89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0100 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  73.01 
 
 
588 aa  823    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2317  extracellular solute-binding protein  63.75 
 
 
577 aa  717    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000660046  normal  0.503814 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1321  extracellular solute-binding protein  71.45 
 
 
574 aa  870    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00160153  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1201  extracellular solute-binding protein  70.61 
 
 
572 aa  860    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487559  normal  0.842714 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2047  extracellular solute-binding protein  68.97 
 
 
580 aa  778    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.120072  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2227  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  71.98 
 
 
580 aa  833    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272484  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3473  extracellular solute-binding protein  66.96 
 
 
579 aa  781    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.971584  hitchhiker  0.00076059 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2909  extracellular solute-binding protein  76.4 
 
 
574 aa  935    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175958  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  65.31 
 
 
574 aa  760    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3982  extracellular solute-binding protein  81.68 
 
 
573 aa  979    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.227864  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3127  sugar ABC transporter  61.06 
 
 
579 aa  705    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1030  extracellular solute-binding protein  62.87 
 
 
577 aa  724    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1898  extracellular solute-binding protein  67.48 
 
 
579 aa  790    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.477877  normal  0.0669246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1738  extracellular solute-binding protein  67.65 
 
 
579 aa  796    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217891 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3051  putative signal peptide protein  64.19 
 
 
580 aa  704    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0886733 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5372  extracellular solute-binding protein  62.86 
 
 
580 aa  708    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.737373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6724  extracellular solute-binding protein family 1  61.62 
 
 
580 aa  714    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3333  conserved hypothetical signal peptide protein  63.09 
 
 
578 aa  708    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.577812 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4889  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  70.69 
 
 
596 aa  850    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6464  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  80.42 
 
 
574 aa  979    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  72.94 
 
 
558 aa  874    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0100  hypothetical protein  100 
 
 
574 aa  1185    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0356789  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0381  extracellular solute-binding protein  63.67 
 
 
577 aa  717    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000205955  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3391  extracellular solute-binding protein  62.86 
 
 
577 aa  706    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285234  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5977  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  80.42 
 
 
574 aa  980    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2986  putative signal peptide protein  63.77 
 
 
581 aa  716    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  64.59 
 
 
579 aa  764    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5939  extracellular solute-binding protein family 1  67.16 
 
 
610 aa  744    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4098  extracellular solute-binding protein  67.3 
 
 
569 aa  825    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00991271  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1597  extracellular solute-binding protein  75.92 
 
 
573 aa  925    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2416  extracellular solute-binding protein  60.41 
 
 
577 aa  702    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000012875  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  63.65 
 
 
580 aa  716    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2089  extracellular solute-binding protein  57.29 
 
 
593 aa  682    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115344  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4063  extracellular solute-binding protein  71.98 
 
 
599 aa  831    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.159076  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0483  twin-arginine translocation pathway signal  63.64 
 
 
579 aa  718    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00131469  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1367  extracellular solute-binding protein  70.42 
 
 
595 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15999  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3671  extracellular solute-binding protein  60.97 
 
 
577 aa  700    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00462233  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0609  extracellular solute-binding protein  63.39 
 
 
577 aa  715    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.348028  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4211  extracellular solute-binding protein  73.86 
 
 
598 aa  844    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.64235  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2663  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  71.8 
 
 
574 aa  873    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716249  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3630  extracellular solute-binding protein  67.3 
 
 
580 aa  794    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  63.02 
 
 
579 aa  714    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  65.4 
 
 
590 aa  769    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  65.23 
 
 
590 aa  767    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2264  extracellular solute-binding protein, family 1  66.96 
 
 
579 aa  781    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0389  extracellular solute-binding protein  63.85 
 
 
577 aa  718    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.83487  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4387  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  71.8 
 
 
573 aa  863    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3169  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  68.61 
 
 
573 aa  746    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000122164  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1918  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  53.33 
 
 
573 aa  608  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000332483  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2095  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  51.99 
 
 
569 aa  588  1e-167  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.105917 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  24.27 
 
 
484 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 
477 aa  102  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  25.31 
 
 
477 aa  100  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 
536 aa  93.6  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  23.76 
 
 
441 aa  85.5  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  23.06 
 
 
443 aa  81.6  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  32.91 
 
 
433 aa  72  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.14 
 
 
486 aa  71.6  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  22.19 
 
 
484 aa  69.3  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 
428 aa  68.6  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  32.61 
 
 
436 aa  65.1  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  33.81 
 
 
435 aa  64.7  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  23.91 
 
 
443 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 
436 aa  63.9  0.000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 
443 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  20.94 
 
 
424 aa  62.4  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.07 
 
 
326 aa  61.6  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 
447 aa  61.2  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  39.44 
 
 
513 aa  60.5  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 
439 aa  60.5  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  28.18 
 
 
419 aa  59.3  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  27.62 
 
 
419 aa  58.9  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  38.67 
 
 
451 aa  57.8  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  36.62 
 
 
425 aa  56.2  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  22.79 
 
 
484 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  30.18 
 
 
449 aa  54.7  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7356  ABC transporter, binding protein  25.84 
 
 
457 aa  54.7  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768559  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 
449 aa  51.6  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 
408 aa  49.7  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  23.34 
 
 
438 aa  49.7  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
440 aa  48.5  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 
439 aa  47.8  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  23.57 
 
 
479 aa  47  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.229304 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1047  extracellular solute-binding protein  20.65 
 
 
433 aa  47  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  21.54 
 
 
498 aa  45.8  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0758  extracellular solute-binding protein family 1  32 
 
 
443 aa  45.8  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.03 
 
 
439 aa  45.4  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 
478 aa  44.3  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2539  putative ABC transporter, substrate binding protein  21.65 
 
 
437 aa  43.9  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>