252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0120 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0120  ribonuclease D  100 
 
 
208 aa  427  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.818192  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4028  3'-5' exonuclease  90.87 
 
 
208 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4358  3'-5' exonuclease  90.38 
 
 
208 aa  390  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583903 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3464  3'-5' exonuclease  85.58 
 
 
208 aa  375  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3984  3'-5' exonuclease  71.84 
 
 
205 aa  298  3e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0179  3'-5' exonuclease  68.78 
 
 
206 aa  294  6e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00803697  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0171  3'-5' exonuclease  68.78 
 
 
206 aa  290  7e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0117  3'-5' exonuclease family protein  67.8 
 
 
205 aa  288  4e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0135  3'-5' exonuclease  67.8 
 
 
205 aa  286  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0120  3'-5' exonuclease family protein  67.32 
 
 
205 aa  285  4e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0125  putative 3'-5' exonuclease family protein  66.34 
 
 
204 aa  282  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00602859  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0174  3'-5' exonuclease  66.83 
 
 
204 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0155  3'-5' exonuclease  64.71 
 
 
204 aa  277  7e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299764 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0419  3'-5' exonuclease  65.85 
 
 
204 aa  277  9e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0047  3'-5' exonuclease  65.85 
 
 
204 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0659  3'-5' exonuclease  65.85 
 
 
204 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.265112 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0572  3'-5' exonuclease  64.22 
 
 
204 aa  271  4.0000000000000004e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1219  3'-5' exonuclease domain-containing protein  67.16 
 
 
206 aa  270  8.000000000000001e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000485799  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2425  3'-5' exonuclease  63.29 
 
 
209 aa  266  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0228  3'-5' exonuclease  64.67 
 
 
203 aa  264  8.999999999999999e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5125  3'-5' exonuclease  63.94 
 
 
207 aa  263  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0268839  normal  0.933758 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2497  3'-5' exonuclease  63.11 
 
 
209 aa  262  3e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.325432  normal  0.308179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5275  3'-5' exonuclease  64.04 
 
 
204 aa  261  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28449  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0027  3'-5' exonuclease  67.03 
 
 
204 aa  261  4e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.189554  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3589  3'-5' exonuclease  67.93 
 
 
203 aa  261  8e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2720  3'-5' exonuclease  62.14 
 
 
209 aa  256  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.149721  normal  0.0609935 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0068  3'-5' exonuclease  63.29 
 
 
206 aa  255  3e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2609  3'-5' exonuclease  66.49 
 
 
204 aa  254  5e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5922  3'-5' exonuclease  62.56 
 
 
204 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2775  3'-5' exonuclease  60.98 
 
 
204 aa  248  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2813  3'-5' exonuclease  60.98 
 
 
204 aa  246  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4954  3'-5' exonuclease  61.69 
 
 
205 aa  246  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.332898  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1152  ribonuclease D  60.98 
 
 
204 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0109  3'-5' exonuclease  59.02 
 
 
204 aa  246  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.378562  normal  0.35649 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0015  3'-5' exonuclease  59.42 
 
 
206 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2343  3'-5' exonuclease  57.77 
 
 
205 aa  239  2e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0196  3'-5' exonuclease  56.04 
 
 
203 aa  238  4e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.950897 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0333  3'-5' exonuclease  56.37 
 
 
210 aa  236  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.273167  normal  0.287022 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1669  3'-5' exonuclease  55.92 
 
 
218 aa  234  7e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.335885  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3251  3'-5' exonuclease  57.71 
 
 
205 aa  233  2.0000000000000002e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1011  3'-5' exonuclease family protein  53.23 
 
 
204 aa  231  8.000000000000001e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0881939  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0816  3'-5' exonuclease  54.23 
 
 
216 aa  230  1e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00362431  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2903  3'-5' exonuclease  56.59 
 
 
205 aa  229  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.865613  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0529  3'-5' exonuclease family protein  55.5 
 
 
206 aa  227  9e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0878  3'-5' exonuclease  52.41 
 
 
206 aa  207  7e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0327  3'-5' exonuclease  50.24 
 
 
213 aa  201  4e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1621  3'-5' exonuclease  49.5 
 
 
207 aa  200  1.9999999999999998e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.169628  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2509  3'-5' exonuclease  52.66 
 
 
209 aa  199  3.9999999999999996e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1914  3'-5' exonuclease  50.49 
 
 
209 aa  196  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3799  3'-5' exonuclease  49.5 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.954695 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1118  3'-5' exonuclease  50 
 
 
210 aa  192  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1147  3'-5' exonuclease  49.5 
 
 
210 aa  191  7e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0678  3'-5' exonuclease  52.36 
 
 
211 aa  190  1e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2246  3'-5' exonuclease  46.67 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520239  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0407  3'-5' exonuclease  47 
 
 
214 aa  180  1e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.23143  normal  0.475558 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1922  3'-5' exonuclease  45.54 
 
 
214 aa  177  1e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0431536  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17051  putative ribonuclease D  46.24 
 
 
214 aa  174  9e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1676  putative ribonuclease D  48.11 
 
 
211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.137272  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17921  putative ribonuclease D  47.57 
 
 
211 aa  172  5e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17711  putative ribonuclease D  44.32 
 
 
213 aa  169  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.606229  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22631  putative ribonuclease D  48.09 
 
 
212 aa  167  8e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.528712 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17761  putative ribonuclease D  46.49 
 
 
211 aa  167  8e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20321  putative ribonuclease D  43.27 
 
 
214 aa  165  4e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1157  putative ribonuclease D  42.79 
 
 
214 aa  164  8e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  35.9 
 
 
392 aa  90.5  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  35.9 
 
 
393 aa  89.7  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  34.55 
 
 
375 aa  80.9  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  29.22 
 
 
405 aa  79.7  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  31.61 
 
 
405 aa  79.3  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  32.95 
 
 
381 aa  78.6  0.00000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  32.26 
 
 
389 aa  78.6  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1164  3'-5' exonuclease  34.62 
 
 
550 aa  77.8  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0638405  normal  0.521406 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  29.48 
 
 
385 aa  76.6  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  32.47 
 
 
388 aa  76.3  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  33.74 
 
 
392 aa  75.9  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  30.06 
 
 
385 aa  75.5  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  30.06 
 
 
385 aa  75.5  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  33.33 
 
 
396 aa  75.1  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  30.97 
 
 
395 aa  75.1  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  30.64 
 
 
381 aa  75.1  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  31.76 
 
 
392 aa  74.7  0.0000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  29.48 
 
 
384 aa  73.6  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  30.19 
 
 
386 aa  72.8  0.000000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  31.33 
 
 
384 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  30.38 
 
 
385 aa  72.8  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2009  ribonuclease D  33.77 
 
 
362 aa  72.4  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  30.32 
 
 
394 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  34.94 
 
 
294 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  30.91 
 
 
382 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  31.01 
 
 
386 aa  70.1  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  30.94 
 
 
388 aa  70.5  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  29.22 
 
 
386 aa  69.7  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  32.28 
 
 
399 aa  69.3  0.00000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  27.27 
 
 
395 aa  70.1  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  30.67 
 
 
379 aa  69.3  0.00000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  33 
 
 
396 aa  69.3  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  28.9 
 
 
381 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  31.01 
 
 
381 aa  69.3  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  31.21 
 
 
382 aa  68.6  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  34.21 
 
 
385 aa  68.6  0.00000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>