 
 
 		 491 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.845456  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1468  NusA antitermination factor  48.61 
 
 		 491 aa  417  9.999999999999999e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0601103  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2565  transcription elongation factor NusA  47.11 
 
 		 491 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00130089  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1019  transcription elongation factor NusA  47.32 
 
 		 491 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.974468  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1508  transcription elongation factor NusA  47.32 
 
 		 491 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1739  transcription elongation factor NusA  47.32 
 
 		 491 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0423315  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1761  transcription elongation factor NusA  47.32 
 
 		 491 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1499  transcription elongation factor NusA  47.32 
 
 		 491 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0985088  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1288  transcription elongation factor NusA  45.4 
 
 		 491 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1116  transcription elongation factor NusA  44.97 
 
 		 491 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.749384 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1631  transcription elongation factor NusA  46.68 
 
 		 491 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00268035 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1421  transcription elongation factor NusA  47.11 
 
 		 491 aa  415  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0329519 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2029  transcription elongation factor NusA  46.04 
 
 		 491 aa  414  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0468  transcription elongation factor NusA  41.06 
 
 		 517 aa  414  1e-114  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1475  transcription elongation factor NusA  47.11 
 
 		 491 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2821  transcription elongation factor NusA  46.9 
 
 		 491 aa  414  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00148151  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1209  transcription elongation factor NusA  45.18 
 
 		 491 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.128579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1381  transcription elongation factor NusA  47.11 
 
 		 491 aa  415  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.113338  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1922  NusA antitermination factor  47.33 
 
 		 492 aa  414  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208405 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2562  NusA antitermination factor  46.92 
 
 		 494 aa  409  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0312455  hitchhiker  0.00289599 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1246  NusA antitermination factor  46.92 
 
 		 494 aa  409  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0519661  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2821  transcription elongation factor NusA  45.72 
 
 		 492 aa  410  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03397  transcription elongation factor NusA  44.44 
 
 		 495 aa  409  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2709  transcription elongation factor NusA  48.18 
 
 		 493 aa  411  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2425  NusA antitermination factor  43.81 
 
 		 506 aa  409  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000562867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0202  transcription elongation factor NusA  46.61 
 
 		 503 aa  409  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504361  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4713  transcription elongation factor NusA  46.62 
 
 		 493 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3384  NusA antitermination factor  45.77 
 
 		 494 aa  411  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0163394  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3349  transcription elongation factor NusA  45.85 
 
 		 497 aa  412  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.451805  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4713  transcription elongation factor NusA  46.41 
 
 		 493 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944851 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2690  transcription elongation factor NusA  45.51 
 
 		 492 aa  408  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4578  transcription elongation factor NusA  46.41 
 
 		 493 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00867288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0720  transcription elongation factor NusA  46.19 
 
 		 493 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0992944 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0178  transcription elongation factor NusA  46.61 
 
 		 503 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.125443  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2816  transcription elongation factor NusA  46.82 
 
 		 503 aa  408  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>